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标题: Linux系统中安装gromacs2020.6且编译为用AVX_512指令集计算出现错误 [打印本页]

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Author: 12313 时间: 2024-5-22 18:02
标题: Linux系统中安装gromacs2020.6且编译为用AVX_512指令集计算出现错误
老师们好，我想编译一个用AVX_512计算的gromacs，于是我下载了gmx-2020.6，并且通过cmake3 .. -DGMX_SIMD=AVX_512进行编写，出现提示说gcc版本需要>=5，但是在更新gcc版本后仍无法编译，不知道是为什么？gcc版本目前是6.1.0
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作者
Author: 牧生 时间: 2024-5-22 19:30
参考了
http://sobereva.com/457
我的是这样的命令，
cmake3 .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/jing/gmx2022.5 -DGMX_SIMD=AVX_512 -DGMX_GPU=CUDA -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda

而不是光秃秃的 cmake3 .. -DGMX_SIMD=AVX_512

作者
Author: 12313 时间: 2024-5-22 20:11

牧生发表于 2024-5-22 19:30
参考了
http://sobereva.com/457
我的是这样的命令，

谢谢你的回复，其实我是打算分两步来进行的
先是cmake3 .. -DGMX_SIMD=AVX_512
然后是cmake3 .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=路径

作者
Author: Dempey 时间: 2024-5-22 20:17
cmake使用选项“-DCMAKE_C_COMPILER=”、“-DCMAKE_CXX_COMPILER=”指定GCC编译器的位置
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作者
Author: 12313 时间: 2024-5-22 20:35

Dempey 发表于 2024-5-22 20:17
cmake使用选项“-DCMAKE_C_COMPILER=”、“-DCMAKE_CXX_COMPILER=”指定GCC编译器的位置

谢谢老师，另外我还想问一下，GCC编译器的位置是指gcc这个文件的位置吗？

作者
Author: Dempey 时间: 2024-5-22 20:48
本帖最后由 Dempey 于 2024-5-22 20:53 编辑

12313 发表于 2024-5-22 20:35
谢谢老师，另外我还想问一下，GCC编译器的位置是指gcc这个文件的位置吗？

是的，-DCMAKE_C_COMPILER是gcc的位置，-DCMAKE_CXX_COMPILER是g++的位置，另外cmake命令需要一次写完，不要分布执行，如我的命令：

cmake .. -DGMX_GPU=CUDA -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gromacs-2023.3-float-threadmpi-gpu -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda -DCMAKE_PREFIX_PATH=/opt/tool/fftw-3.3.10-float -DCMAKE_C_COMPILER=/opt/tool/gcc-13.2.0/bin/gcc -DCMAKE_CXX_COMPILER=/opt/tool/gcc-13.2.0/bin/g++ -DGMX_SIMD=AVX_512

复制代码

作者
Author: 12313 时间: 2024-5-22 21:58

Dempey 发表于 2024-5-22 20:48
是的，-DCMAKE_C_COMPILER是gcc的位置，-DCMAKE_CXX_COMPILER是g++的位置，另外cmake命令需要一次写完， ...

老师，之后我又依次进行了cmake3 .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/data/sob/gromacs-2020.6和
make install -j
但是make install -j 之后，显示这样的错误，这是为什么呢？
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作者
Author: 牧生 时间: 2024-5-22 22:05
本帖最后由牧生于 2024-5-23 10:32 编辑

12313 发表于 2024-5-22 21:58
老师，之后我又依次进行了cmake3 .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/data/sob/gromacs-2020.6和
make install ...

用更高版本的gmx即可，我用的2022.6
也可以去注释那一行代码。具体的在论坛里搜一下就能找到。

http://bbs.keinsci.com/thread-42578-1-1.html

http://bbs.keinsci.com/thread-31440-1-1.html

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Author: 12313 时间: 2024-5-23 09:07

牧生发表于 2024-5-22 22:05
用更高版本的gmx即可，我用的2022.6
也可以去注释那一行代码。具体的在论坛里搜一下就能找到。

好的谢谢老师，我试试

作者
Author: 12313 时间: 2024-5-23 19:31

牧生发表于 2024-5-22 22:05
用更高版本的gmx即可，我用的2022.6
也可以去注释那一行代码。具体的在论坛里搜一下就能找到。

老师，我试了一下gmx2022.6，能够成功安装，但是在终端输入gmx后出现这样的错误是为什么呢？
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