(已弃用)GROMACS中伞型采样实例-以分子跨越皮肤为例（附code）

Acee

本文内容已弃用-望社长删除

Acee

这部分是实操内容，具体思路和概念，请看上一篇博文

吹梦到西洲

请问一下PMF的前后值相减就是跨膜的自由能差对吗 如果我想看到沿运动方向的自由能曲线能从这里得到吗？

Acee

吹梦到西洲 发表于 2023-10-26 18:39
请问一下PMF的前后值相减就是跨膜的自由能差对吗 如果我想看到沿运动方向的自由能曲线能从这里得到吗？

对，可以

Riggs-蹊

您好，打扰了，谢谢您的文件，我在利用您的文件运行的时候，出现报错：不存在POT.pdb文件，请问这个虚拟点的pdb文件时脚本自动生成的吗？还是需要自己设置？如果是自动生成的话，这个报错是因为添加虚原子类型那一步有问题吗？（我用的是charmmgui生成的模型，里面力场文件只有forcefield.itp，所以我添加在了forcefield.itp的atomtypes下面了）

iscadye

老师您好，我在运行第一个脚本的过程中出现下面的报错，请问可以帮忙解答一下吗，打扰了
Invalid command-line options
  In command-line option -f
    File 'solv.gro' does not exist or is not accessible.
    The file could not be opened.
      Reason: No such file or directory
      (call to fopen() returned error code 2)
  In command-line option -n
    File 'SOL.ndx' does not exist or is not accessible.
    The file could not be opened.
      Reason: No such file or directory
      (call to fopen() returned error code 2)
  In command-line option -o
    Too many values

Acee

iscadye 发表于 2024-5-21 17:21
老师您好，我在运行第一个脚本的过程中出现下面的报错，请问可以帮忙解答一下吗，打扰了
Invalid command- ...

没有生成solv.gro这个文件

lonemen

表皮可是由很厚的几十层细胞组成，各层细胞类型不同。请问用一层的磷脂双层膜，不知道能否说明问题呢？如果审稿人问起，应该如何回应呢？谢谢！

Acee

lonemen 发表于 2024-5-27 21:21
表皮可是由很厚的几十层细胞组成，各层细胞类型不同。请问用一层的磷脂双层膜，不知道能否说明问题呢？如果 ...

参考以前一些做皮肤或者细胞膜模拟的计算文章,往往会把体系简化,我觉得这个没有一个固定的说法,言之有理即可

lonemen

Acee 发表于 2024-5-27 21:54
参考以前一些做皮肤或者细胞膜模拟的计算文章,往往会把体系简化,我觉得这个没有一个固定的说法,言之有理 ...

好的，明白，多谢科普

1084584215

你好，请问pull.sh中的conf&i.gro是怎么获得的

Acee

1084584215 发表于 2024-6-5 16:56
你好，请问pull.sh中的conf&i.gro是怎么获得的

gmx editconf -sep

1084584215

Acee 发表于 2024-6-5 17:12
gmx editconf -sep

学习了，谢谢

ppisoncomputer

求教 我进行完施加限制这一步之后 想问一下如何制作跨膜分子和膜的复合物体系的拓扑文件呢？

JCenter

想问下您：该贴中PMF图中PMF曲线的error bar是怎么做的呢。和使用gmx wham命令行中-bsres输出的bsProfs.xvg和bsResult.xvg有关吗。