计算化学公社

标题: 构象搜索如何获得准确结果 [打印本页]

作者
Author: sdrlcw 时间: 2024-2-18 22:19
标题: 构象搜索如何获得准确结果
各位老师，在进行天然产物ECD计算时，使用Spartan 14 进行构象搜索时，为何每次结果都不完全一样？参数如何设置能获得准确结果？

作者
Author: sdrlcw 时间: 2024-2-18 22:36
Conformer distribtion项下：1）Molecular Mechanics; 2)Semi-Empirical; 3) Hartree-Fock; 4) Density Functinal; 5) Moller Plesset; 如何选择？

作者
Author: -HMDS- 时间: 2024-2-18 23:56
构象搜索的结果会和方法包括初始结构都有关系，而且搜索和抽卡类似的，并不能保证找到的构象都合理或者能找到能量最低的，给出的结果只能说是通过多次模拟比较一系列的结果，最大可能减小了漏的可能性，找出能量低的合理结构，所以每次结果不一样很正常。
天然产物的话优先考虑有没有实验解出来的结构。另外高精度的构象搜索有点吃算力而且没必要，依照我的经验来说，如果就是有机分子的话，分子力学或者半经验就够用了，因为最后还是要对几个可能的构象进行更精细的计算，构象搜索只是参考。如果体系比较特殊的话，比如一些弱作用的体系，可以考虑DFT跑AIMD，不过你这里似乎不涉及到。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-19 00:51
先把这些仔细看了
构型和构象搜索程序Molclus主页：http://www.keinsci.com/research/molclus.html
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

100%保证能遍历所有极小点的是用molclus带的gentor对所有可旋转键进行恰当的旋转设置得到traj.xyz然后让molclus批量优化，此时没有任何随机性、任意性。但如果可旋转的键太多没法实现这一点就得用上面其它帖子里的方法

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-19 00:52

sdrlcw 发表于 2024-2-18 22:36
Conformer distribtion项下：1）Molecular Mechanics; 2)Semi-Empirical; 3) Hartree-Fock; 4) Density Fun ...

这种问题过于粗糙，没什么意义，把4L我列的那些帖子看了，搞清楚靠谱的构象搜索的合理流程、该用的方法是什么

并且如果没有理论方法的基本常识，仔细把这些看了
辨析计算化学中的任务类型和理论方法
http://sobereva.com/680（http://bbs.keinsci.com/thread-38982-1-1.html）
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272（http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html）

也很建议系统学学量子化学的方法和相关概念，对于合理、正确、有效率地做构象搜索，以及正确理解结果，有关键性的意义
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355（http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html）
北京科音初级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KEQC_content.html）

作者
Author: sdrlcw 时间: 2024-2-19 10:30
好的，多谢楼上两位老师。主要是没有什么基础，就做一些基本的计算，看看哪个软件方便易用，

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)