求助GPU版本的GMX报错nvcc fatal : Unsupported gpu architecture 'compute_30'

zhuceyu

1.系统ubuntu20.04，已安装gromacs2018.8目录为/sob/gmx2018.8。现在想安装编译GPU的gromacs2018，就把安装目录名重命名为gmx2018.82，然后按照教程（http://sobereva.com/457）重新安装。在make install -j出现错误"nvcc fatal   : Unsupported gpu architecture 'compute_30'"。这个错误可能是gpu和cuda版本不匹配的，或者是gmx版本和cuda版本不匹配，该如何解决呢？2.CUDA版本11.7，显卡rtx3080 ，gcc version 9.4.0

补充：Cmake命令：cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/sob/gmx2018.8_GPU -DGMX_GPU=ON -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda-11.7
输出结果有：-- Found CUDA: /usr/local/cuda-11.7 (found suitable version "11.7", minimum required is "6.5")
Cmake、make命令结果见附件。


admin888@admin888-System-Product-Name:~$ nvcc  --version
nvcc: NVIDIA (R) Cuda compiler driver
Copyright (c) 2005-2022 NVIDIA Corporation
Built on Wed_Jun__8_16:49:14_PDT_2022
Cuda compilation tools, release 11.7, V11.7.99
Build cuda_11.7.r11.7/compiler.31442593_0

牧生

http://bbs.keinsci.com/thread-22354-1-1.html

删除compute_30这一行

zhuceyu

牧生 发表于 2022-8-8 09:35
http://bbs.keinsci.com/thread-22354-1-1.html

删除compute_30这一行

这个帖子之前看过了，删除没有解决他的问题，他的问题就是我所提到cuda和gmx版本的原因。只删除文本可以解决吗，是修改.cmake文件吗？确定不是软硬件的原因吗？

牧生

zhuceyu 发表于 2022-8-8 10:04
这个帖子之前看过了，删除没有解决他的问题，他的问题就是我所提到cuda和gmx版本的原因。只删除文本可以 ...

在build文件夹内，cmake文件夹下的gmxManageNvccConfig.cmake，删除compute_30这一行
可解决
不是硬件原因

zhuceyu

牧生 发表于 2022-8-8 10:23
在build文件夹内，cmake文件夹下的gmxManageNvccConfig.cmake，删除compute_30这一行
可解决
不是硬件 ...

好滴，谢谢您，我试一下。

abin

cuda 11.7 抛弃了对于compute_30的支持.

zhuceyu

牧生 发表于 2022-8-8 10:23
在build文件夹内，cmake文件夹下的gmxManageNvccConfig.cmake，删除compute_30这一行
可解决
不是硬件 ...

我用whereis也没有找到gmxManageNvccConfig.cmake。请问是Cmake下面的哪个文件呢？这里的两个.cmake文件都没有 compute_30的信息。

报错中Error generating
/sob/gromacs2018.8/build/src/gromacs/gpu_utils/tests/CMakeFiles/gpu_utilstest_cuda.dir//./gpu_utilstest_cuda_generated_devicetransfers.cu.o
也没有compute_30的信息。

zhuceyu

abin 发表于 2022-8-8 10:56
cuda 11.7 抛弃了对于compute_30的支持.

compute_30是什么设备呢？我是要cuda更换版本吗？重新安装低版本的然后修改环境变量？

牧生

zhuceyu 发表于 2022-8-8 11:00
我用whereis也没有找到gmxManageNvccConfig.cmake。请问是Cmake下面的哪个文件呢？这里的两个.cmake文件 ...

反复反复给你说了几遍，那我现在只有手把手的来了。

解压gromacs安装包

mkdir build

cd build

exportCMAKE_PREFIX_PATH=/fftw338

然后手动进入cmake文件夹，按图片操作

随手一拍，图片质量不高，但保证能看的明白

zhuceyu

牧生 发表于 2022-8-8 11:26
反复反复给你说了几遍，那我现在只有手把手的来了。
解压gromacs安装包mkdir buildcd buildexportCMAKE_PR ...

好的谢谢老师，修改的不是build下面的.cmake而是gromacs文件夹下的.cmake。之后修改环境之后，gmx就是启用GPU的版本了。

汤圆

我也遇到一样的问题了，编译2019.6，把compute_30注释掉之后，出现新的报错：
: *** [src/gromacs/CMakeFiles/libgromacs.dir/build.make:2533: src/gromacs/CMakeFiles/libgromacs.dir/awh/biasparams.cpp.o] Error 1
make[3]: *** Waiting for unfinished jobs....
make[2]: *** [CMakeFiles/Makefile2:3467: src/gromacs/CMakeFiles/libgromacs.dir/all] Error 2
make[1]: *** [CMakeFiles/Makefile2:2579: CMakeFiles/check.dir/rule] Error 2
make: *** [Makefile:615: check] Error 2

我的系统是Ubuntu 22.04 LTS，cmake版本3.23.3，fftw版本 3.3.10，nvcc版本如下:
nvcc: NVIDIA (R) Cuda compiler driver
Copyright (c) 2005-2022 NVIDIA Corporation
Built on Wed_Jun__8_16:49:14_PDT_2022
Cuda compilation tools, release 11.7, V11.7.99
Build cuda_11.7.r11.7/compiler.31442593_0

喵星大佬

汤圆 发表于 2022-8-22 17:47
我也遇到一样的问题了，编译2019.6，把compute_30注释掉之后，出现新的报错：
: *** [src/gromacs/CMakeFi ...

报错和nvcc无关，是gcc的问题

5磅兔22默认的gcc是11.2，太新了，不能编译2020之前的版本，换系统/编译器版本/gmx版本

有非周期性/group方式产生邻居列表/mm-gbsa需求留一个18的cpu版，其他所有情况目前建议2021.6，2022的奇奇怪怪的问题还有不少暂时不建议，不过可以尝鲜

zhuceyu

汤圆 发表于 2022-8-22 17:47
我也遇到一样的问题了，编译2019.6，把compute_30注释掉之后，出现新的报错：
: *** [src/gromacs/CMakeFi ...

修改的不是build下面的.cmake而是gromacs文件夹下的.cmake,我是这样修改后就好了，后面运行也没有报错。你也可以参考牧生发的。我的gcc是9.40，ubuntu20.04，cmake3.16.3，cuda11.7，gmx版本有2018.8gpu、2018cpu，2020cpu。我了解到的信息2018安装要求gcc和cmake不能太新。

faylovesnow

在make install -j出现错误"nvcc fatal   : Unsupported gpu architecture 'compute_30'"。这个错误可能是gpu和cuda版本不匹配的，或者是gmx版本和cuda版本不匹配。
经过测试，后续安装出现此错误的同学，首先要排查gpu驱动和cuda版本是否匹配，两者之间的对应关系去该网站 https://docs.nvidia.com/cuda/cud ... tle-resolved-issues 查询，若不满足。卸载相应驱动满足匹配要求再安装则不会报错。