计算化学公社

标题: 分子动力学模拟配体准备，resp电荷文件准备过程报错 [打印本页]

作者
Author: 听风饮雪 时间: 2024-11-14 22:46
标题: 分子动力学模拟配体准备，resp电荷文件准备过程报错
各位老师好，我想用蛋白质和环糊精进行分子动力学模拟分析其相互作用。我使用了分子对接后的配体环糊精构象进行配体准备。
在Gaussian中进行配体准备，在查阅了公社的相关资料后我决定使用
%nprocshared=32
%mem=70GB
%chk=CYC.chk
#p opt freq B3LYP/6-311G** em=GD3BJ nosymm geom=connectivity

pop=mk
进行resp电荷文件计算

计算了两天之后，突然显示报错，但我没有找到具体的报错内容，只显示出了以下内容

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查阅了计算化学公社内《Gaussian 常见报错及解决方法》后发现说End of XXXXXX F.D. properties file XXX does not exist.这几个语句的含义不明，但不是报错。其常被用户误以为是报错的原因是其出现在计算频率时较为耗时的进程前面，对较耗时的体系没有新的输出，故而使用户误以为“跑到这里就卡死了”，但其实经常是高斯正在进行计算，确认高斯还在运行中之后等待算完即可。
但我用top查阅了Gaussian是否还在运行发现其并未运行了（见下图），我该怎么办？小白，如果有能够参阅的资料希望各位老师能否推给我一下～万分感谢
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作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-15 12:50
多给点内存再试。如果死活解决不了就甭做振动分析。本来下文的脚本就都没有做振动分析这一步
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）

作者
Author: 听风饮雪 时间: 7 day ago

sobereva 发表于 2024-11-15 12:50
多给点内存再试。如果死活解决不了就甭做振动分析。本来下文的脚本就都没有做振动分析这一步
计算RESP原子 ...

谢谢sob老师的指点！！

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