计算化学公社

标题: 求助对过渡态能量的校正问题 [打印本页]

作者
Author: xixiwangzai 时间: 2024-2-22 20:46
标题: 求助对过渡态能量的校正问题
想问问大佬们，我需要绘制底物-过渡态-产物能垒图，其中底物和产物已经做了结构优化和单点能计算，过渡态只计算了单点能，但是使用shermo对能量校正时，需要两个文件：一个是结构优化的文件，一个是单点能计算的文件，那过渡态没有结构优化，我该怎么进行能量校正呢？有没有做过的老师帮帮我，谢谢！

作者
Author: Kamistry 时间: 2024-2-22 20:56
“过渡态没有结构优化”，那么过渡态结构是哪来的呢？手摆的99.99...%不是实际的过渡态，最多算是初猜，算的单点能没什么意义。

作者
Author: xixiwangzai 时间: 2024-2-22 21:01

Kamistry 发表于 2024-2-22 20:56
“过渡态没有结构优化”，那么过渡态结构是哪来的呢？手摆的99.99...%不是实际的过渡态，最多算是初猜，算 ...

过渡态是搜索出来的，也做了IRC分析

作者
Author: Kamistry 时间: 2024-2-22 21:05

xixiwangzai 发表于 2024-2-22 21:01
过渡态是搜索出来的，也做了IRC分析

用这个结构当初猜优化一遍，如果结构合理的话收敛很快

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-2-22 21:06

xixiwangzai 发表于 2024-2-22 14:01
过渡态是搜索出来的，也做了IRC分析

“搜索”的意义不明。你找的过渡态满足梯度为0，虚频有且仅有一个的条件吗？
只要梯度为0，就可以用shermo算热力学量。
“结构优化”有两个意思，一个是优化到梯度为0的结构，另一个是优化到梯度为0且没有虚频的结构。有的语境里可能专指后一个意思（例如和“过渡态优化”并举的时候），但是在shermo教程和手册里指的是前一个意思

作者
Author: xixiwangzai 时间: 2024-2-22 21:22

wzkchem5 发表于 2024-2-22 21:06
“搜索”的意义不明。你找的过渡态满足梯度为0，虚频有且仅有一个的条件吗？
只要梯度为0，就可以用sher ...

搜索的意思是使用TS(Berny）方法搜索得到的
虚频有且仅有一个，但我不知道过渡态梯度是否为0在哪里看
如果满足您说的那些要求了，我可以把单点能计算的结果直接放到shermo里面计算吗？

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2024-2-22 21:30

xixiwangzai 发表于 2024-2-22 21:22
搜索的意思是使用TS(Berny）方法搜索得到的
虚频有且仅有一个，但我不知道过渡态梯度是否为0在哪里看
...

在高斯输出文件里搜"Converged?"，如果在"Converged?"后面的6行看到：

Optimization completed.
-- Stationary point found.

复制代码

就是结构优化收敛了。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-22 22:57
仔细看下文搞清楚逻辑，注意表述准确，Shermo要的是freq或opt freq的输出文件，光有“结构优化的文件”若没做振动分析的话根本没法用Shermo算热力学量
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552（http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html）

下文说的这些方法就是对过渡态进行优化，也可以叫搜索过渡态。
简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3
http://sobereva.com/460（http://bbs.keinsci.com/thread-12093-1-1.html）

极小点和过渡态的优化算法都要找所有原子受力为零的点（驻点），显然实际中不可能收敛得无穷精确，满足收敛限任务就算成功了。

另外，我很不喜欢“能量校正”这个词，指代不确切，应当说“用Shermo计算热力学校正量”

作者
Author: xixiwangzai 时间: 2024-3-6 10:27

sobereva 发表于 2024-2-22 22:57
仔细看下文搞清楚逻辑，注意表述准确，Shermo要的是freq或opt freq的输出文件，光有“结构优化的文件”若没 ...

好的，谢谢老师的回答，我再去看看

作者
Author: XingXing09 时间: 2024-6-10 17:00

xixiwangzai 发表于 2024-3-6 10:27
好的，谢谢老师的回答，我再去看看

请问你的问题解决了么，是否可以用TS的out文件输入shermo里计算过渡态的热力学数据

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