计算化学公社

标题: QuasiRRHO校正能在输出文件的哪部分可以查到 [打印本页]

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-3-4 21:06
标题: QuasiRRHO校正能在输出文件的哪部分可以查到
我在计算频率的时候加了QuasiRRHO，但是我找不到单独的QuasiRRHO校正能。但是文献里面计算相互作用能的时候是有mRRHO项的自由能部分。
手册里说“To correct for the breakdown of the harmonic oscillator approximation for low frequencies, entropic contributions to the free energies are computed, by default, using the Quasi-RRHO approach of Grimme.”是不是意思是我得看熵的校正项？

计算频率的输出文件里关于熵的部分如下：
Vibrational entropy computed according to the QRRHO of S. Grimme
Chem.Eur.J. 2012 18 9955

-------
ENTROPY
-------

The entropy contributions are T*S = T*(S(el)+S(vib)+S(rot)+S(trans))
   S(el) - electronic entropy
   S(vib)  - vibrational entropy
   S(rot)  - rotational entropy
   S(trans)- translational entropy
The entropies will be listed as multiplied by the temperature to get
units of energy

Electronic entropy             ...    0.00000000 Eh    0.00 kcal/mol
Vibrational entropy             ...    0.15105585 Eh    94.79 kcal/mol
Rotational entropy             ...    0.02112750 Eh    13.26 kcal/mol
Translational entropy          ...    0.02260853 Eh    14.19 kcal/mol
-----------------------------------------------------------------------
Final entropy term             ...    0.19479188 Eh 122.23 kcal/mol

我是用Final entropy term吗？还是Thermal Correction to Free Energy？
请问该用什么关键词可以搜到QuasiRRHO校正项？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-3-4 21:10
orca默认只做QuasiRRHO（也称QRRHO）计算，而不做RRHO计算。所以输出的自由能、熵等等都是QuasiRRHO的结果。
所谓的”mRRHO项的自由能部分“，指的是以mRRHO方法计算的某一项（例如自由能校正）。并不是说mRRHO自己算一项，自由能校正是另一项。mRRHO是计算其他项的一种方法，它本身并不是单独的一项

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-3-4 21:20
本帖最后由 Oliviaw 于 2024-3-4 21:27 编辑

wzkchem5 发表于 2024-3-4 21:10
orca默认只做QuasiRRHO（也称QRRHO）计算，而不做RRHO计算。所以输出的自由能、熵等等都是QuasiRRHO的结果 ...

请问Gaussian有没有QRRHO?是不是只能用ORCA？如果用ORCA做优化，用高斯算频率，这样可以吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-3-4 21:52

Oliviaw 发表于 2024-3-4 14:20
请问Gaussian有没有QRRHO?是不是只能用ORCA？如果用ORCA做优化，用高斯算频率，这样可以吗？

高斯自己没有QRRHO，但是可以结合Shermo等程序做QRRHO计算
不建议优化和频率用不同的程序，因为两个程序的结果难免有细微差异，导致结构优化和频率计算的理论级别不严格一致（http://sobereva.com/573）。但优化和单点能可以用不同的程序

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-5 01:59

Oliviaw 发表于 2024-3-4 21:20
请问Gaussian有没有QRRHO?是不是只能用ORCA？如果用ORCA做优化，用高斯算频率，这样可以吗？

Gaussian用户需要用Shermo
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552（http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html）

而且Shermo还支持ORCA不支持的比Grimme的更理想的Minenkov提出的QRRHO模型，手册附录部分和下文都有介绍
谈谈有小虚频时热力学量的计算
http://sobereva.com/699（http://bbs.keinsci.com/thread-43116-1-1.html）

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-3-5 10:08

wzkchem5 发表于 2024-3-4 21:52
高斯自己没有QRRHO，但是可以结合Shermo等程序做QRRHO计算
不建议优化和频率用不同的程序，因为两个程序 ...

那是不是意味着优化用orca，频率就要用orca？orca算频率很慢，而且经常报错（error termination in SCF Hessian，或者意外终止而且没有报错），是不是大多数解决方案就是调内存？内存设置有没有方法可循？我设置的内存要么是小了，要么就大了，是不是得一个个不同的内存去试？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-3-5 16:55

Oliviaw 发表于 2024-3-5 03:08
那是不是意味着优化用orca，频率就要用orca？orca算频率很慢，而且经常报错（error termination in SCF H ...

最新版orca的频率要比以前快很多了。而且有一点要留意的是，你是看的orca算频率的绝对时间，还是看的orca算频率和结构优化的相对时间。orca的很多加速算法，如RIJCOSX等，对结构优化的加速可能大于对频率的加速，所以如果只看相对时间，容易有orca频率算得慢的错误印象，其实是orca结构优化快。
设置内存的问题，起码你在试之前就能知道多大是太大了，也就是maxcore乘以nprocs必须小于可用物理内存的80%（注意不包括虚拟内存，也不包括当前被其他程序占用的内存）。至于多小算太小，可以用dry run的方法估计，在手册里搜dryrun有具体操作步骤

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