计算化学公社

标题: 氢键的IRI散点图尖端值和CVB顺序对不上 [打印本页]

作者
Author: 赤赤媛 时间: 2024-1-21 04:02
标题: 氢键的IRI散点图尖端值和CVB顺序对不上
从IRI图中看到有四个氢键，分别为氢键1,2,3,4，后来做了他们的散点图，发现一个强氢键，三个个弱氢键，为了把尖端一一对应，又做了ELF，他们的尖端值分别是-0.009258，-0,0105866，-0.0352517，-0,0070575，氢键强度是，3》2》1>4,又做了CVB分别是0.067218 0.060460 -0.012064 0.065985，顺序为3>2>4>1,顺序对不上。还有就是能在散点图上看到在-0.015左右还有一个尖端，但是我把所有的CP点输出文本，没有见这个值的CP点，所以很疑问，讨论的时候不知道该怎么说了

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-21 14:39
定量对比用此文的方法，没必要用CVB
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513（http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html）

IRI可以展现出AIM拓扑分析无法考察的氢键和弱相互作用，仔细看下文提到的IRI原文里我的深入讨论
使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用
http://sobereva.com/598（http://bbs.keinsci.com/thread-23457-1-1.html）

-0.015的spike如果实际上没有完全戳到底（格点密度无穷高的情况下），就不会有对应的临界点。如果戳到底了，也未必对应氢键，而临界点很可能出现在范德华作用特征为主的地方。

作者
Author: 赤赤媛 时间: 2024-1-22 16:07

sobereva 发表于 2024-1-21 14:39
定量对比用此文的方法，没必要用CVB
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇2019年JCC上的重要研 ...

非常感谢sob老师的指导。最后一句话的意思是：在同一个体系中，范德华作用的spike有可能比弱氢键还要负，p判断弱氢键还是需要结合体系去看。而我这个体系，找不到该值的cp点，说明根本没有戳下去，对吗

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-23 03:24

赤赤媛发表于 2024-1-22 16:07
非常感谢sob老师的指导。最后一句话的意思是：在同一个体系中，范德华作用的spike有可能比弱氢键还要负， ...

如下文介绍的文章所讨论的，对于非常弱的氢键，色散作用本来就是主要来源之一。这种情况下，AIM临界点（如果有）或者spike的位置的电子密度肯定非常小，等值面根据sign(lambda2)rho着色也基本是绿的
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513（http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html）

-0.015左右的spike如果有对应的AIM临界点，应当是在IRI图的绿色区域，在IRI图上可以把AIM临界点一起画出来便于判断。也可能没完全戳到底，导致根本没有AIM临界点，这种情况相应的相互作用只有IRI才能体现，而AIM拓扑分析无法考察。

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