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标题: GAFF力场和Berger力场能兼容吗？ [打印本页]

作者
Author: DOCTOR_Q 时间: 2024-9-9 13:40
标题: GAFF力场和Berger力场能兼容吗？
我是新入坑的菜鸟，想做一个聚合物分子与脂质双分子层膜的分子动力学模拟，脂质双分子层是gromacs官方教程里下载的DPPC膜，用的好像是OPLS和GROMOS的混合力场，我为了方便，用sobtop的GAFF力场处理了聚合物，请问这两个体系可以兼容吗？是不是最好要用OPLS-AA力场来处理聚合物分子？

作者
Author: fhh2626 时间: 2024-9-9 14:02
GAFF要搭配Amber的lipid21力场

作者
Author: 牧生 时间: 2024-9-9 14:37
GAFF, OPLS和GROMOS这三者不兼容。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-11 00:53
并不存在“gromacs官方教程”，看http://bbs.keinsci.com/thread-48043-1-1.html
某些教程里的做法并不合理或者完全过时、非主流，不要盲从
聚合物用GAFF或GAFF2，磷脂分子用和AMBER兼容的磷脂力场，诸如Lipid、Slipids等都可以，是非常理想的搭配
基于GROMOS87的Berger磷脂力场已经过时了。

作者
Author: student0618 时间: 2024-9-11 11:07
本帖最后由 student0618 于 2024-9-11 11:23 编辑

其实教程作者Justin自己也在gromacs forum说了他的lipid教程过时了，实际应用时不要用那protocol。
https://gromacs.bioexcel.eu/t/be ... -simulations/7284/4

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