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[Gaussian/gview] 小型集群中给所有用户安装公用G09过程

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发表于 Post on 2019-8-22 18:04:58 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
刚装完,记录一下。有问题也请高手指正
集群带有磁盘阵列,挂载/public目录下。
使用root账户在管理节点的/public/software下解压g09
在/public下建立scratch
其他安装参见
http://sobereva.com/439

安装完后
新建一个群组
groupadd gaussian

将集群里使用高斯的用户(如test用户)加入gaussian组:
groupmems -g gaussian -a test

给g09目录添加gaussian群组用户的权限
cd $g09root (即cd /public/software)
chgrp -R gaussian g09

然后同步群组用户信息到其他所有节点
我们用的是集群服务器公司的工具,如果没有
就手动将/etc/group /etc/passwd /etc/shadow等复制到其他节点。

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发表于 Post on 2019-8-22 18:20:44 | 显示全部楼层 Show all
好。我已经把此帖链接加到http://sobereva.com/439里了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的最佳途径。培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-8-22 20:41:24 | 显示全部楼层 Show all
还有一个/etc/gshadow文件

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发表于 Post on 2019-8-23 17:02:53 | 显示全部楼层 Show all
这个是每个节点都要安装一个Gaussian,还是只要在一个节点上安装就够了?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-4 22:57:57 | 显示全部楼层 Show all
rtransformation 发表于 2019-8-23 17:02
这个是每个节点都要安装一个Gaussian,还是只要在一个节点上安装就够了?

在磁盘阵列下安装的,每个节点都可以调用。

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发表于 Post on 2020-6-13 13:54:35 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 tjuptz 于 2020-6-13 15:48 编辑

求助:我在自己的小工作站上配置,root用户安装在/app/g09中,scratch设置在/home/g09/scratch下(/home容量大),对于这两个文件夹都用chgrp -R gaussian g09用户组(并把用户pei加到了用户组中),并对这俩文件夹都用chmod -R 770 g09加了权限,试了下root用户可以在/home/pei/job下可以跑任务,切换到pei后,在/home/pei/job创建chk文件时 open-new-file: Permission denied。不知道哪里出了问题

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发表于 Post on 2020-6-13 14:25:33 | 显示全部楼层 Show all
tjuptz 发表于 2020-6-13 13:54
求助:我在自己的小工作站上配置,root用户安装在/app/g09中,scratch设置在/home/g09/scratch下(/home容 ...

pei用户对/home/g09/scratch这个目录有可读写权限吗?

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发表于 Post on 2020-6-13 14:36:50 | 显示全部楼层 Show all
pwzhou 发表于 2020-6-13 14:25
pei用户对/home/g09/scratch这个目录有可读写权限吗?

pei用户在gaussian用户组,我root给该用户组加了770权限

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发表于 Post on 2020-6-13 14:42:09 | 显示全部楼层 Show all
tjuptz 发表于 2020-6-13 14:36
pei用户在gaussian用户组,我root给该用户组加了770权限

切换到pei用户下,在那个目录下用vi写一个文件然后保存一下就知道有没有权限了

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发表于 Post on 2020-6-13 15:53:47 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 tjuptz 于 2020-6-13 15:56 编辑
pwzhou 发表于 2020-6-13 14:42
切换到pei用户下,在那个目录下用vi写一个文件然后保存一下就知道有没有权限了

搞定了,是自己输入文件弄错了,谢谢您~

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发表于 Post on 2021-9-16 14:46:18 | 显示全部楼层 Show all
请问“手动将/etc/group /etc/passwd /etc/shadow等复制到其他节点”是将节点1中/etc/group  /etc/passwd /etc/shadow 文件中的所有内容都替换其他节点相应文件的内容?

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发表于 Post on 2021-9-16 16:06:36 | 显示全部楼层 Show all
“将/etc/group /etc/passwd /etc/shadow等复制到其他节点”可能非常危险!我在实践中发现,有时跨机器迁移这些文件后会导致无法SSH连接,只能到机器前手动用/etc/passwd-等进行恢复。据称有可能是不同机器间某些低位系统用户的uid/gid不一致导致的。

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发表于 Post on 2022-12-20 10:03:24 | 显示全部楼层 Show all
ORCA在集群上安装同理吗

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