计算化学公社

标题: Gaussian在集群LSF作业调度系统中的使用和权限问题 [打印本页]

作者
Author: syarnold 时间: 2024-7-22 18:07
标题: Gaussian在集群LSF作业调度系统中的使用和权限问题
前期工作：
1. 参照卢老师439博文中的步骤对Gaussian16进行了安装，对环境变量进行了配置，见图1；
2. 通过root账户对g16文件夹进行了chmod 750 -R *的权限设置，建立了新的gaussian分组并将本人使用的用户添加至此分组中，然后通过chown -R root:gaussian /root/g16对分组权限进行了设定，见图2；
3. 发现仍然不行后参照

目前情况：
参考过帖子请问各位一个关于gaussian安装的问题 - 量子化学 (Quantum Chemistry) - 计算化学公社 (keinsci.com)和小型集群中给所有用户安装公用G09过程 - 量子化学 (Quantum Chemistry) - 计算化学公社 (keinsci.com)中的方法也仍然不管用
仍旧提示没有权限，见图3。

sh脚本文件如下：
#!/bin/sh
# embedded options to bsub - start with #LSF
# -- our name ---
#BSUB -J 2molecules-2-1
# -- choose queue --
#BSUB -q normal
### -- specify that we need 2GB of memory per core/slot --
#BSUB -R "rusage[mem=40GB]"
# -- parallel environment requests --
#BSUB -n 20
### -- specify that the cores MUST BE on a single host! It's a SMP job! --
#BSUB -R "span[hosts=1]"
### -- Specify the output and error file. %J is the job-id --
### -- -o and -e mean append, -oo and -eo mean overwrite --
#BSUB -o Output_%J.out
#BSUB -e Error_%J.err
# -- end of LSF options --
# -- setup of the gaussian 16 environment --
export g16root=/opt
source $g16root/g16/bsd/g16.profile
export GAUSS_SCRDIR=/opt/g16/scratch
# -- commands you want to execute --
#
EXEC_CMD="/opt/g16"
INPUTFILE=2molecules-2-1.gjf
###g16 <2molecules-2-1.gjf> 2molecules-2-1.log

后期因/opt的硬盘不够大，我又将其安装至更大的/root目录下，但仍然是permission denied。下面展示目前的操作和权限，见图4，可以找到g16所在并对其进行读和运行，但提交作业脚本仍显示没有权限。调研和调试了好久也没有解决，于是上论坛上来麻烦各位老师进行指点。

作者
Author: abin 时间: 2024-7-22 20:06
难道你的系统上，普通用户可以去/root ?

作者
Author: syarnold 时间: 2024-7-23 08:21

abin 发表于 2024-7-22 20:06
难道你的系统上，普通用户可以去/root ?

课题组的集群，我就是半吊子管理员

作者
Author: 乐平 时间: 2024-7-23 10:23
本帖最后由乐平于 2024-7-23 10:51 编辑

社长的安装是在他自己的工作站，不是集群。而且他自己习惯用 root 来执行任何操作，不适合集群用户。所以，你按照他的安装过程在集群上是没有参考价值的…… 至少不能无脑照抄……

在集群上要清楚哪个是“共享区”，也就是所有用户都有读权限和操作权限的区域 (drwxr-xr-x），含义可以自行 bing 搜索。如果不知道什么是“共享区”，那就看你集群上其余的软件，比如 VASP, CP2K 之类的安装在哪里，就把 Gaussian16 也安装在相同的目录下。

比如，VASP 安装在  /public/software/vasp  目录下，那么你的 Gaussian16 也就安装在  /public/software/g16
然后，你已经建立了 gaussian 用户组，那么就需要给这个用户组的用户添加权限,  chmod g+rx /path/to/g16 （我看到你的第二张截图里是 drwxr-x----，说明组内用户只有进入 g16 目录的权限，没有读取的权限）

只有在共享区安装的软件才能被所以用户使用，而你安装到 /root 目录下，普通用户是不具备读取和操作（打开进入目录）的权限的……

另外，你说 /opt 硬盘空间不够大？你的集群里用户又不是在 /opt 里保存文件，空间大不大有什么关系……
如果你是担心 Scratch 文件太大，那么你干嘛要把scratch放在 /opt 目录下呢……  export GAUSS_SCRDIR=/opt/g16/scratch
你完全可以换个空间大且有读写权限的磁盘啊

作者
Author: syarnold 时间: 2024-7-23 12:56

乐平发表于 2024-7-23 10:23
社长的安装是在他自己的工作站，不是集群。而且他自己习惯用 root 来执行任何操作，不适合集群用户。所以， ...

感谢您的回复，这里我没有说明清楚，首先集群其他软件同样也是安装在/root目录下的，我也尝试过将整个g16文件夹权限改为drwxr-xr-x后提交任务仍然显示permission denied（重新连接后操作的，个人账户可以cd至/root路径），见图6。

第二是想问您一下scratch临时文件储存路径的问题。见图7，因为/opt和/root所在的硬盘只有500G和2T左右的大小，如果gaussian的scratch文件夹中的临时文件超过硬盘大小则会终止计算（测试中遇到过临时文件撑爆了这2T硬盘的算例），有没有办法可以将临时文件占用的空间分配给用户的硬盘中（总大小44T的那里）？

作者
Author: wxyhgk 时间: 2024-7-23 13:49
本帖最后由 wxyhgk 于 2024-7-23 13:58 编辑

我这里以我的配置为说明

1. 创建用户组

sudo groupadd sharedusers

复制代码

2. 将 `/home/share_apps` 目录的所有者和组更改为 `root` 和 `sharedusers`

sudo chown root:sharedusers /home/share_apps

复制代码

3. 设置目录权限，确保组成员可以读取、写入和执行该目录下的文件

sudo chmod 2775 /home/share_apps

复制代码

这里的 `2775` 权限设置确保了新的文件和子目录将继承 `sharedusers` 组。**2**：设置粘滞位（SGID）。当在一个目录上设置了 SGID 位后，任何在该目录下创建的新文件或子目录会继承这个目录的组，而不是创建者的默认组。，`775` 是标准的读写执行权限。

4. 将需要访问该目录的用户批量添加到 `sharedusers` 组

sudo usermod -aG sharedusers user1
sudo usermod -aG sharedusers user2
sudo usermod -aG sharedusers user3

复制代码

5. 刷新组权限

执行以下命令来刷新组权限

newgrp sharedusers

复制代码

(, 下载次数 Times of downloads: 83)

6. 在 slurm 脚本里面写入 Gaussian 的环境变量

# === g16 环境变量 ===
g16_path=$HOME/Software
export g16root=${g16_path}
export GAUSS_SCRDIR=${g16_path}/g16/scratch
source ${g16_path}/g16/bsd/g16.profile
export PGI_FASTMATH_CPU=sandybridge # AMD CPU 的设置

复制代码

然后就能用了

至于什么硬盘不够大，可以每一个用户建立一个 scratch 的临时目录，例如

对于名字为 xiaoming 的用户

# === g16 环境变量 ===
g16_path=$HOME/Software
export g16root=${g16_path}

复制代码

这里的 export GAUSS_SCRDIR=/home/xiaoming/Data/Gaussian/xiaoming-scratch 可以自己改变

作者
Author: 乐平 时间: 2024-7-23 14:59

syarnold 发表于 2024-7-23 12:56
感谢您的回复，这里我没有说明清楚，首先集群其他软件同样也是安装在/root目录下的，我也尝试过将整个g16 ...

1）你们这集群怎么安装软件的，全在 /root 下……

2）我说的意思就是让你把 scratch 放在大硬盘目录下啊，我复制的是你自己写的 export GAUSS_SCRDIR=/opt/g16/scratch
你把路径改到你那个 44T 的硬盘就行了啊

作者
Author: abin 时间: 2024-7-23 15:03
真是胡闹！

登录或者管理节点，你看到的/root
可能未必是计算节点上的/root。

除非，这个集群中，
将管理或者登录机器的/root共享给所有的计算节点。

这里有一个简单明了的集群架构示意图，
可以参考
https://hpc4you.github.io/

作者
Author: syarnold 时间: 2024-7-24 11:32

乐平发表于 2024-7-23 14:59
1）你们这集群怎么安装软件的，全在 /root 下……

2）我说的意思就是让你把 scratch 放在大硬盘目录下 ...

感谢回复！我也不知道为啥这么装的，我来之前就有了

作者
Author: syarnold 时间: 2024-7-24 13:05

wxyhgk 发表于 2024-7-23 13:49
我这里以我的配置为说明

1. 创建用户组

感谢回复！

我又重新按照您提供的方法安装和配置了一遍，权限给到2775的时候报错如图8所示，权限给2750和2770的时候都仍然显示同图3的permission denied。

作者
Author: syarnold 时间: 2024-7-24 13:07

abin 发表于 2024-7-23 15:03
真是胡闹！

登录或者管理节点，你看到的/root

感谢回复！

我将/root路径中gaussian删掉，又在/opt路径下重新解压了g16并配置环境，然而仍然显示没有权限，详见#10楼的回复内容。

作者
Author: wxyhgk 时间: 2024-7-24 14:57
本帖最后由 wxyhgk 于 2024-7-24 14:58 编辑

syarnold 发表于 2024-7-24 13:05
感谢回复！

我又重新按照您提供的方法安装和配置了一遍，权限给到2775的时候报错如图8所示，权限给275 ...

给出更详细的信息，用户组什么的，你给这个 Gaussian 报错的没有什么用

我上面的 “将需要访问该目录的用户批量添加到 `sharedusers` 组” 这一步必须做，不然是没有权力的

作者
Author: abin 时间: 2024-7-24 18:02
真是一团浆糊……

高斯本身要求owned by specific group,
not globally accessible.

作者
Author: syarnold 时间: 2024-7-25 09:30

abin 发表于 2024-7-24 18:02
真是一团浆糊……

高斯本身要求owned by specific group,

上述775权限是根据前一位老师提供的方法操作尝试了一下，其他时候都是使用的750权限且添加了特定组的

作者
Author: syarnold 时间: 2024-7-25 10:37

wxyhgk 发表于 2024-7-24 14:57
给出更详细的信息，用户组什么的，你给这个 Gaussian 报错的没有什么用

我上面的 “将需要访问该目录 ...

详细的用户组信息和现在权限信息见图9，都是按照流程和步骤走的呀

作者
Author: 乐平 时间: 2024-7-25 11:06
本帖最后由乐平于 2024-7-25 11:41 编辑

syarnold 发表于 2024-7-25 09:30
上述775权限是根据前一位老师提供的方法操作尝试了一下，其他时候都是使用的750权限且添加了特定组的

再说一次，只有在“共享区”安装的软件才能被所以用户使用，而你安装到 /root 或者 /opt 目录下，可能只是登录节点（管理节点）的 /root 或 /opt ，而不是与所有计算节点共享的 /root 或 /opt，因为每个节点（包括登陆节点，管理节点，计算节点）都有自己的 /root 或 /opt （因为每个节点都是独立的 Linux 系统，都有自己的 /root  /opt 目录）。

这也是 8楼 abin 老师提到的
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 302720&fromuid=1532

你可以 ssh 到任意计算节点，然后 cd /opt  然后 ls 看看是否有你安装的 g16 就能明白了。如果能在任意计算节点的 /opt  目录看到  g16  那说明 /opt 是“共享区”，否则不是。不在共享区，那么你前面折腾的什么 775,750 都是白折腾……

“共享区” 的意义是，无论你 ssh 到哪个节点，你 cd 到目录下都是你自己的 ~/YOUR_DIR  （这里的 YOUR_DIR 代表你自己的 home 目录，也就是你自己所以文件都保存的位置）
不信你可以试试看，你登录节点的 ~/YOUR_DIR 和你 ssh 到任意计算节点的 ~/YOUR_DIR 是一模一样的

而在“共享区” 还应该有一个路径是安装软件的地方，比如你用你自己的用户名（注意，不要用 root 管理员账号）登陆后，直接输入 pwd ，就能看到“共享区” 的完整路径。
在这个路径下输入 cd ../../ 就能看到所有用户的用户名（当然，你的集群可能和我这边的不同。从你 5楼帖子里的图2 来看，可能你的集群里就是 /home/YOUR_DIR 这个路径。如果是这样，那么你只需要 cd ../ 就可以了，ls  就能看到所以的用户名）。

通常情况下，安装软件也是在这里建立一个新目录，例如 softwares （当然，这时候需要用 root 管理员账号新建 software 目录）然后将所有软件都安装在 softwares 目录下。

最后，再说一下你那个 44 T 的硬盘，从你的截图上看（即 5楼帖子里的图2 ），其实已经用了 99% ，只剩下 547 GB 了……  你们组的数据从来不整理一下么……

作者
Author: wxyhgk 时间: 2024-7-25 11:42
本帖最后由 wxyhgk 于 2024-7-25 11:44 编辑

syarnold 发表于 2024-7-25 10:37
详细的用户组信息和现在权限信息见图9，都是按照流程和步骤走的呀

/root 是超级用户（root）的专用目录，普通用户通常没有权限访问这个目录。即使用户被添加到了相关组中，这个限制仍然存在。

作者
Author: syarnold 时间: 2024-7-25 16:12
本帖最后由 syarnold 于 2024-7-25 16:32 编辑

感谢回复！

了解了，以后不装/root路径下了

作者
Author: syarnold 时间: 2024-7-25 16:14

乐平发表于 2024-7-25 11:06
再说一次，只有在“共享区”安装的软件才能被所以用户使用，而你安装到 /root 或者 /opt 目录下，可能只 ...

感谢回复！

一开始解压到/root是因为之前课题组的软件也是安装此处的，我也不太懂就装这里了。在您的指点下，我又将g16解压到了/home/software路径下，然而相同的问题依然存在。

可以确定/home是共享区域，见图10。组别和权限设定见图10和11。新路径下的报错见图12。

作者
Author: wxyhgk 时间: 2024-7-25 16:41

syarnold 发表于 2024-7-25 16:14
感谢回复！

一开始解压到/root是因为之前课题组的软件也是安装此处的，我也不太懂就装这里了。在您的 ...

先试试这个命令

sudo setenforce 0

复制代码

然后运行 g16 看看是不是这个问题

作者
Author: 乐平 时间: 2024-7-25 16:56
本帖最后由乐平于 2024-7-25 17:26 编辑

syarnold 发表于 2024-7-25 16:14
感谢回复！

一开始解压到/root是因为之前课题组的软件也是安装此处的，我也不太懂就装这里了。在您的 ...

从你的图10 可以看到 /home/software/g16 的组是 root …… 你的用户组没有设置对……

下面是你帖子的截图

(, 下载次数 Times of downloads: 78)

下一个是我集群的截图
(, 下载次数 Times of downloads: 82)

作者
Author: syarnold 时间: 2024-7-25 17:22

wxyhgk 发表于 2024-7-25 16:41
先试试这个命令

感谢回复！

[root@Master software]# setenforce 0
setenforce: SELinux is disabled

之后尝试提交.sh脚本依旧提示：permission denied

/home/suiyi/.lsbatch/1721899048.27065.shell: line 21: /home/software/g16/bsd/g16.profile: Permission denied

哦对，有个点之前没有讲，通过个人账户直接g16 <xxx.gjf是可以提交运行的，但是提交.sh脚本就会提示权限不足

下面是脚本文件：
#!/bin/sh
# embedded options to bsub - start with #LSF
# -- our name ---
#BSUB -J 2molecules-2-1
# -- choose queue --
#BSUB -q normal
### -- specify that we need 2GB of memory per core/slot --
#BSUB -R "rusage[mem=40GB]"
# -- parallel environment requests --
#BSUB -n 20
### -- specify that the cores MUST BE on a single host! It's a SMP job! --
#BSUB -R "span[hosts=1]"
### -- Specify the output and error file. %J is the job-id --
### -- -o and -e mean append, -oo and -eo mean overwrite --
#BSUB -o Output_%J.out
#BSUB -e Error_%J.err
# -- end of LSF options --
# -- setup of the gaussian 16 environment --
export g16root=/home/software
export GAUSS_SCRDIR=/home/$USER/scratch
source /home/software/g16/bsd/g16.profile
export PGI_FASTMATH_CPU=sandybridge
# -- commands you want to execute --
#
EXEC_CMD="/home/software/g16"
INPUTFILE=2molecules-2-1.gjf
###g16 <2molecules-2-1.gjf> 2molecules-2-1.log

作者
Author: syarnold 时间: 2024-7-25 17:29

乐平发表于 2024-7-25 16:56
从你的图10 可以看到 /home/software/g16 的组是 root …… 你的用户组没有设置对……

下面是你帖子 ...

感谢回复！

第一个应该是所有者的组别吧，就是您那里的350；我这里root后面的那个1033是组别代码，我专门去/etc/group文件里查看了这个就是我新建的gauusers组，见上面的图11。

根据您这里的权限，我尝试将所有者和组别改成和您那边一样的，见图13，但仍然是报错permission denied。

作者
Author: wxyhgk 时间: 2024-7-25 17:31
本帖最后由 wxyhgk 于 2024-7-25 17:40 编辑

syarnold 发表于 2024-7-25 17:22
感谢回复！

[root@Master software]# setenforce 0

改成这个

#!/bin/bash
# embedded options to bsub - start with #LSF
# -- our name ---
#BSUB -J 2molecules-2-1
# -- choose queue --
#BSUB -q normal
# -- specify that we need 2GB of memory per core/slot --
#BSUB -R "rusage[mem=40GB]"
# -- parallel environment requests --
#BSUB -n 20
# -- specify that the cores MUST BE on a single host! It's a SMP job! --
#BSUB -R "span[hosts=1]"
# -- Specify the output and error file. %J is the job-id --
#BSUB -o Output_%J.out
#BSUB -e Error_%J.err
# -- end of LSF options --
# -- setup of the gaussian 16 environment --
export g16root=/home/software
export GAUSS_SCRDIR=/home/$USER/scratch
source /home/software/g16/bsd/g16.profile
export PGI_FASTMATH_CPU=sandybridge
# -- commands you want to execute --
EXEC_CMD="/home/software/g16/g16"
INPUTFILE=2molecules-2-1.gjf
$EXEC_CMD < $INPUTFILE > 2molecules-2-1.log

复制代码

使用 strace 工具跟踪执行过程，查找具体的权限问题

strace -o output.txt $EXEC_CMD < $INPUTFILE > 2molecules-2-1.log

复制代码

作者
Author: syarnold 时间: 2024-7-25 17:52

wxyhgk 发表于 2024-7-25 17:31
改成这个

感谢回复！

改成您说的之后error文件报错如下：
/home/suiyi/.lsbatch/1721900624.27070.shell: line 20: /home/software/g16/bsd/g16.profile: Permission denied
/home/suiyi/.lsbatch/1721900624.27070.shell: line 25: /home/software/g16/g16: Permission denied
strace: Can't stat '/home/software/g16/g16': Permission denied

然后生成output.txt是空的没有内容。

所有者改成乐平老师提供参考的350或root都是依旧，权限见图14。

作者
Author: 乐平 时间: 2024-7-25 21:56
本帖最后由乐平于 2024-7-25 22:18 编辑

syarnold 发表于 2024-7-25 17:52
感谢回复！

改成您说的之后error文件报错如下：

你看看 g16 目录下的 g16, 以及所有的 *.exe （也就是 l101.exe, l102.exe ..... ）是不是都是 -rwxr-x--- 属性呢？
你 cd 到 bsd 目录里，看看的 bsd 目录里面的 g16.profile 文件是不是 -rwxr-x--- 属性呢？

作者
Author: wxyhgk 时间: 2024-7-25 22:43
先不用集群来，直接用 sh 脚本

#!/bin/bash
export g16root=/home/software
export GAUSS_SCRDIR=/home/$USER/scratch
source /home/software/g16/bsd/g16.profile
export PGI_FASTMATH_CPU=sandybridge
EXEC_CMD="/home/software/g16/g16"
INPUTFILE=2molecules-2-1.gjf
$EXEC_CMD < $INPUTFILE > 2molecules-2-1.log

复制代码

如果是 NFS 文件挂载，看看挂载选项

sudo mount -o remount,exec /路径/to/mount

复制代码

你的 slurm 是什么用户？root 吗还是什么？

作者
Author: syarnold 时间: 2024-7-26 09:59

wxyhgk 发表于 2024-7-25 22:43
先不用集群来，直接用 sh 脚本

感谢回复！

不用集群直接sh脚本也是和25#楼同样的报错。

我们这个应该是LSF，不是slurm。我这边一般是用个人用户进行计算，需要修改配置等我也可以登录root用户进行操作。

NFS挂载选项我不太懂，尝试显示了一下您帮忙看下这里有无问题：
[root@Master software]# mount -o remount,exec /opt
[root@master software]# cat /proc/mounts
rootfs / rootfs rw 0 0
sysfs /sys sysfs rw,nosuid,nodev,noexec,relatime 0 0
proc /proc proc rw,nosuid,nodev,noexec,relatime 0 0
devtmpfs /dev devtmpfs rw,nosuid,size=65709876k,nr_inodes=16427469,mode=755 0 0
securityfs /sys/kernel/security securityfs rw,nosuid,nodev,noexec,relatime 0 0
tmpfs /dev/shm tmpfs rw,nosuid,nodev 0 0
devpts /dev/pts devpts rw,nosuid,noexec,relatime,gid=5,mode=620,ptmxmode=000 0 0
tmpfs /run tmpfs rw,nosuid,nodev,mode=755 0 0
tmpfs /sys/fs/cgroup tmpfs ro,nosuid,nodev,noexec,mode=755 0 0
cgroup /sys/fs/cgroup/systemd cgroup rw,nosuid,nodev,noexec,relatime,xattr,release_agent=/usr/lib
/systemd/systemd-cgroups-agent,name=systemd 0 0pstore /sys/fs/pstore pstore rw,nosuid,nodev,noexec,relatime 0 0
cgroup /sys/fs/cgroup/cpu,cpuacct cgroup rw,nosuid,nodev,noexec,relatime,cpuacct,cpu 0 0
cgroup /sys/fs/cgroup/perf_event cgroup rw,nosuid,nodev,noexec,relatime,perf_event 0 0
cgroup /sys/fs/cgroup/devices cgroup rw,nosuid,nodev,noexec,relatime,devices 0 0
cgroup /sys/fs/cgroup/freezer cgroup rw,nosuid,nodev,noexec,relatime,freezer 0 0
cgroup /sys/fs/cgroup/net_cls,net_prio cgroup rw,nosuid,nodev,noexec,relatime,net_prio,net_cls 0
0cgroup /sys/fs/cgroup/hugetlb cgroup rw,nosuid,nodev,noexec,relatime,hugetlb 0 0
cgroup /sys/fs/cgroup/memory cgroup rw,nosuid,nodev,noexec,relatime,memory 0 0
cgroup /sys/fs/cgroup/pids cgroup rw,nosuid,nodev,noexec,relatime,pids 0 0
cgroup /sys/fs/cgroup/blkio cgroup rw,nosuid,nodev,noexec,relatime,blkio 0 0
cgroup /sys/fs/cgroup/cpuset cgroup rw,nosuid,nodev,noexec,relatime,cpuset 0 0
configfs /sys/kernel/config configfs rw,relatime 0 0
/dev/mapper/centos_master-root / xfs rw,relatime,attr2,inode64,noquota 0 0
systemd-1 /proc/sys/fs/binfmt_misc autofs rw,relatime,fd=32,pgrp=1,timeout=0,minproto=5,maxproto=
5,direct,pipe_ino=24308 0 0mqueue /dev/mqueue mqueue rw,relatime 0 0
hugetlbfs /dev/hugepages hugetlbfs rw,relatime 0 0
debugfs /sys/kernel/debug debugfs rw,relatime 0 0
nfsd /proc/fs/nfsd nfsd rw,relatime 0 0
/dev/sda2 /boot xfs rw,relatime,attr2,inode64,noquota 0 0
/dev/mapper/master1 /home xfs rw,relatime,attr2,inode64,noquota 0 0
sunrpc /var/lib/nfs/rpc_pipefs rpc_pipefs rw,relatime 0 0
tmpfs /run/user/1029 tmpfs rw,nosuid,nodev,relatime,size=13152052k,mode=700,uid=1029,gid=1029 0 0
tmpfs /run/user/0 tmpfs rw,nosuid,nodev,relatime,size=13152052k,mode=700 0 0
tmpfs /var/log/rtlog tmpfs rw,relatime,size=61440k 0 0
cu01:/opt /opt nfs4 rw,relatime,vers=4.1,rsize=1048576,wsize=1048576,namlen=255,hard,proto=tcp,ti
meo=600,retrans=2,sec=sys,clientaddr=192.168.100.1,local_lock=none,addr=192.168.100.11 0 0tmpfs /run/user/1021 tmpfs rw,nosuid,nodev,relatime,size=13152052k,mode=700,uid=1021,gid=10 0 0
tmpfs /run/user/1023 tmpfs rw,nosuid,nodev,relatime,size=13152052k,mode=700,uid=1023,gid=1023 0 0
tmpfs /run/user/1020 tmpfs rw,nosuid,nodev,relatime,size=13152052k,mode=700,uid=1020,gid=1020 0 0
tmpfs /run/user/1010 tmpfs rw,nosuid,nodev,relatime,size=13152052k,mode=700,uid=1010,gid=1010 0 0
tmpfs /run/user/1007 tmpfs rw,nosuid,nodev,relatime,size=13152052k,mode=700,uid=1007,gid=1007 0 0
tmpfs /run/user/1030 tmpfs rw,nosuid,nodev,relatime,size=13152052k,mode=700,uid=1030,gid=1030 0 0

作者
Author: syarnold 时间: 2024-7-26 10:04

乐平发表于 2024-7-25 21:56
你看看 g16 目录下的 g16, 以及所有的 *.exe （也就是 l101.exe, l102.exe ..... ）是不是都是 -rwxr-x ...

感谢回复！

g16目录下的文件的权限也都是是 -rwxr-x--- 属性，见图15；bsd路径下的文件同样也是，见图16.

作者
Author: wxyhgk 时间: 2024-7-26 10:21

syarnold 发表于 2024-7-26 09:59
感谢回复！

不用集群直接sh脚本也是和25#楼同样的报错。

怀疑是 Gaussian 版本的问题，我这里有 Gaussian16 C.01 的版本，你试试

https://www.123pan.com/s/U8JrVv-HIVEH.html

作者
Author: syarnold 时间: 2024-7-26 17:50

wxyhgk 发表于 2024-7-26 10:21
怀疑是 Gaussian 版本的问题，我这里有 Gaussian16 C.01 的版本，你试试

https://www.123pan.com/s/U ...

感谢回复！

试了好几遍一直都无法unzip，也尝试了jar -xvf但是集群没有安装jar也没连外网装不了。不知道是什么原因

[root@Master software]# unzip G16-C01-AVX.zip
Archive:  G16-C01-AVX.zip
  End-of-central-directory signature not found.  Either this file is not
  a zipfile, or it constitutes one disk of a multi-part archive.  In the
  latter case the central directory and zipfile comment will be found on
  the last disk(s) of this archive.
unzip:  cannot find zipfile directory in one of G16-C01-AVX.zip or
      G16-C01-AVX.zip.zip, and cannot find G16-C01-AVX.zip.ZIP, period.

作者
Author: wxyhgk 时间: 2024-7-26 19:38

syarnold 发表于 2024-7-26 17:50
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试了好几遍一直都无法unzip，也尝试了jar -xvf但是集群没有安装jar也没连外网装不了。不知 ...

因为是在mac os 上压缩的，可能有些兼容性问题，不能使用命令行

作者
Author: syarnold 时间: 2024-7-29 08:42

wxyhgk 发表于 2024-7-26 19:38
因为是在mac os 上压缩的，可能有些兼容性问题，不能使用命令行

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想方设法也没能解压好（只解压出来单独一个12G的无后缀文件），能麻烦大佬帮忙重新发一个版本的吗

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