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[Gaussian/gview] 小型集群中给所有用户安装公用G09过程

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发表于 2019-8-22 18:04:58 | 显示全部楼层 |阅读模式
刚装完,记录一下。有问题也请高手指正
集群带有磁盘阵列,挂载/public目录下。
使用root账户在管理节点的/public/software下解压g09
在/public下建立scratch
其他安装参见
http://sobereva.com/439

安装完后
新建一个群组
groupadd gaussian

将集群里使用高斯的用户(如test用户)加入gaussian组:
groupmems -g gaussian -a test

给g09目录添加gaussian群组用户的权限
cd $g09root (即cd /public/software)
chgrp -R gaussian g09

然后同步群组用户信息到其他所有节点
我们用的是集群服务器公司的工具,如果没有
就手动将/etc/group /etc/passwd /etc/shadow等复制到其他节点。

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发表于 2019-8-22 18:20:44 | 显示全部楼层
好。我已经把此帖链接加到http://sobereva.com/439里了
第七届北京科音分子动力学与GROMACS培训班 预计于8月于北京举办,内容见http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html,欢迎关注。报名时间将在培训开始前一个月于北京科音官网通知。
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发表于 2019-8-22 20:41:24 | 显示全部楼层
还有一个/etc/gshadow文件

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发表于 2019-8-23 17:02:53 | 显示全部楼层
这个是每个节点都要安装一个Gaussian,还是只要在一个节点上安装就够了?

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 楼主| 发表于 2019-9-4 22:57:57 | 显示全部楼层
rtransformation 发表于 2019-8-23 17:02
这个是每个节点都要安装一个Gaussian,还是只要在一个节点上安装就够了?

在磁盘阵列下安装的,每个节点都可以调用。

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发表于 2020-6-13 13:54:35 | 显示全部楼层
本帖最后由 tjuptz 于 2020-6-13 15:48 编辑

求助:我在自己的小工作站上配置,root用户安装在/app/g09中,scratch设置在/home/g09/scratch下(/home容量大),对于这两个文件夹都用chgrp -R gaussian g09用户组(并把用户pei加到了用户组中),并对这俩文件夹都用chmod -R 770 g09加了权限,试了下root用户可以在/home/pei/job下可以跑任务,切换到pei后,在/home/pei/job创建chk文件时 open-new-file: Permission denied。不知道哪里出了问题

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发表于 2020-6-13 14:25:33 | 显示全部楼层
tjuptz 发表于 2020-6-13 13:54
求助:我在自己的小工作站上配置,root用户安装在/app/g09中,scratch设置在/home/g09/scratch下(/home容 ...

pei用户对/home/g09/scratch这个目录有可读写权限吗?

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发表于 2020-6-13 14:36:50 | 显示全部楼层
pwzhou 发表于 2020-6-13 14:25
pei用户对/home/g09/scratch这个目录有可读写权限吗?

pei用户在gaussian用户组,我root给该用户组加了770权限

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发表于 2020-6-13 14:42:09 | 显示全部楼层
tjuptz 发表于 2020-6-13 14:36
pei用户在gaussian用户组,我root给该用户组加了770权限

切换到pei用户下,在那个目录下用vi写一个文件然后保存一下就知道有没有权限了

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发表于 2020-6-13 15:53:47 | 显示全部楼层
本帖最后由 tjuptz 于 2020-6-13 15:56 编辑
pwzhou 发表于 2020-6-13 14:42
切换到pei用户下,在那个目录下用vi写一个文件然后保存一下就知道有没有权限了

搞定了,是自己输入文件弄错了,谢谢您~
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