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标题: def2-QZVP'是benchmark文献里面采用的基组，但是查找基组的原文献，没有加撇号的基组 [打印本页]

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Author: Oliviaw 时间: 2024-2-12 17:22
标题: def2-QZVP'是benchmark文献里面采用的基组，但是查找基组的原文献，没有加撇号的基组
我打算计算能量的时候采用文献建议的方法：PW6B95/def2-QZVP'，但是遇到了一些设置的问题：
1）def2-QZVP'加了撇号，是指的def2-QZVPP还是def2-QZVP呢？我在引用文献里没有查到加撇号的表示方法。

2）PW6B95在orca中是不是需要设置RIJCOSX加速，还是说默认加速方法，不用设置？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-12 17:42
1 不是标准写法。若无特殊情况，完全没必要效仿
若非要重复文献的数据，看文章里引用的文献

2 毫无必要用PW6B95，ORCA里能用的wB97M-V远比这个强，看下文。ORCA 5开始杂化泛函默认用RIJCOSX
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272（http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html）

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-2-13 17:42

sobereva 发表于 2024-2-12 17:42
1 不是标准写法。若无特殊情况，完全没必要效仿
若非要重复文献的数据，看文章里引用的文献

Grimme的benchmark试了wB97M-V和B97M-V等方法，发现B97M-V计算相互作用能的误差最小，略优于wB97M-V。
不过我计算相互作用能也没有实验数据做对比，所以就跟着benchmark文献推荐的方法算。

请问B97M-V是不是自带D3和ATM项？我搜不到相关文献说B97M-V是带了哪些校正项的，好奇怪。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-13 19:12

Oliviaw 发表于 2024-2-13 17:42
Grimme的benchmark试了wB97M-V和B97M-V等方法，发现B97M-V计算相互作用能的误差最小，略优于wB97M-V。
...

B97M-V算弱相互作用明显不及wB97M-V，诸多文章都体现了这一点，比如看Mol. Phys., 115, 2315 (2017)图35、36弱相互作用排名，以及J. Chem. Theory Comput. 2018, 14, 5725表3。对于纯泛函SIE问题可能显著的情况，B97M-V更是远不及wB97M-V靠谱。不要简单用“Grimme的benchmark”来描述，Grimme的benchmark文章多了去了

B97M-V带的是VV10色散校正，跟D3是两码事

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-2-13 23:46

sobereva 发表于 2024-2-13 19:12
B97M-V算弱相互作用明显不及wB97M-V，诸多文章都体现了这一点，比如看Mol. Phys., 115, 2315 (2017)图35 ...

我刚用orca试了计算溶剂化单点能wB97M-V/QZVP, smd, defgrid3, tightscf, noautostart miniprint nopop，给了6700MB每核，16核。跑一个300多个原子的结构，结果是ORCA finished by error termination in SCF。
我设置的内存和核数在计算频率的时候够用，但是当时计算频率用的方法是TPSS-D3/def2-svp。

报错的原因是我基组太大，内存给的太小吗？但是计算能量的时候希望用大基组来避免BSSE，不知道该怎么办才好。

作者
Author: renzhogn424 时间: 2024-2-14 10:39

Oliviaw 发表于 2024-2-13 23:46
我刚用orca试了计算溶剂化单点能wB97M-V/QZVP, smd, defgrid3, tightscf, noautostart miniprint nopop， ...

你可以先4个或者10个核跑跑看，看是否跑得起来，确实很有可能内存不足。

作者
Author: dnlx 时间: 2024-2-14 10:53

Oliviaw 发表于 2024-2-13 23:46
我刚用orca试了计算溶剂化单点能wB97M-V/QZVP, smd, defgrid3, tightscf, noautostart miniprint nopop， ...

体系太大了，即使你分配再多的内存也不大可能算得动QZVP。
担心BSSE可以用GCP。
见社长这篇文章第三节：http://sobereva.com/214

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-14 12:02

Oliviaw 发表于 2024-2-13 23:46
我刚用orca试了计算溶剂化单点能wB97M-V/QZVP, smd, defgrid3, tightscf, noautostart miniprint nopop， ...

300原子还QZ就别想了
wB97M-V/def2-TZVP结合gCP倒还差不多，普通双路服务器下一般几个小时内跑完。想更便宜些还可以用def2-TZVP(-f)。如果要更便宜，用r2SCAN-3c（前提是纯泛函对此体系没有明显SIE问题的情况）

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-2-14 20:35

renzhogn424 发表于 2024-2-14 10:39
你可以先4个或者10个核跑跑看，看是否跑得起来，确实很有可能内存不足。

试过10核，会报错说内存不够。

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-2-14 20:36

dnlx 发表于 2024-2-14 10:53
体系太大了，即使你分配再多的内存也不大可能算得动QZVP。
担心BSSE可以用GCP。
见社长这篇文章第三节 ...

真的不能用这么大基组，我换def2-TZVP可以跑了

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-2-14 20:37

sobereva 发表于 2024-2-14 12:02
300原子还QZ就别想了
wB97M-V/def2-TZVP结合gCP倒还差不多，普通双路服务器下一般几个小时内跑完。想更 ...

那可以只在计算能量的时候加gCP吗？优化和频率计算不加gCP可以吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-15 13:53

Oliviaw 发表于 2024-2-14 20:37
那可以只在计算能量的时候加gCP吗？优化和频率计算不加gCP可以吗？

opt freq加不加gCP没多大影响，加了也没坏处

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-2-16 20:33

sobereva 发表于 2024-2-15 13:53
opt freq加不加gCP没多大影响，加了也没坏处

我找到的几篇同类型的体系都是只在能量计算的时候加gCP。
opt freq不加gCP没有什么影响，那就不加了。

但是想问下是不是opt freq加gCP会明显增加耗时？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-16 20:41

Oliviaw 发表于 2024-2-16 20:33
我找到的几篇同类型的体系都是只在能量计算的时候加gCP。
opt freq不加gCP没有什么影响，那就不加了。
...

诸如6-31G*这种档次，带不带gCP对优化出的结构有可能有不可忽视的影响，比如弱相互作用距离相差个<0.2埃，但def2-TZVP这种档次了做opt freq带不带gCP对结果的影响完全可以忽略不计
原理上不增加耗时

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-2-16 23:12

sobereva 发表于 2024-2-16 20:41
诸如6-31G*这种档次，带不带gCP对优化出的结构有可能有不可忽视的影响，比如弱相互作用距离相差个

如果优化和频率用def2-svp，那加不加gCP有影响吗？
打算优化和频率用def2-svp，能量用def2-TZVP。
如果优化和频率用def2-TZVP，那能量的基组要增大，QZVP反正跑不动。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-16 23:18

Oliviaw 发表于 2024-2-16 23:12
如果优化和频率用def2-svp，那加不加gCP有影响吗？
打算优化和频率用def2-svp，能量用def2-TZVP。
如果 ...

可能有不可忽视的影响。去看gCP原文里的测试便知
优化可以用更便宜的def2-TZVP(-f)或def-TZVP

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-2-17 15:37

sobereva 发表于 2024-2-16 23:18
可能有不可忽视的影响。去看gCP原文里的测试便知
优化可以用更便宜的def2-TZVP(-f)或def-TZVP

我查到J. Chem. Phys. 136, 154101 (2012)，里面说def2-svp+gCP能明显减小误差，但是没有def2-TZVP+gCP的误差小。

如果我优化用def2-TZVP(-f)+gCP或者def-TZVP+gCP，那能量用def2-TZVP+gCP是合理的吗?

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-17 17:15

Oliviaw 发表于 2024-2-17 15:37
我查到J. Chem. Phys. 136, 154101 (2012)，里面说def2-svp+gCP能明显减小误差，但是没有def2-TZVP+gCP的 ...

gCP对3-zeta档次只对def2-TZVP弄了参数。用于def2-TZVP(-f)虽然不严格，但问题不大

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