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标题: CP2K运行Vibrational Analysis报错，另外如何设定压力 [打印本页]
作者
Author: stishovite    时间: 2024-5-8 20:10
标题: CP2K运行Vibrational Analysis报错，另外如何设定压力
本帖最后由 stishovite 于 2024-5-20 08:17 编辑

CP2K版本：官方编译版 cp2k-2024.1-Linux-gnu-x86_64.ssmp
任务类型：Vibrational analysis
输入文件：用Multiwfn3.8(dev)生成，见附件

复制代码
试了两台工作站，最开始运行都很顺利，但都会遇到Program received signal SIGABRT: Process abort signal. 而中断，两台工作站出现该问题的步骤阶段不一样，如下：

  1. Program received signal SIGABRT: Process abort signal.

  3. Backtrace for this error:
  4. #0  0x671aa6f in ???
  5.         at /home/abuild/rpmbuild/BUILD/glibc-2.31/nptl/../sysdeps/unix/sysv/linux/x86_64/sigaction.c:0
  6. #1  0x671a8eb in raise
  7.         at ../sysdeps/unix/sysv/linux/raise.c:51
  8. #2  0x6922084 in abort
  9.         at /home/abuild/rpmbuild/BUILD/glibc-2.31/stdlib/abort.c:79
  10. #3  0x32dafb8 in __message_passing_MOD_mp_abort
  11.         at /home/krack/github/cp2k/cp2k-2024.1/src/mpiwrap/message_passing.F:1272
  12. #4  0x32ddd37 in __base_hooks_MOD_cp_abort
  13.         at /home/krack/github/cp2k/cp2k-2024.1/src/base/base_hooks.F:76
  14. #5  0x1b3e659 in __qs_scf_MOD_scf_env_do_scf
  15.         at /home/krack/github/cp2k/cp2k-2024.1/src/qs_scf.F:607
  16. #6  0x1b4ac57 in __qs_scf_MOD_scf
  17.         at /home/krack/github/cp2k/cp2k-2024.1/src/qs_scf.F:246
  18. #7  0x13af62b in __qs_energy_MOD_qs_energies
  19.         at /home/krack/github/cp2k/cp2k-2024.1/src/qs_energy.F:112
  20. #8  0x194840e in qs_forces
  21.         at /home/krack/github/cp2k/cp2k-2024.1/src/qs_force.F:200
  22. #9  0xf34e61 in __force_env_methods_MOD_force_env_calc_energy_force
  23.         at /home/krack/github/cp2k/cp2k-2024.1/src/force_env_methods.F:255
  24. #10  0xa0ed9b in __f77_interface_MOD_calc_energy_force
  25.         at /home/krack/github/cp2k/cp2k-2024.1/src/f77_interface.F:1345
复制代码


另外，请教一个关于压力的问题：

在Vibrational Analysis输入文件里的TC_PRESSURE，和晶胞优化输入文件里的EXTERNAL_PRESSURE是什么关系？
例如，在EXTERNAL_PRESSURE = 100Pa优化晶胞后，输出结果用于Vibrational Analysis，那么在Vibrational Analysis输入文件里的TC_PRESSURE也应该是100Pa吗？

如果想要计算一个晶体在不同压力下的光谱，应该采取什么策略？
1. 用不同的压力优化晶胞，在Vibrational Analysis沿用相应的压力？
2. 在某个压力下优化好晶胞，在Vibrational Analysis设定不同的压力？
3. 或者其他方法？

请大家不吝赐教！

(, 下载次数 Times of downloads: 3)



作者
Author: sobereva    时间: 2024-5-8 20:35
ssmp版做不了振动分析

TC_PRESSURE是CP2K算热力学量时候用的压力。不建议用CP2K直接输出的热力学量，建议用Shermo计算，载入CP2K振动分析输出文件即可：
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552（http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html）

如果你算的是固体，哪个压力下做变胞优化，Shermo计算时settings.ini里的P就设多少
作者
Author: stishovite    时间: 2024-5-8 22:42
本帖最后由 stishovite 于 2024-5-16 16:57 编辑
sobereva 发表于 2024-5-8 20:35
ssmp版做不了振动分析

TC_PRESSURE是CP2K算热力学量时候用的压力。不建议用CP2K直接输出的热力学量，建 ...

十分感谢sob老师的解答，我明天尝试在本地编译一下cp2k。目前我体验了sob老师的Multiwfn，对新手的帮助简直太大了，非常期待下一步用Shermo分析数据 。

另外继续问一个光谱计算的问题，sob老师在另外一个帖子的回复里提到，直接用原胞计算光谱的误差大，通常的做法是扩胞以后再算。我的问题是，扩胞可以在原胞完成结构优化以后，振动分析之前扩吗？还是说需要保持一致，最开始结构优化的对象就得是超胞？亦或两用方式都可以？
作者
Author: sobereva    时间: 2024-5-10 07:30
stishovite 发表于 2024-5-8 22:42
十分感谢sob老师这么晚还在帮我解答问题，我明天尝试在本地编译一下cp2k。目前我体验了sob老师的Multiwfn ...

可以原胞优化，之后扩胞再做振动分析
注意超胞计算的各方向k点数应当等于原胞用的除以相应方向的扩胞倍数
作者
Author: stishovite    时间: 2024-5-10 19:08
本帖最后由 stishovite 于 2024-5-20 08:19 编辑
sobereva 发表于 2024-5-10 07:30
可以原胞优化，之后扩胞再做振动分析
注意超胞计算的各方向k点数应当等于原胞用的除以相应方向的扩胞倍 ...

谢谢sob老师，我第一步做了结构优化，然后用优化后的结构生成振动分析的输入文件，用了两个多小时算出结果，下图。
(, 下载次数 Times of downloads: 20)

请问sob老师：
1. 拉曼光谱的虚频是用单胞计算导致的吗，麻烦老师帮我检查一下inp文件。
2. 如果只想计算拉曼光谱，能否以及如何精简inp文件？
3. 另外您在回复中提到“注意超胞计算的各方向k点数应当等于原胞用的除以相应方向的扩胞倍数”，我不太明白具体怎么做。

不胜感激。



作者
Author: sobereva    时间: 2024-5-10 21:46
stishovite 发表于 2024-5-10 19:08
谢谢sob老师，昨天对着您的安装教程，在我的机子似乎上编译成功了。配置是您推荐的AMD Ryzen9 7950x + 64 ...

你的输入文件里没有晶胞倍数的设置，当前晶胞又太小，结果没意义

没有可精简的

诸如原本a方向4个k点，如果振动分析时相应方向扩胞成两倍来算，此方向k点数改成4/2=2



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