计算化学公社

标题: Amber金属力场中有元素31Ga的参数吗 [打印本页]

作者
Author: Azrael 时间: 2023-12-1 09:48
标题: Amber金属力场中有元素31Ga的参数吗
各位老师，我打算构建含有68Ga3+ 的金属配位物，需要修改Amber力场参数中Ga的原子质量，但是我在https://ambermd.org/AmberModels_ions.php并没有找到Ga,Amber的金属力场中是没有Ga吗?第一次做金属配位的模拟，恳请各位老师指教！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-2 12:20
AMBER是主要面向生物分子的力场，没有这些参数

可以用sobtop产生GAFF+UFF的拓扑文件，参考下文。如果非得用AMBER程序不可，可以再用parmed之类转成AMBER拓扑文件
使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件
http://sobereva.com/635（http://bbs.keinsci.com/thread-27803-1-1.html）

作者
Author: Azrael 时间: 2023-12-2 12:57

sobereva 发表于 2023-12-2 12:20
AMBER是主要面向生物分子的力场，没有这些参数

可以用sobtop产生GAFF+UFF的拓扑文件，参考下文。如果非 ...

明白了，非常感谢社长，周末愉快！

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