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标题: 求助算多个中间体能量最小化任务的运行脚本 [打印本页]

作者
Author: 0325-ddd 时间: 2023-11-22 21:12
标题: 求助算多个中间体能量最小化任务的运行脚本
各位老师好！现在我想要跑一下60多个分子的能量最小化，我现在用的服务器系统是Linux系统，因为输入文件有点多，想要有一个一次性输入脚本依次运行这些输入文件的命令，目前尝试了两个命令
第一个是：nohup g09 < input1.gjf | tee output1.out & wait
nohup g09 < input2.gjf | tee output2.out & wait
nohup g09 < input3.gjf | tee output3.out & wait
第二个是：nohup g09 < input4.gjf | tee output4.out &
nohup g09 < input5.gjf | tee output5.out &
nohup g09 < input6.gjf | tee output6.out &
运行的时候发现，第一种命令在一开始产生了3个out文件，但是有两个文件是空的，在运行完第一个文件后就停止了；第二种命令是3个任务同时运行的同时都在产生out文件，这可能不太适合我这么多的分子
请教各位老师，我应该怎么写这个依次运行文件的脚本？下面是我的输入文件
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作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-24 07:05
使用Gaussian时的几个实用脚本和命令
http://sobereva.com/258（http://bbs.keinsci.com/thread-190-1-1.html）

作者
Author: Loading0760 时间: 2023-11-24 12:17
我理解一下，你想要的是依次运行这些gjf，假设他们都在一个目录下，可以使用这个脚本。

#!/bin/bash
for i in {1..60}
do
input_file="input${i}.gjf"
output_file="output${i}.out"
g09 < $input_file | tee $output_file
done

复制代码

你需要nohup的话，这个命令我不怎么了解，一种方法是直接把上述的存为.sh。
然后nohup ./runall.sh &

作者
Author: 0325-ddd 时间: 2023-11-26 19:43

Loading0760 发表于 2023-11-24 12:17
我理解一下，你想要的是依次运行这些gjf，假设他们都在一个目录下，可以使用这个脚本。

你需要nohup的话 ...

谢谢，我试过了for 循环可以，下面是我运行的代码，格式为.sh
具体在Linux系统下运行命令是
1：用formdos g16.sh 先转化sh文件
2：赋予文件权限：sudo chmod +x g16.sh
3:按照提示输入密码
4：输入./g16.sh 就可以了
#!/bin/bash

# 定义任务数量
num_tasks=60

# 循环遍历任务列表
for ((i=1; i<=num_tasks; i++)); do
# 构建任务文件名
task="test${i}.gjf"

# 构建命令
command="g16 < $task > ${task%.gjf}.out"

# 打印当前任务命令
echo "Running: $command"

# 执行任务命令，并在后台运行
eval $command &

# 获取当前任务的进程ID
pid=$!

# 等待当前任务完成
wait $pid

# 检查任务是否成功完成
if [ $? -eq 0 ]; then
      echo "Task completed successfully."
else
      echo "Task failed. Exiting."
      exit 1
fi
done

echo "All tasks completed successfully."

作者
Author: 0325-ddd 时间: 2023-11-26 19:43

sobereva 发表于 2023-11-24 07:05
使用Gaussian时的几个实用脚本和命令
http://sobereva.com/258（http://bbs.keinsci.com/thread-190-1-1.h ...

谢谢老师

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