计算化学公社

标题: 如何获得蛋白质的电场力分布图 [打印本页]

作者
Author: 1154975925 时间: 2024-9-23 19:21
标题: 如何获得蛋白质的电场力分布图
gromacs可以得到蛋白质的电场力分布图吗，类似右图，或者说得到电荷的分布图，通过F=Eq说明 (, 下载次数 Times of downloads: 0)

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-23 22:42
这个图过于抽象，未必有什么意义
体现原子受力大小的话，由于力的大小正比于原子电荷，直接按原子电荷着色就能体现
使用Multiwfn+VMD以原子着色方式表现原子电荷、自旋布居、电荷转移、简缩福井函数
http://sobereva.com/425（http://bbs.keinsci.com/thread-10163-1-1.html）

作者
Author: 1154975925 时间: 2024-9-24 09:04

sobereva 发表于 2024-9-23 22:42
这个图过于抽象，未必有什么意义
体现原子受力大小的话，由于力的大小正比于原子电荷，直接按原子电荷着色 ...

感谢

作者
Author: 1154975925 时间: 2024-9-25 11:38

sobereva 发表于 2024-9-23 22:42
这个图过于抽象，未必有什么意义
体现原子受力大小的话，由于力的大小正比于原子电荷，直接按原子电荷着色 ...

2020.6 CUDA GPU加速版，AVX2指令集（88 MB）2019.6 CUDA GPU加速版，AVX指令集（93 MB）sob老师我使用了这两个版本 gmxoutchg 都显示 Error in finding #molblock 是不是需要换成2018版本的

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-25 22:32

1154975925 发表于 2024-9-25 11:38
2020.6 CUDA GPU加速版，AVX2指令集（88 MB）2019.6 CUDA GPU加速版，AVX指令集（93 MB）sob老师我使用了 ...

用这个做法

(, 下载次数 Times of downloads: 0)

作者
Author: 1154975925 时间: 2024-9-26 15:56

sobereva 发表于 2024-9-25 22:32
用这个做法

sob老师我发现dump导出来的文件里面没有水分子那些的电荷量，这样的话我怎么把pdb改成chg文件

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-26 23:08

1154975925 发表于 2024-9-26 15:56
sob老师我发现dump导出来的文件里面没有水分子那些的电荷量，这样的话我怎么把pdb改成chg文件

说清楚怎么dump的
认真看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

作者
Author: 1154975925 时间: 2024-9-27 09:28

sobereva 发表于 2024-9-26 23:08
说清楚怎么dump的
认真看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚

gmx dump -s md_0_1.tpr > dump.txt，这个 md_0_1.tpr是运行模拟之后得到的文件，dump.txt里面只有蛋白质电荷的信息而没有水分子的

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-28 00:22
按我全面已经说的，VMD载入tpr文件，保存成pqr，直接就有原子电荷了

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