计算化学公社

标题: 关于top文件和itp文件的疑问 [打印本页]

作者
Author: Tracy民工 时间: 2024-3-14 19:31
标题: 关于top文件和itp文件的疑问
本帖最后由 Tracy民工于 2024-3-15 12:50 编辑

请教各位老师：
1.如果itp文件里的力场是GAFF或者其他Gromacs里不存在的力场，是不是top文件开头就不用include主力场文件了（focefiled.itp）？
2.发现有的top文件里有的有[atomtypes]，有的没有。是不是展开的itp文件中有[atomtypes]就可以了？
3.看itp文件中力场定义基于同一[moleculetype]内的原子计算成键项和非键项，请问include到top文件中的不同itp间的原子分子相互作用也是基于所选力场吗，那这样又回到问题1，是不是要下载下来所用力场的forcefield.itp呢？可是如果分子的力场参数是自己拟合或文献获取的呢？
3.以金属配位体作为研究对象的文献中金属多用CaDA模型（dump atom）处理，在已知金属模型参数的基础上，我理解的是金属和配体单独建立itp文件，配体的文件可以通过Sobtop的GAFF力场产生，请问金属是否可以通过UFF生成一个力场文件的模板，然后再从模板里把文献里的参数带进去？
谢谢各位老师。

作者
Author: Tracy民工 时间: 2024-3-14 20:04
不同itp间的原子分子相互作用好像是基于[defaults]设定的？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-14 21:12
不要管include了什么文件，只需要关心所有include文件都展开后有什么字段、字段提供了什么信息

当前体系出现的所有原子类型都必须在[atomtypes]里提供了定义。而且必须有[defaults]字段定义了当前用的力场的处理规则。

没有叫focefiled.itp的东西，好好拼

建议有机会从参加北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html），里面“GROMACS的使用基础”对拓扑文件的逻辑、各个字段讲得极其详细，都弄懂了就不会有那些问题了。

如果金属和配体形成的是配位键，拓扑文件的产生效仿下文。
使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件
http://sobereva.com/635（http://bbs.keinsci.com/thread-27803-1-1.html）

作者
Author: Tracy民工 时间: 2024-3-15 11:18

sobereva 发表于 2024-3-14 21:12
不要管include了什么文件，只需要关心所有include文件都展开后有什么字段、字段提供了什么信息

当前体系 ...

谢谢Sob老师，没参加线下培训，在通过您的音频和PPT学习，我再看看您提到的那一章。

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