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标题: 求助，跑gromacs能量最小化总是不收敛，请问如何检查结构是否合理？ [打印本页]

作者
Author: YuniJ 时间: 2024-11-30 22:24
标题: 求助，跑gromacs能量最小化总是不收敛，请问如何检查结构是否合理？
本帖最后由 YuniJ 于 2024-12-3 21:12 编辑

求助，跑gromacs能量最小化总是不收敛，请问第一步如何检查结构是否合理？

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-11-30 23:55
不收敛具体指什么，最好把输入文件和输出简单放一下，不然不好判断具体的原因，是体系本身问题or步数上限太低or模拟条件不合理

作者
Author: tsgyls 时间: 2024-12-1 21:07

Seyilaxa 发表于 2024-11-30 23:55
不收敛具体指什么，最好把输入文件和输出简单放一下，不然不好判断具体的原因，是体系本身问题or步数上限太 ...

最好给出不收敛的具体情况，比如跑了多久，你的收敛限是多少
如果是结果不合理导致的，一般在后面正常跑nvt或者npt的时候会报错

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-2 03:43
影响能量极小化能不能收敛的因素多种多样，初始结构仅仅是一方面，别光盯着这个。拓扑信息不合理、mdp里能量极小化相关设置不合理等都可能导致这种问题

作者
Author: YuniJ 时间: 2024-12-3 21:13

Seyilaxa 发表于 2024-11-30 23:55
不收敛具体指什么，最好把输入文件和输出简单放一下，不然不好判断具体的原因，是体系本身问题or步数上限太 ...

老师，具体是能量最小化到300步就停止了，但是并没有达到能量最小化，导致npt没有办法正常进行。具体文件我已上传

作者
Author: YuniJ 时间: 2024-12-3 21:14

tsgyls 发表于 2024-12-1 21:07
最好给出不收敛的具体情况，比如跑了多久，你的收敛限是多少
如果是结果不合理导致的，一般在后面正常跑 ...

老师我已经上传了结果文件，跑npt的时候体系崩溃了

作者
Author: YuniJ 时间: 2024-12-3 21:14

sobereva 发表于 2024-12-2 03:43
影响能量极小化能不能收敛的因素多种多样，初始结构仅仅是一方面，别光盯着这个。拓扑信息不合理、mdp里能 ...

请问老师当我们利用力场生成拓扑信息时，为什么会出现拓扑信息不合理的情况呢？

作者
Author: tsgyls 时间: 2024-12-4 10:48

YuniJ 发表于 2024-12-3 21:14
请问老师当我们利用力场生成拓扑信息时，为什么会出现拓扑信息不合理的情况呢？

因为信息是你自己给的，包括结构，电荷分布等等（当然也可以程序自己输出），你输入的信息出错，那生成的文件就会出问题
你这个拓扑文件创建的有问题吧，为什么信息这么少
如果你没有其他想法的话，建议先看看sob老师的例子http://bbs.keinsci.com/thread-27803-1-1.html
以及他的工具http://sobereva.com/soft/Sobtop/

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-4 16:52

YuniJ 发表于 2024-12-3 21:14
老师我已经上传了结果文件，跑npt的时候体系崩溃了

该说的这里都说了
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-12-4 22:29

YuniJ 发表于 2024-12-3 21:14
老师我已经上传了结果文件，跑npt的时候体系崩溃了

没发现结构文件有什么问题，npt时体系崩溃是指什么报错信息
实在不行可以换用triclinic盒子跑跑看看

作者
Author: YuniJ 时间: 2024-12-5 11:33

tsgyls 发表于 2024-12-4 10:48
因为信息是你自己给的，包括结构，电荷分布等等（当然也可以程序自己输出），你输入的信息出错，那生成的 ...

老师我这个是通过pdb2gmx创建的，因为他只有蛋白质，所以就直接通过gromacs进行创建了

作者
Author: YuniJ 时间: 2024-12-5 11:34

Seyilaxa 发表于 2024-12-4 22:29
没发现结构文件有什么问题，npt时体系崩溃是指什么报错信息
实在不行可以换用triclinic盒子跑跑看看

就是一堆box的语句，然后崩溃了

作者
Author: YuniJ 时间: 2024-12-5 11:34

sobereva 发表于 2024-12-4 16:52
该说的这里都说了
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

好的，谢谢老师！

作者
Author: tsgyls 时间: 2024-12-5 17:27

YuniJ 发表于 2024-12-5 11:33
老师我这个是通过pdb2gmx创建的，因为他只有蛋白质，所以就直接通过gromacs进行创建了

那我就不懂了，或者你试试不要加溶剂会不会好一点

作者
Author: YuniJ 时间: 2024-12-5 21:21

tsgyls 发表于 2024-12-5 17:27
那我就不懂了，或者你试试不要加溶剂会不会好一点

好的我试一下，谢谢老师

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