计算化学公社

标题: 求助以CNT为主的结构的高斯计算方法和基组的选择 [打印本页]

作者
Author: LIberate 时间: 2024-12-7 12:28
标题: 求助以CNT为主的结构的高斯计算方法和基组的选择
机器条件：16核，两个32GB的内存，Linux虚拟机计算
计算目的：氧气吸附在该结构内部的吸附能，和反应能垒（G）
本人想要参考在CNT内部封装Co3O4文献（图一）的结构，构建了在CNT内部封装BN的结构，因为受原子个数的限制，无法将BN结构取的更大，通过高斯进行了几何优化（先用b3lyp/6-21G empiricaldispersion=gd3bj再用b3lyp/6-31G* empiricaldispersion=gd3bj），总耗时15 h左右（图二，横截面如图三）。之后尝试用#p M06-2X/6-311G+(2d,p) empiricaldispersion=gd3bj算单点，内存直接炸了通过之前提问的帖子再参考sob老师的博文：
通过18碳环（cyclo[18]carbon）与石墨烯的相互作用：基于簇模型的研究一例
http://sobereva.com/615（http://bbs.keinsci.com/thread-25306-1-1.html）

觉得CNT的长度取的太短，进行了改变，首先使用b3lyp/6-21G empiricaldispersion=gd3bj进行结构优化（因为一开始用b3lyp/6-31G*SCF不收敛），24h仍未优化完成（图三和图四）
又参考了sob老师的博文
大体系弱相互作用计算的解决之道
想用Gaussian进行结构优化，ORCA进行吸附能和反应能垒的计算
想请问各位老师：
1.我想对我的结构进行结构优化和后续计算，耗时比较低而且精度能达到发文章的要求，适用的计算方法和基组的选择有什么推荐呢？
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作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-12-7 14:47
建议您立即停止簇模型计算，改而使用CP2K/QE/VASP进行周期性计算。如果对CP2K使用、基组选用不熟悉，且是计算新手，可以借助Multiwfn按选项产生CP2K输入文件，产生后自行检查合理性。
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-12-7 18:44
此外团簇截断方式也不合理，补的氢彼此离那么近。。。

作者
Author: LIberate 时间: 2024-12-7 20:34

zjxitcc 发表于 2024-12-7 14:47
建议您立即停止簇模型计算，改而使用CP2K/QE/VASP进行周期性计算。如果对CP2K使用、基组选用不熟悉，且是计 ...

非常感谢，我学习一下再对我的体系进行计算

作者
Author: LIberate 时间: 2024-12-7 20:35

wzkchem5 发表于 2024-12-7 18:44
此外团簇截断方式也不合理，补的氢彼此离那么近。。。

哦是的，我再修改一下谢谢老师

作者
Author: fhh2626 时间: 2024-12-7 21:03
你如果要截断CNT的话，长度也得至少比现在长一倍才行，你这个边界效应太明显了

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-8 03:25
把CNT截得更长，并且用这种形式的边缘状态

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如果体系太大DFT优化不动就用半经验级别优化，Gaussian用PM6-D3，或者xtb里用GFN2-xTB（比PM6-D3更理想）

作者
Author: LIberate 时间: 2024-12-8 12:49

sobereva 发表于 2024-12-8 03:25
把CNT截得更长，并且用这种形式的边缘状态

非常感谢sob老师详细的回答，新手想再确认一下，那我在按照您的建议修改模型的基础上，通过高斯PM6-D3进行优化，并且通过ORCA进行吸附能和反应能垒的计算作为非纯计算发文章是可行的吗

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-8 17:32

LIberate 发表于 2024-12-8 12:49
非常感谢sob老师详细的回答，新手想再确认一下，那我在按照您的建议修改模型的基础上，通过高斯PM6-D3进 ...

原理上可以
但既然你都有ORCA了，还不如用ORCA 6.0.1自带的xtb做GFN-xTB2（但效率明显不如单独用xtb程序做GFN-xTB2）

作者
Author: LIberate 时间: 2024-12-8 19:28

sobereva 发表于 2024-12-8 17:32
原理上可以
但既然你都有ORCA了，还不如用ORCA 6.0.1自带的xtb做GFN-xTB2（但效率明显不如单独用xtb程序 ...

非常感谢sob老师的回答与建议！

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