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标题: GMX在蛋白-膜nvt平衡时，如何解决磷脂双分子层逐渐分离的问题 [打印本页]

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Author: sxwen 时间: 2024-9-19 09:50
标题: GMX在蛋白-膜nvt平衡时，如何解决磷脂双分子层逐渐分离的问题
本帖最后由 sxwen 于 2024-9-19 09:51 编辑

在进行蛋白-膜模拟时，我使用CHARMM-GUI建立了体系，然后自己加了水以及离子，但在第三步平衡时出现了error，在检查eq2.gro时，发现两层膜出现了分离（图1），请问各位导致膜分离的原因可能有那些，该如何解决呢？
注：
1、对http://bbs.keinsci.com/thread-40609-1-1.html 中提到的MemTransGen.sh 脚本做了一些注释删除了膜中的水分子，见文件MemTransGen_.sh。
2、平衡以及SMD的文件已上传。

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