计算化学公社

标题: （已解决）如何批量产生有机小分子的拓扑文件？ [打印本页]

作者
Author: Lance先生 时间: 2024-2-22 22:04
标题: （已解决）如何批量产生有机小分子的拓扑文件？
本帖最后由 Lance先生于 2024-8-23 14:52 编辑

首先先祝社长及各位大佬新年快乐，身体健康，万事如意。我现在遇到个问题，就是现在需要计算一堆有机小分子的溶剂化自由能，如果对应的拓扑文件一个一个产生效率太低了，想问问各位大佬如何在linux下批量产生小分子有机物的拓扑文件？感谢各位大佬。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-22 22:39
起码先说清楚是什么程序的拓扑文件
诸如gromacs的，可以写shell脚本批量调用下文的脚本产生RESP电荷并批量调用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生拓扑文件
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）

如果不会写shell脚本的话，参考下文里的相关常识知识
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612（http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html）

作者
Author: Lance先生 时间: 2024-2-23 15:50
本帖最后由 Lance先生于 2024-2-29 10:41 编辑

sobereva 发表于 2024-2-22 22:39
起码先说清楚是什么程序的拓扑文件
诸如gromacs的，可以写shell脚本批量调用下文的脚本产生RESP电荷并批量 ...

抱歉社长，我疏忽了，是gromacs程序的拓扑文件。您提到的一键生成RESP电荷的脚本我能用明白，但是在linux中如何调用sobtop，批量生成拓扑文件不太知道怎么做，您能指导一下吗？恕学生愚钝。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-24 00:52

Lance先生发表于 2024-2-23 15:50
抱歉社长，我疏忽了，是gromacs程序的拓扑文件。您提到的一键生成RESP电荷的脚本我能用明白，但是在linux ...

那叫sobtop
前面说的博文里就有shell脚本中循环调用Multiwfn批量计算的例子，举一反三用到批量调用sobtop上

作者
Author: Lance先生 时间: 2024-2-29 10:56
本帖最后由 Lance先生于 2024-2-29 11:42 编辑

sobereva 发表于 2024-2-24 00:52
那叫sobtop
前面说的博文里就有shell脚本中循环调用Multiwfn批量计算的例子，举一反三用到批量调用sobto ...

实在不好意思社长，linux下的sobtop程序批量产生gromacs的拓扑文件实在是没整出来，这两天一直在搞这个，您方便详细指导一下吗？因为linux下的sobtop只能在其目录下用./执行，我按照您的教程写了一个pro.txt，但是这个文件只能在某一个特定目录下生成，没法在某一目录下的子目录中批量生成，您能看看应该怎么做修改吗？恕学生愚钝，麻烦您了。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-29 23:40

Lance先生发表于 2024-2-29 10:56
实在不好意思社长，linux下的sobtop程序批量产生gromacs的拓扑文件实在是没整出来，这两天一直在搞这个， ...

脚本里循环各个目录，每次把要处理的文件拷到当前目录（sobtop所在目录），处理完了把得到的文件挪到原目录

作者
Author: Lance先生 时间: 2024-3-1 10:25

sobereva 发表于 2024-2-29 23:40
脚本里循环各个目录，每次把要处理的文件拷到当前目录（sobtop所在目录），处理完了把得到的文件挪到原目 ...

感谢社长，实现了，感谢这段时间的指导。从拓扑文件不会产生到现在能实现批量计算，您帮了很多，感谢。

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