计算化学公社

标题: 一个有机物吸附在同一催化剂的不同晶面上，计算出来的吸附能为正值合理吗 [打印本页]

作者
Author: 科研好难 时间: 2024-3-21 10:22
标题: 一个有机物吸附在同一催化剂的不同晶面上，计算出来的吸附能为正值合理吗
各位老师好，我将同一个有机物吸附在同一催化剂的不同晶面上时计算得出的吸附能为正值，请问这正常吗？（自行谷歌了一下，众说纷纭）如果正常的话，正的吸附能是越大越稳定还是越小越稳定呢？由于非化学类专业出身，不太能分析这种情况，望各位懂的老师指点一下，非常感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-21 10:55
如果是电子能量求差，明显算得不对，除非你算的表面和被吸附物带的净电荷相同。如果是自由能求差，由于熵罚效应，温度不很低时吸附自由能为正很正常，说明热力学不自发

吸附能越负越稳定

作者
Author: 科研好难 时间: 2024-3-21 20:51

sobereva 发表于 2024-3-21 10:55
如果是电子能量求差，明显算得不对，除非你算的表面和被吸附物带的净电荷相同。如果是自由能求差，由于熵罚 ...

sob老师，我算的吸附能就是用CP2K结构优化完成后得到的能量（Total FORCE_EVAL ( QS ) energy）算的，根据我对电子能量和自由能的理解，我这个应该是自由能求差,所以正值是正常的吧？还有吸附能越负越稳定对于吸附能为正值时是不是就是越小越稳定？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-21 21:47

科研好难发表于 2024-3-21 20:51
sob老师，我算的吸附能就是用CP2K结构优化完成后得到的能量（Total FORCE_EVAL ( QS ) energy）算的，根 ...

你用电子能量求差得到正值，这已经是错的了，必须先解决这个问题，用自由能求差是后话

作者
Author: 科研好难 时间: 2024-3-22 10:13

sobereva 发表于 2024-3-21 21:47
你用电子能量求差得到正值，这已经是错的了，必须先解决这个问题，用自由能求差是后话

sob老师，CP2K计算什么是电子能量求差？计算什么又是自由能求差呢？我不是很懂，我以为Total FORCE_EVAL ( QS ) energy是自由能所以我这是自由能求差呢。还有我的错误是什么导致的呢，结构错误？计算方法错误？设置错误？麻烦老师帮我解释一下并告诉我该怎么修改一下重新计算吸附能。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-22 17:02

科研好难发表于 2024-3-22 10:13
sob老师，CP2K计算什么是电子能量求差？计算什么又是自由能求差呢？我不是很懂，我以为Total FORCE_EVAL ...

你不做振动分析怎么可能给你自由能。先把此文看了（PS：亟需恶补基本常识）
谈谈该从Gaussian输出文件中的什么地方读电子能量
http://sobereva.com/488（http://bbs.keinsci.com/thread-13450-1-1.html）
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552（http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html）

参考北京科音基础（中级）量子化学培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KBQC_content.html）的ppt：
(, 下载次数 Times of downloads: 4)

作者
Author: 科研好难 时间: 2024-3-25 21:58

sobereva 发表于 2024-3-21 21:47
你用电子能量求差得到正值，这已经是错的了，必须先解决这个问题，用自由能求差是后话

sob老师，我分子是B3LYP/6-31G*计算的，催化剂用的PBEsol/pob-TZVP-rev2，吸附用的PBE/DZVP-MOLOPT-SR-GTH,电子能量求差为正值是不是因为泛函和机组不统一的原因？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-26 00:47

科研好难发表于 2024-3-25 21:58
sob老师，我分子是B3LYP/6-31G*计算的，催化剂用的PBEsol/pob-TZVP-rev2，吸附用的PBE/DZVP-MOLOPT-SR-GT ...

显然必须相同计算级别得到的能量才能求差，否则系统性误差没法充分抵消，结果没任何意义

作者
Author: 123wo 时间: 2024-3-26 09:09
可能还要注意一下吸附能的定义式，有的文献中吸附能的定义是和一般的做法反着来得

作者
Author: 科研好难 时间: 2024-3-26 10:29

sobereva 发表于 2024-3-26 00:47
显然必须相同计算级别得到的能量才能求差，否则系统性误差没法充分抵消，结果没任何意义

好的，谢谢sob老师的解答

作者
Author: 科研好难 时间: 2024-3-26 10:30

123wo 发表于 2024-3-26 09:09
可能还要注意一下吸附能的定义式，有的文献中吸附能的定义是和一般的做法反着来得

好的，我再好好看一下，谢谢

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