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标题: 使用Molclus调用MOPAC优化dimer构型用时过长(平均13min/个*200个)，如何解决？ [打印本页]

作者
Author: 暮色 时间: 2023-11-22 19:05
标题: 使用Molclus调用MOPAC优化dimer构型用时过长(平均13min/个*200个)，如何解决？
本帖最后由暮色于 2023-11-22 19:52 编辑

老师您好，我的操作流程如下
1. 选取分子晶体之中的构型之一转为xyz文件=MTSIC.xyz（已上传）

2. 使用molclus中genmer产生200个分子二聚体文件traj.zip

3. 修改molclus目录下setting.ini，template.mop于PM6-D3H4计算，相应文件（已上传）
4. 启动molclus调用mopac进行计算
5. 现在mopac工作如图所示，目前共计算180 min/14个=13 min/个，200个算完需要43 h。
这个计算时间有点太长了，qq群里社长的回复是说正常情况绝对没那么慢。
所以请问我是哪里设置的不对吗？求助各位老师帮帮忙！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-22 19:11
“200个分子二聚体文件(文件太大无法上传)” 压缩了不就能上传了

计算化学研究者应当了解的文件压缩的常识
http://sobereva.com/672（http://bbs.keinsci.com/thread-37881-1-1.html）

作者
Author: 暮色 时间: 2023-11-22 19:53

sobereva 发表于 2023-11-22 19:11
“200个分子二聚体文件(文件太大无法上传)” 压缩了不就能上传了

计算化学研究者应当了解的文件压缩的常 ...

多谢社长提醒，今后一定改正，已压缩上传。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-22 22:11
建议你让molclus调用xtb，速度很快：

(, 下载次数 Times of downloads: 30)

得到的结果也合理，这是其中一个

(, 下载次数 Times of downloads: 26)

实测MOPAC对这个体系收敛做得比较烂

作者
Author: 暮色 时间: 2023-11-23 21:26
本帖最后由暮色于 2023-11-23 23:22 编辑

多谢社长的回复，已用molclus调用xtb方法
在windows下安装了xtb并将环境变量等设置成功
首先在GFN1-xTB下更改seeting.ini为--gfn 1 --chrg 0 --uhf 0
但是因为我的分子团簇这次是提交的四个分子的聚集体而不是之前的两个，在GFN1-xTB优化需要866s/个
所以想在GFN0-xTB下进行，将setting.ini文件xtb一栏设置为--gfn 0 --chrg 0 --uhf 0采用GFN0-xTB进行优化。
setting.ini改为--gfn 0 --chrg 0 --uhf 0，但是平均优化时长仍然需要130 s/个
还是这个分子，想问一下社长产生2k个有必要吗？是不是有点多了（问题1）
为了提升计算速率，故参考社长文章http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html
计划想用crest提升速率
参考图如下

按照http://bbs.keinsci.com/thread-30080-1-1.html下载crest，并按照帖子中为crest添加相应路径
但是不知道怎么在windows下的setting.ini中修改以使得通过crest调用xtb为优化加速！(问题2)
也没有找到相关的帖子
请求各位老师帮助！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-24 07:01

暮色发表于 2023-11-23 21:26
多谢社长的回复，已用molclus调用xtb方法
在windows下安装了xtb并将环境变量等设置成功
首先在GFN1-xTB下 ...

vmware里装个linux虚拟机，虚拟机里跑，别非得用windows
几百个初始结构够了

想让我回复每次点击帖子下面的回复按钮

作者
Author: 大宏宏 时间: 2024-2-8 22:50
本帖最后由大宏宏于 2024-2-8 22:54 编辑

sobereva 发表于 2023-11-24 07:01
vmware里装个linux虚拟机，虚拟机里跑，别非得用windows
几百个初始结构够了

社长好。我最近也按照教程用molclus+MOPAC进行构象搜索。生成50对二聚体（每对二聚体有90*2个原子）
.mop文件如下：
PM6-D3H4 precise
molecule
All coordinates are Cartesian
[GEOMETRY]

计算在超算平台上进行，用以下.sh文件进行软件启动：
#!/bin/bash
#SBATCH -p amd_512
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 1
#SBATCH -c 4
export PATH=/public3/home/scg9198/molclus/molclus_1.12_Linux:$PATH
export PATH=/public3/home/scg9198/MOPAC:$PATH
export MOPAC_LICENSE=/public3/home/scg9198/MOPAC
export PATH=$PATH:/public3/home/scg9198/MOPAC
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/public3/home/scg9198/MOPAC
srun molclus

在这个条件下，平均几分钟优化好一对二聚体，以下是MOPAC.out大概的循环圈数：
CYCLE: 880 TIME: 0.094 TIME LEFT:  2.00D  GRAD.:    0.332 HEAT: -97.69623
CYCLE: 881 TIME: 0.094 TIME LEFT:  2.00D  GRAD.:    0.716 HEAT: -97.69632
CYCLE: 882 TIME: 0.094 TIME LEFT:  2.00D  GRAD.:    0.288 HEAT: -97.69643
tail: MOPAC.out: file truncated

当考虑到接下来可能需要对几个类似的体系进行优化时，我决定尝试提高计算速度以加快处理过程。我打算尝试利用更多的核心进行计算，因此我将.sh文件中的“#SBATCH -c 4”修改为"#SBATCH -c 128"，以达到核心数的上限。然而，尽管我做出了这样的调整，经过尝试后发现计算速度并没有显著提升。

我想请教一下，是否MOPAC的计算对核数不太敏感？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-9 06:41

大宏宏发表于 2024-2-8 22:50
社长好。我最近也按照教程用molclus+MOPAC进行构象搜索。生成50对二聚体（每对二聚体有90*2个原子）
.mo ...

MOPAC的并行效率很低，xtb并行效率则高得多

作者
Author: 大宏宏 时间: 2024-2-9 10:50

sobereva 发表于 2024-2-9 06:41
MOPAC的并行效率很低，xtb并行效率则高得多

十分感谢社长解答！

作者
Author: wangyu 时间: 2024-3-22 16:17
我想咨询老师您怎么解决优化时间过长的问题的呀，我一个构型需要优化12分钟~

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-22 16:51

wangyu 发表于 2024-3-22 16:17
我想咨询老师您怎么解决优化时间过长的问题的呀，我一个构型需要优化12分钟~

嫌慢就让molclus调用xtb

作者
Author: 科研小白白 时间: 前天 23:20
老师您好，学习molclus+MOPAC做初步优化，settings.ini中MOPAC默认调用多少核心呀在setting.ini中怎么设置呢？感觉CPU利用率很低。.brrushrc中OMP_NUM_THREADS=36是不是起不到作用呀。谢谢老师。

作者
Author: sobereva 时间: yesterday 09:25

科研小白白发表于 2025-8-15 23:20
老师您好，学习molclus+MOPAC做初步优化，settings.ini中MOPAC默认调用多少核心呀在setting.ini中怎么设置 ...

MOPAC默认利用所有逻辑核心。本身MOPAC的并行效率就很低，嫌慢就让molclus调用xtb

作者
Author: 科研小白白 时间: yesterday 22:41

sobereva 发表于 2025-8-16 09:25
MOPAC默认利用所有逻辑核心。本身MOPAC的并行效率就很低，嫌慢就让molclus调用xtb

好的。谢谢老师

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