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标题: 求助：如何绘制多糖分子体系二面角角度对应能量变化图 [打印本页]

作者
Author: Rebecca 时间: 2024-4-22 16:27
标题: 求助：如何绘制多糖分子体系二面角角度对应能量变化图
各位老师好。多糖分子体系，共有ϕ角和φ角各48个，目前能够根据定义得到两个角度的值，但是想要得到如下图所示的角度对应能量变化图，应该如何采集能量？
二面角定义及想要得到的分布图如下所示。

作者
Author: lucky1999 时间: 2024-4-22 18:51
可以把这两种角度设置为两个CV，然后使用plumed结合gmx进行增强采样获得自由能随两个CV之间的关系

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-23 09:01
比较简单的做法是用Gaussian做两个二面角的柔性扫描，但这样得到的只是电子能量
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474（http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html）

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