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标题: 我的课题是研究冰会抑制香豆素分子的光异构，请问老师们我要怎么入手 [打印本页]

作者
Author: jiahui 时间: 2023-11-15 18:08
标题: 我的课题是研究冰会抑制香豆素分子的光异构，请问老师们我要怎么入手
本帖最后由 jiahui 于 2023-11-15 22:17 编辑

目前实验上已经发现香豆素分子在冰表面不会发生光异构行为，且会有光二聚行为，在水溶液中有少部分有光二聚行为（分子结构如下）需要从理论模拟上阐述其原因
目前已经用openmolcas做了激发态路径，发现香豆素分子在气相中很容易发生光异构路径能垒只有13KCAL/MOL，但是在冰表面的光异构行为我不明白该如何做

目前的研究思路是计算出香豆素分子在冰表面的光异构路径看看能垒是不是比气相中的高一些，如果能垒比较高就说明受到了抑制
想做香豆素在冰表面的激发态路径，请问老师QM/MM能模拟冰环境吗？或者其他软件能不能计算分子在冰表面的光异构路径，请老师们指点，有没有相关的帖子能参考一下，谢谢老师们

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-17 03:04
可以用QM/MM

作者
Author: jiahui 时间: 2023-11-17 13:24

sobereva 发表于 2023-11-17 03:04
可以用QM/MM

老师，模拟结冰环境是把QM区域外的水分子全都冻结住就可以吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-17 17:14

jiahui 发表于 2023-11-17 13:24
老师，模拟结冰环境是把QM区域外的水分子全都冻结住就可以吗？

不需要全部冻住，而且都冻住也不好，没法反映与当前分子接触的水的自发位置、朝向变化
如果你用簇模型，只需要冻结边缘的。和下文冻结边缘原子同理

18碳环（cyclo[18]carbon）与石墨烯的相互作用：基于簇模型的研究一例
http://sobereva.com/615（http://bbs.keinsci.com/thread-25306-1-1.html）
使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题
http://sobereva.com/540（http://bbs.keinsci.com/thread-16532-1-1.html）
要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题
http://sobereva.com/597

作者
Author: jiahui 时间: 2023-11-17 20:17

sobereva 发表于 2023-11-17 17:14
不需要全部冻住，而且都冻住也不好，没法反映与当前分子接触的水的自发位置、朝向变化
如果你用簇模型， ...

老师，根据大家的建议我建了个模型（如图所示），目前主要还有两个问题
1.我应该如何用tinker把蓝色区域外的原子冻结？
2.冻结的水分子可以模拟冰面环境吗？还是说要另外建立一个冰面的晶胞模型，切出一个团簇插进来啊？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-18 00:06

jiahui 发表于 2023-11-17 20:17
老师，根据大家的建议我建了个模型（如图所示），目前主要还有两个问题
1.我应该如何用tinker把蓝色区域 ...

显然得用冰晶体的模型，哪能用液态水的结构

例如：

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