计算化学公社

标题: Inv3 failed in PCMMkU (L502) 的一个疑问 [打印本页]
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Author: Chlorine@Chem    时间: 2024-2-20 11:24
标题: Inv3 failed in PCMMkU (L502) 的一个疑问
本帖最后由 Chlorine@Chem 于 2024-2-20 12:59 编辑

首先介绍一下学生的体系，是一个有机小分子+6个异丙醇显式溶剂化的体系外加IEFPCM的隐式溶剂化(B3LYP-D3(bj)/6-311+G(d,p)，下有结构)，可能存在溶剂化孔洞复杂的情况。由于考察了很多的构象，批量运算了很多结构，在默认vdw孔洞下有不少结构出现Inv3 failed in PCMMkU报错。参考Inv3 failed in PCMMkU (L502/L508 报错) 的成因与解决方法 - 量子化学 (Quantum Chemistry) - 计算化学公社 (keinsci.com) ，学生使用SAS孔洞对整批结构进行几何优化，但是仍然在好几个结构中发现同样的报错（阅读溶剂化设置部分确认cavity type已被有效更改），困惑，因此把这个结构进行了其他的测试。

1. 该结构重新进行SAS单点计算,一样不收敛
  1. Model : PCM.
  2. Atomic radii : UFF (Universal Force Field).
  3. Polarization charges : Total charges.
  4. Charge compensation : None.
  5. Solution method : On-the-fly selection.
  6. Cavity type : SAS (Solvent Accessible Surface) (Alpha=1.000).
  7. <..............>
  8. Iteration 10 A*A^-1 deviation from orthogonality is 1.01D-09 for 6052 711.
  9. Iteration 10 A^-1*A deviation from unit magnitude is 6.81D-10 for 4610.
  10. Iteration 10 A^-1*A deviation from orthogonality is 8.03D-10 for 6052 4610.
  11. Inv3 failed in PCMMkU.
  12. Error termination via Lnk1e in /nvme/<username>/g16/l502.exe at Tue Feb 20 10:44:25 2024.
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2. 该结构用默认vdw孔洞单点计算，收敛！
3. 该结构用SES孔洞单点计算，收敛！
4. 该结构用SES孔洞单点计算后读入初猜用SAS计算单点，不收敛！
5. 该结构改用SMD溶剂化，使用SAS进行单点计算，收敛！（不是很清楚，我以为SMD的静电部分就是pcm的结果，所以应该不会出现pcm不收敛smd能收敛的情况？）

目前也不是很清楚我这种问题怎么解决比较好，求助一下各位！


作者
Author: sobereva    时间: 2024-2-21 02:21
在Gaussian中，SMD的极性部分虽然是IEFPCM，但是用的构造孔洞的原子半径和直接用IEFPCM时不一样，从输出信息里也可以看到。SMD用的是SMD原文里定义的
作者
Author: Chlorine@Chem    时间: 2024-2-21 11:04
sobereva 发表于 2024-2-21 02:21
在Gaussian中，SMD的极性部分虽然是IEFPCM，但是用的构造孔洞的原子半径和直接用IEFPCM时不一样，从输出信 ...

谢谢社长，确实在SMD的相应部分找到了原子半径定义不一样。
  1. Polarizable Continuum Model (PCM)
  2. =================================
  3. Model                : PCM.
  4. Atomic radii         : SMD-Coulomb.
  5. Polarization charges : Total charges.
  6. Charge compensation  : None.
  7. Solution method      : On-the-fly selection.
  8. Cavity type          : SAS (Solvent Accessible Surface) (Alpha=1.000).
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请问关于解决这个问题，社长有什么其他建议吗？我做此计算的目的是研究一下溶质的实际溶剂化结构，同时也希望得到更准确地溶剂化能量，故依据http://bbs.keinsci.com/thread-9147-1-1.html创建溶剂化结构，最后保留了强相互作用溶剂化的羧基区域周围的溶剂分子。在此使用混合溶剂化模型对各种构象进行最后的DFT优化。如果我改为真空优化，溶剂化单点评价构象优势，可以接受吗？
作者
Author: sobereva    时间: 2024-2-21 15:25
Chlorine@Chem 发表于 2024-2-21 11:04
谢谢社长，确实在SMD的相应部分找到了原子半径定义不一样。

如果没有诸如-NH3+、COO-这种局部带显著电荷的地方，一般来说可以用真空凑合。也可以尝试用其它程序带着溶剂模型优化
作者
Author: Chlorine@Chem    时间: 2024-2-22 10:50
sobereva 发表于 2024-2-21 15:25
如果没有诸如-NH3+、COO-这种局部带显著电荷的地方，一般来说可以用真空凑合。也可以尝试用其它程序带着 ...

嗯嗯，谢谢社长



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