计算化学公社

标题: 如何分析磷脂膜体系静电势分布并绘制云图 [打印本页]

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作者
Author: LNN    时间: 2024-5-20 15:51
标题: 如何分析磷脂膜体系静电势分布并绘制云图


前辈们好，目前在模拟磷脂膜体系，体系包含离子，在体系Z方向施加恒定电场，导师想要分析体系中离子的静电势分布，绘制云图，但是没找到方法
之前使用gmx potential命令计算了xyz方向的静电势，也只是得到了趋势图，
搜索公社，发现了Multiwfn+VMD这个方法，也安装尝试了其中的例子，但是不知道能不能应用于我的实验体系，
想问问前辈们有什么方法可以绘制静电势分布云图，感谢！

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作者
Author: sobereva    时间: 2024-5-21 02:58
Multiwfn跟这种周期性凝聚相情况没直接关系

可以考虑用VMD自带的extensions - analysis - PME electrostatics插件。记得必须有原子电荷信息才能用，可以安装http://bbs.keinsci.com/thread-37839-1-1.html插件，然后载入tpr文件以传递给VMD原子电荷信息。

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作者
Author: LNN    时间: 2024-5-22 16:05

sobereva 发表于 2024-5-21 02:58
Multiwfn跟这种周期性凝聚相情况没直接关系

可以考虑用VMD自带的extensions - analysis - PME electrost ...

谢谢sob老师回答，我去VMD官网搜索了一下pmepot plugin插件，但是说明有点简略没看懂，请问您有事例教程可供参考吗？

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