计算化学公社

标题: Gaussian对单层石墨烯几何优化后有虚频 [打印本页]

作者
Author: liuhao 时间: 2024-3-24 09:34
标题: Gaussian对单层石墨烯几何优化后有虚频
各位老师好，我想计算一个阳离子在单层石墨烯表面的吸附能，但是单层石墨烯优化后一直有虚频消不掉，希望老师们提出宝贵建议
单层石墨烯用Nanotube Modeler构建后，在GaussView剪裁为我想要的形状，之后边缘用H饱和。程序为G16 C01，几何优化采用opt freq b3lyp/6-311+g(d,p) em=gd3bj，优化完有较大虚频。我参照Sob老师的帖子《Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法》，尝试opt=tight，未消除；按照虚频调整结构，运行报错；尝试opt=clacall，能量开始波动。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-24 11:13
参考下文关于计算石墨烯片段的讨论
18碳环（cyclo[18]carbon）与石墨烯的相互作用：基于簇模型的研究一例
http://sobereva.com/615（http://bbs.keinsci.com/thread-25306-1-1.html）
并且去掉弥散

给你石墨烯吸附18碳环在优化后的结构下无虚频的Gaussian输出文件作为参考
(, 下载次数 Times of downloads: 119)

作者
Author: 阿甘 时间: 2024-3-24 21:40
你的输入文件和输出文件的结构没对上。我一般做石墨烯片段的模型前会先在chemdraw画一下能不能画出那种单双键交替的结构式。我猜测你现在这个应该是画不出来的，如果按照你的骨架画出那种单双键交替的结构式的话应该会比你现在的模型多偶数个氢原子，也就是说你现在算的是个双自由基或者多自由基的体系，你试试看把b3lyp写成ub3lyp，再加个guess=mix，虚频估计就没了，但是我猜测算出来的结果大概率不是你打算研究的。

作者
Author: Dreamer1 时间: 2024-4-20 23:50

sobereva 发表于 2024-3-24 11:13
参考下文关于计算石墨烯片段的讨论
18碳环（cyclo[18]carbon）与石墨烯的相互作用：基于簇模型的研究一例
...

老师，我可以采用您分享的这个gaussian输出文件中的石墨烯片段建模，换其他溶剂分子建在这个石墨烯片段的中心，然后生成gjf输入文件，计算吸附能吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-21 05:05

Dreamer1 发表于 2024-4-20 23:50
老师，我可以采用您分享的这个gaussian输出文件中的石墨烯片段建模，换其他溶剂分子建在这个石墨烯片段的 ...

如果被吸附的分子的尺寸明显小于这个例子的石墨烯片段就可以

作者
Author: Dreamer1 时间: 2024-4-21 09:48

sobereva 发表于 2024-4-21 05:05
如果被吸附的分子的尺寸明显小于这个例子的石墨烯片段就可以

好的，谢谢老师

作者
Author: xxxhhh 时间: 2024-6-5 22:05
您好，我想问一下您有石墨烯的log文件或者gjf文件吗，可以发一下吗

作者
Author: liuhao 时间: 2024-6-11 22:34

xxxhhh 发表于 2024-6-5 22:05
您好，我想问一下您有石墨烯的log文件或者gjf文件吗，可以发一下吗

上面Sob老师分享的压缩包里就有

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