计算化学公社

标题: 哪些程序可以支持算含锕系元素体系的动力学过程，且能否设置模拟环境的浓度？ [打印本页]

作者
Author: xyz0101 时间: 2024-1-19 10:59
标题: 哪些程序可以支持算含锕系元素体系的动力学过程，且能否设置模拟环境的浓度？
请问那些程序可以支持算含锕系元素体系的动力学过程，且能否设置模拟环境的浓度？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-19 16:17
GROMACS、CP2K等都可以

作者
Author: xyz0101 时间: 2024-1-19 19:17

sobereva 发表于 2024-1-19 16:17
GROMACS、CP2K等都可以

GROMACS似乎不能够支持算锕系元素，请问CP2K改如何设置溶液环境的物质浓度，能否设立在一个水盒子中进行动力学模拟？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-19 20:14

xyz0101 发表于 2024-1-19 19:17
GROMACS似乎不能够支持算锕系元素，请问CP2K改如何设置溶液环境的物质浓度，能否设立在一个水盒子中进行 ...

显然有合适的力场就能支持，用sobtop就能创建拓扑文件，锕系的LJ参数让sobtop用UFF的参数就完了
参考sobtop主页http://sobereva.com/soft/Sobtop里的大量例子，以及下文
使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件
http://sobereva.com/635（http://bbs.keinsci.com/thread-27803-1-1.html）

浓度是建模层面的事，不是模拟程序的事。利用packmol、gromacs自带的insert-molecules等建模，插入恰当数目的分子就完了

作者
Author: xyz0101 时间: 2024-1-31 18:38

sobereva 发表于 2024-1-19 16:17
GROMACS、CP2K等都可以

老师，您好。我还想请教下，用CP2K做分子动力学模拟，怎样来设置为溶液环境，如何来选择水模型的类型？

作者
Author: chenzhe 时间: 2024-1-31 21:03

xyz0101 发表于 2024-1-31 18:38
老师，您好。我还想请教下，用CP2K做分子动力学模拟，怎样来设置为溶液环境，如何来选择水模型的类型？

cp2k是第一性原理程序啊，水分子直接OHH三个原子就是了

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-1 02:58

xyz0101 发表于 2024-1-31 18:38
老师，您好。我还想请教下，用CP2K做分子动力学模拟，怎样来设置为溶液环境，如何来选择水模型的类型？

没法一概而论，必须说清楚具体情况
诸如CP2K可以用SCCS隐式溶剂模型，可以做QM/MM动力学模拟用SPC/E之类经典水模型，也可以完全做第一性原理动力学把水也用量子化学方式描述（此时就没水模型的事）

作者
Author: xyz0101 时间: 2024-2-1 17:56

sobereva 发表于 2024-2-1 02:58
没法一概而论，必须说清楚具体情况
诸如CP2K可以用SCCS隐式溶剂模型，可以做QM/MM动力学模拟用SPC/E之类 ...

老师，我需要计算的是模拟实验在溶液中的体系，需要同时使用隐式溶剂和显示溶剂水。CP2K中对隐式溶剂的选择该怎么了解呢？

作者
Author: xyz0101 时间: 2024-2-1 18:08

sobereva 发表于 2024-2-1 02:58
没法一概而论，必须说清楚具体情况
诸如CP2K可以用SCCS隐式溶剂模型，可以做QM/MM动力学模拟用SPC/E之类 ...

还有，需要请教SCCS隐式溶剂模型的关键词该怎么写，写在哪里？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-2 01:55

xyz0101 发表于 2024-2-1 17:56
老师，我需要计算的是模拟实验在溶液中的体系，需要同时使用隐式溶剂和显示溶剂水。CP2K中对隐式溶剂的选 ...

隐式水模型一律用SCCS就完了
相关细节多得很，坑很多，几句话说不清楚，在北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）里的“隐式溶剂模型的使用”部分有对理论和细节的全面介绍

Multiwfn创建CP2K输入文件的界面里可以直接打开SCCS
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587（http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html）

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