计算化学公社

标题: 分子动力学模拟完成后计算热力学值的问题 [打印本页]

作者
Author: sljm 时间: 2023-11-9 11:12
标题: 分子动力学模拟完成后计算热力学值的问题
由于我想要把动力学模拟后的结构计算热力学值，用shermo需要输入一个频率优化输出类型文件，但是再做结构优化模拟出来的结构就变很多，所以用动力学结果，而动力学模出的结果提取帧是pdb文件格式，pdb格式并不能转换为out文件类型，所以想请教一下这种情况可以怎么做？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-9 17:33
Shermo是基于振动分析结果算热力学量的程序，下文明确说了，跟分子动力学毫无关系
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552（http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html）

用分子动力学得到热力学量需要提取各帧的内能、压力等信息，按照热力学量的时间平均公式去计算。参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt，尖括号这里指时间平均

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