计算化学公社

标题: 关于手动计算的构象分布与Shermo计算的结果不同的问题 [打印本页]

作者
Author: pxc12310 时间: 2025-1-6 18:44
标题: 关于手动计算的构象分布与Shermo计算的结果不同的问题
各位老师好，我本想计算油酸分子加上一个水合质子的热力学数据，结合sob老师《使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索》和《使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据》两篇文章，我手动对保留的20个构象以水为隐式模型进行了opt+freq，然后在溶剂环境下计算了高精度单点能，通过freqchk功能提取了343.15K下的热力学校正量，之后加上计算的高精度自由能得到粗略的溶质自由能，最后通过isostat去重排序并进行Boltzmann分布得到构象比例
(, 下载次数 Times of downloads: 1)

然后我想通过Shermo计算构象分布比例和构象权重的热力学数据，按照顺序我选取了上图中构象占比前三的构象，写出下图中的list
(, 下载次数 Times of downloads: 3)
最后得到结果如下
(, 下载次数 Times of downloads: 2)
这个构象比例和我上面计算的结果相差甚远，同时各构象吉布斯自由能也和我手动算的也有出入
(, 下载次数 Times of downloads: 2)
我不太清楚为啥差距会这么大，还是说shermo在这一步计算吉布斯自由能的时候不是简单的用分号后面的单点能加上opt+freq输出文件中的热力学校正量吗，我在使用freqchk和设置shermo的时候温度压力sclZPE都是一样的呀
恳请老师们为我解惑

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-7 02:09
提到我的博文时记得主动把链接给出。这次给你加上了。

“freqchk功能提取了343.15K下的热力学校正量” 毫无意义，算弱相互作用体系必须用Shermo，其默认用的QRRHO模型比起freqchk用的RRHO对于这种情况给出的自由能强多了，Shermo的博文里都明确说了。

再次仔细、完整阅读
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552（http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html）

作者
Author: pxc12310 时间: 2025-1-7 11:18

sobereva 发表于 2025-1-7 02:09
提到我的博文时记得主动把链接给出。这次给你加上了。

“freqchk功能提取了343.15K下的热力学校正量” ...

感谢sob老师的指正，我下次会注意的

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)