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标题: 使用gromacs模拟蛋白配体体系时，关于配体限制势文件在topol.top的位置问题？ [打印本页]

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Author: 12313 时间: 2024-7-30 12:40
标题: 使用gromacs模拟蛋白配体体系时，关于配体限制势文件在topol.top的位置问题？
本帖最后由 12313 于 2024-7-30 14:38 编辑

各位老师好，我要模拟的体系是蛋白配体复合物体系，配体是多肽小分子，我使用pdb2gmx命令，通过输入配体和受体蛋白的pdb文件，分别产生了各自的gro、itp、top文件。之后我将配体gro文件的内容复制到受体的gro文件并将原子数进行了相加，在受体的topol.top文件中引入限制势文件，如图所示。但是在使用gmx grompp进行添加离子的操作时，出现如图的错误，显示没有Protein_chain_B这个分子类型，请问该如何解决？（图中LPPR.itp是配体的限制文件，posre.itp是受体蛋白的限制文件，chainA是受体蛋白，chainB是多肽配体）
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作者
Author: Loading0760 时间: 2024-7-30 13:23
图呢?

作者
Author: KanbeKotori 时间: 2024-7-30 13:56
其他的先不管，既然显示没有这个分子类型，那就去蛋白拓扑文件里检查。每种分子类型都必须有先前定义的其对应部分，所以需要在蛋白拓扑文件中引用配体的itp文件以及到[molecules]添加分子

作者
Author: 12313 时间: 2024-7-30 14:38

Loading0760 发表于 2024-7-30 13:23
图呢?

抱歉抱歉，是我的疏忽，已经添加了

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-7-30 16:04
本帖最后由 Seyilaxa 于 2024-7-30 16:09 编辑

图里没看到是否引用了配体的itp文件

作者
Author: 12313 时间: 2024-7-30 19:26

Seyilaxa 发表于 2024-7-30 16:04
图里没看到是否引用了配体的itp文件

有添加，老师。图中LPPR.itp就是我的配体itp文件
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作者
Author: student0618 时间: 2024-7-30 20:04
那是位置限制文件还是配体拓朴？一楼指是限制文件，但5楼问的是拓朴吧。有没有include它的拓朴？
如果配体的力场文件不应放在 #ifdef POSRES 部分哦，检查一下它是什么。

建议多了解一下Gromacs topology文件结构，每个报错指那部份；问问题时最好给完整topol.top (有机密的话可涂掉一部份吧)不然其他人很难帮忙的。

作者
Author: 12313 时间: 2024-7-30 21:27
本帖最后由 12313 于 2024-7-30 21:33 编辑

student0618 发表于 2024-7-30 20:04
那是位置限制文件还是配体拓朴？一楼指是限制文件，但5楼问的是拓朴吧。有没有include它的拓朴？
如果配体 ...

谢谢老师，这个LPPR.itp是通过gmx pdb2gmx指令输入配体的pdb文件后产生的，所以它是位置限制文件吗？因为我总是把它和gmx genrestr产生的itp文件搞混

作者
Author: student0618 时间: 2024-7-30 21:47

12313 发表于 2024-7-30 21:27
谢谢老师，这个LPPR.itp是通过gmx pdb2gmx指令输入配体的pdb文件后产生的，所以它是位置限制文件吗？因为 ...

不清楚那是什麼可打开那itp來看看。

作者
Author: 12313 时间: 2024-7-30 22:16

student0618 发表于 2024-7-30 21:47
不清楚那是什麼可打开那itp來看看。

老师，我已上传

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-7-30 23:17
本帖最后由 Seyilaxa 于 2024-7-30 23:18 编辑

12313 发表于 2024-7-30 22:16
老师，我已上传

很明显这是限制文件，你在1L也说了“图中LPPR.itp是配体的限制文件”
gmx pdb2gmx会同时产生两个文件，一个是配体的拓扑文件，一个是限制文件，两个东西不能混为一谈

作者
Author: 12313 时间: 2024-7-31 11:39

Seyilaxa 发表于 2024-7-30 23:17
很明显这是限制文件，你在1L也说了“图中LPPR.itp是配体的限制文件”
gmx pdb2gmx会同时产生两个文件， ...

谢谢老师，我明白了。那请问我该如何进行修改呢？

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-7-31 12:02

12313 发表于 2024-7-31 11:39
谢谢老师，我明白了。那请问我该如何进行修改呢？

把配体的拓扑文件include上就行

作者
Author: 12313 时间: 2024-7-31 15:08

Seyilaxa 发表于 2024-7-31 12:02
把配体的拓扑文件include上就行

老师，我已经按照正确的顺序在topol.top文件中进行了引用（在LPPR.top的结尾我已include位置限制文件LPPR.itp），但是还是出现了Invalid order for directive defaults，如图所示，请问我哪里出错了呢？
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作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-7-31 16:04

12313 发表于 2024-7-31 15:08
老师，我已经按照正确的顺序在topol.top文件中进行了引用（在LPPR.top的结尾我已include位置限制文件LPPR ...

你看看是不是LPPR.top文件里有[defaults]字段没有删掉，就用这个帖子里的格式来检查http://bbs.keinsci.com/thread-45783-1-1.html
另外如果受体和配体都是多肽和蛋白，没必要在不理解拓扑文件各字段的情况下给配体和受体蛋白分别创建拓扑文件再合并，gmx pdb2gmx可以给蛋白复合物直接创建拓扑文件

作者
Author: 12313 时间: 2024-7-31 16:22

Seyilaxa 发表于 2024-7-31 16:04
你看看是不是LPPR.top文件里有[defaults]字段没有删掉，就用这个帖子里的格式来检查http://bbs.keinsci.c ...

检查过了，老师，里面没有defaults字段。我明白您的给蛋白复合物直接创新拓扑文件的意见，只是我想两种方法都尝试一下。

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-7-31 17:34
本帖最后由 Seyilaxa 于 2024-7-31 17:37 编辑

12313 发表于 2024-7-31 16:22
检查过了，老师，里面没有defaults字段。我明白您的给蛋白复合物直接创新拓扑文件的意见，只是我想两种方 ...

那应该是还有另外什么地方重复了，你在include forcefield.itp前后还有出现[defaults]吗，建议把topol文件里涉及的所有文件都点开看看

作者
Author: 12313 时间: 2024-7-31 21:44

Seyilaxa 发表于 2024-7-31 17:34
那应该是还有另外什么地方重复了，你在include forcefield.itp前后还有出现[defaults]吗，建议把topol文 ...

确实是有地方重复了，去掉后问题就解决了，谢谢老师

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