计算化学公社

标题: gaussian用PM6D3优化含Ti分子筛簇模型大体系结构时出错 [打印本页]

作者
Author: JiangYD 时间: 2023-12-4 17:52
标题: gaussian用PM6D3优化含Ti分子筛簇模型大体系结构时出错
一开始仅使用# opt=calcfc pm6d3 geom=connectivity进行优化，出现l103错误；通过查询相关帖子添加关键词opt=cartesian进行计算，出现l1错误；在通过查询相关帖子添加关键词opt=nomicro后再次出现l103错误，查询相关帖子，发现可能是软件bug，不是很确定，现上传输入文件和输出文件截图，请各位大佬解惑，看看我关键词有无错误，是不是gaussian软件问题，如何解决该问题？
输出文件太大，无法上传，现将最后截图上传：

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-5 01:51
没必要写nomicro

始终贴报错提示，别说l几几几错误，这是最基本Gaussian提问常识

你若用簇模型代替周期性计算，边缘原子必须冻结，否则很容易严重变形
参考下文的讨论
18碳环（cyclo[18]carbon）与石墨烯的相互作用：基于簇模型的研究一例
http://sobereva.com/615（http://bbs.keinsci.com/thread-25306-1-1.html）
使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题
http://sobereva.com/540（http://bbs.keinsci.com/thread-16532-1-1.html）

怎么设置笛卡尔坐标冻结，看
在Gaussian中做限制性优化的方法
http://sobereva.com/404（http://bbs.keinsci.com/thread-9022-1-1.html）

作者
Author: JiangYD 时间: 2023-12-5 09:50

sobereva 发表于 2023-12-5 01:51
没必要写nomicro

始终贴报错提示，别说l几几几错误，这是最基本Gaussian提问常识

谢谢sob老师

作者
Author: yuyangzap 时间: 2023-12-5 11:02
换DFT做，PM6不适合带金属的

作者
Author: JiangYD 时间: 2023-12-5 11:55

yuyangzap 发表于 2023-12-5 11:02
换DFT做，PM6不适合带金属的

这个只是初步的整体优化，后续的话还会采用B3LYP/GENECP：UFF再做限制性优化的。
还是说需要采用PBE：UFF做比较好？

作者
Author: 阿甘 时间: 2023-12-5 12:17

JiangYD 发表于 2023-12-5 11:55
这个只是初步的整体优化，后续的话还会采用B3LYP/GENECP：UFF再做限制性优化的。
还是说需要采用PBE：UF ...

你的簇模型建对了吗？我用Multiwfn加载gjf，显示Formula: H74 O251 Si143 Ti1，假如Si和Ti是常见的(IV)氧化态的话，是不是氧太少了？

作者
Author: JiangYD 时间: 2023-12-5 13:37
本帖最后由 JiangYD 于 2023-12-5 13:41 编辑

阿甘发表于 2023-12-5 12:17
你的簇模型建对了吗？我用Multiwfn加载gjf，显示Formula: H74 O251 Si143 Ti1，假如Si和Ti是常见的(IV)氧 ...

我截取的层是照着文献截取的，请问这个簇模型的分子式有什么问题吗？

作者
Author: 阿甘 时间: 2023-12-6 00:24

JiangYD 发表于 2023-12-5 13:37
我截取的层是照着文献截取的，请问这个簇模型的分子式有什么问题吗？

试试算算看现在的Si和Ti的氧化态是多少，跟你的预期对比看看便知。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-6 07:30

JiangYD 发表于 2023-12-5 11:55
这个只是初步的整体优化，后续的话还会采用B3LYP/GENECP：UFF再做限制性优化的。
还是说需要采用PBE：UF ...

用UFF更荒唐

作者
Author: JiangYD 时间: 2023-12-6 14:17

阿甘发表于 2023-12-6 00:24
试试算算看现在的Si和Ti的氧化态是多少，跟你的预期对比看看便知。

预期的话Si和Ti都是常见的（IV）氧化态，边缘的Si-O-使用Si-H替代了，边缘的氧原子都没了，所以可能氧原子比较少。

作者
Author: JiangYD 时间: 2023-12-6 14:25

sobereva 发表于 2023-12-6 07:30
用UFF更荒唐

我用UFF进行过整体计算，结构很离谱，所以才用半经验的方法算，B3LYP/GENECP:UFF是19年文献中采用的方法，高层原子中Ti原子采用lanl2dz，其他原子采用6-31g（d,p），其他低层原子采用UFF方法。
sob老师，这个簇模型结构优化之后，会用于进行反应机理（反应路径、能垒、过渡态）的计算，会涉及含C、H、O等元素的有机物，您觉得采用B3LYP/GENECP:PM6D3方法，高层原子中Ti原子采用lanl2dz，其他原子采用6-311g（d,p），其他低层原子采用PM6D3方法，这样好一点；还是采用PBE:PM6D3的方法更好一点，或者您有更好的推荐？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-7 02:48

JiangYD 发表于 2023-12-6 14:25
我用UFF进行过整体计算，结构很离谱，所以才用半经验的方法算，B3LYP/GENECP:UFF是19年文献中采用的方法 ...

PBE0-D3(BJ):PM6-D3
lanl2DZ太过时，算能量时候起码用SDD或lanl2TZ(f)
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373（http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html）

作者
Author: 阿甘 时间: 2023-12-7 08:52

JiangYD 发表于 2023-12-6 14:17
预期的话Si和Ti都是常见的（IV）氧化态，边缘的Si-O-使用Si-H替代了，边缘的氧原子都没了，所以可能氧原 ...

如果是这样，你的体系要么就不是电中性的，如果是电中性的那么Si和Ti就不全是（IV）。

作者
Author: JiangYD 时间: 2023-12-7 09:25

sobereva 发表于 2023-12-7 02:48
PBE0-D3(BJ):PM6-D3
lanl2DZ太过时，算能量时候起码用SDD或lanl2TZ(f)
谈谈赝势基组的选用

好的，谢谢sob老师

作者
Author: JiangYD 时间: 2023-12-7 09:26

阿甘发表于 2023-12-7 08:52
如果是这样，你的体系要么就不是电中性的，如果是电中性的那么Si和Ti就不全是（IV）。

好的，那我去算一下Ti和Si的氧化态是多少。

作者
Author: JiangYD 时间: 2023-12-8 11:01

sobereva 发表于 2023-12-7 02:48
PBE0-D3(BJ):PM6-D3
lanl2DZ太过时，算能量时候起码用SDD或lanl2TZ(f)
谈谈赝势基组的选用

sob老师，看了您赝势基组选用的推文，上面DFT计算推荐赝势基组上def2tzvp优于lanl2tz（f），请问能直接使用PBE1PBE/def2tzvp：PM6D3进行计算吗？上面也说对于前三周期的元素不要使用赝势基组，那PBE1PBE/GENECP:PM6D3，Ti采用def2tzvp，C\H\O等原子采用6-311g（d,p），是不是更合理一些？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-8 12:40

JiangYD 发表于 2023-12-8 11:01
sob老师，看了您赝势基组选用的推文，上面DFT计算推荐赝势基组上def2tzvp优于lanl2tz（f），请问能直接使 ...

那叫博文和帖子

能

“更”的对比对象不明

作者
Author: JiangYD 时间: 2023-12-8 13:55

sobereva 发表于 2023-12-8 12:40
那叫博文和帖子

能

好的，谢谢sob老师

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