计算化学公社

标题: 如何在VMD中显示Martini粗粒化后蛋白质的成键呢？ [打印本页]

作者
Author: Yaozhi_Yang 时间: 2023-11-8 21:58
标题: 如何在VMD中显示Martini粗粒化后蛋白质的成键呢？
大家好，最近在用Martini力场并结合弹性网络（ENM）进行蛋白质的粗粒化模拟。
但是粗粒化模拟后，不知道怎么显示Martini的成键连接。
尝试使用官网提供的cg_bonds_v5.tcl，但总是报错，报错信息是，atomsel: setbonds: Need one bondlist for each selected atom.
又尝试使用gromacs中的trjconv工具，添加-conect选项，输出蛋白质pdb文件的conect信息，但VMD导入显示明显有过连接现象，如下图圈中所示，不知道什么原因
请问大家有什么比较好的方法吗？
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作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2023-11-9 14:19
可以考虑使用parmed工具将gromacs的top文件转化成amber的prmtop文件，VMD可以直接读取prmtop中的键信息，然后再加载轨迹就可以显示了

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-9 18:09
用http://bbs.keinsci.com/thread-37839-1-1.html里提供的插件，可以直接让VMD从gromacs的tpr文件里载入连接关系，不需要折腾了

作者
Author: zdworld 时间: 2023-11-23 21:41

sobereva 发表于 2023-11-9 18:09
用http://bbs.keinsci.com/thread-37839-1-1.html里提供的插件，可以直接让VMD从gromacs的tpr文件里载入连 ...

请问这个脚本如何读取tpr文件啊？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-24 01:59

zdworld 发表于 2023-11-23 21:41
请问这个脚本如何读取tpr文件啊？

明明是插件，哪是脚本

作者
Author: zdworld 时间: 2023-11-24 11:10

sobereva 发表于 2023-11-24 01:59
明明是插件，哪是脚本

写错了，这个插件我vmd prod.gro prod.xtc prod.tpr会报错，正确的导入拓扑姿势应该是啥样的呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-25 01:14

zdworld 发表于 2023-11-24 11:10
写错了，这个插件我vmd prod.gro prod.xtc prod.tpr会报错，正确的导入拓扑姿势应该是啥样的呢？

VMD图形窗口，file里选打开文件，载入tpr

作者
Author: zdworld 时间: 2023-11-26 01:04

sobereva 发表于 2023-11-25 01:14
VMD图形窗口，file里选打开文件，载入tpr

谢谢社长

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