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标题: 钠电池电解液筛选溶剂化结构的VMD使用疑惑及脚本使用 [打印本页]

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作者
Author: Old_Six    时间: 2025-2-21 15:33
标题: 钠电池电解液筛选溶剂化结构的VMD使用疑惑及脚本使用


各位大佬好，我目前的任务是筛选出电解液溶剂化结构当中的AGG,CIP,SSIP的比例。于是将得到的轨迹文件PDB和trj.xyz导入到VMD当中，之后想要使用TCL脚本对其进行分析溶剂化结构，但是遇到几个问题.

问题1：脚本使用后得到的TXT文件没有内容是空白，猜测是其中选择不同分子的作用位点的表达方式不对还是其他问题？如果是表达方式不对如何进行表达，以及脚本如何修改？

问题2：如何在VMD中选中所有的钠离子，所有的P in PF6-, 以及溶剂中的羰基氧？

我将使用到的PDB文件放在了下面，以及脚本如下

1. set outfile [open Na_Log.txt w]
   
2. set frames [molinfo top get numframes]
   
3. set atomsNa [atomselect top "name Na"]   
   
4. set ids [$atomsNa get resid]
   
5. set length [llength $ids]
   
6. $atomsNa delete
   
7. 
   
8. 
   
9. for { set frame 1 } { $frame < $frames } { incr frame} {
   
10.     for { set id 0 } { $id < $length } {incr id} {
    
11.      
    
12.         set atoms [atomselect top "
    
13.             resid [lindex $ids $id] or
    
14.             same fragment as {
    
15.                 (resname EC EMC DMC and name O1 O2) or  
    
16.                 (resname TFB and name O3 O4) or         
    
17.                 (resname PF6 and name P)  
    
18.                 and within 3.0 of resid [lindex $ids $id]  
    
19.             }" frame $frame]
    
20.         
    
21.         puts $outfile [$atoms get resname]
    
22.         puts $outfile [$atoms get resid]
    
23.         $atoms delete
    
24.         
    
25.         $atoms delete
    
26.         $filtered_atoms delete
    
27.     }
    
28. }
    
29. close $outfile

复制代码

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作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ    时间: 2025-2-21 16:00


此示例单帧.pdb文件是从M$里导出的么，有两个明显问题：第三列原子名有很多重复且不存在形如O1 O2 O3 O4的，导致所有用name确定的选区全空；第四列残基名全是MOL，导致所有用resname确定的选区也全空。如果是GROMACS跑的轨迹，直接用VMD查看处理即可，别用M$。

编辑：set na_pos [lindex [$na get {x y z}] 0]和[vecdist $na_pos [lindex [$atoms_PF6_P get {x y z}] 0]]也莫名其妙，本来get {x y z}获得的三维坐标应该都用于距离计算，结果套一层lindex ... 0就只剩下x坐标。

编辑2：animate goto $frame更新的是屏幕上绘制的帧不是动态选区对应的帧，对于名叫$sel的选区应采用$sel frame $frame和$sel update更新。这个脚本不太靠谱，我有点怀疑来源。

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作者
Author: Old_Six    时间: 2025-2-21 16:26

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-2-21 16:00
此示例单帧.pdb文件是从M$里导出的么，有两个明显问题：第三列原子名有很多重复且不存在形如O1 O2 O3 O4的 ...

感谢大佬的回复！是的大佬，分子动力学是从M$中跑出来导出.pdb的，我也感觉导出的.pdb非常奇怪，想问问这种情况怎么办呀，对于代码的问题我修改了一下

1. set outfile [open Na_Log.txt w]
   
2. set frames [molinfo top get numframes]
   
3. set atomsNa [atomselect top "name Na"]   
   
4. set ids [$atomsNa get resid]
   
5. set length [llength $ids]
   
6. $atomsNa delete
   
7. 
   
8. 
   
9. for { set frame 1 } { $frame < $frames } { incr frame} {
   
10.     for { set id 0 } { $id < $length } {incr id} {
    
11.      
    
12.         set atoms [atomselect top "
    
13.             resid [lindex $ids $id] or
    
14.             same fragment as {
    
15.                 (resname EC EMC DMC and name O1 O2) or  
    
16.                 (resname TFB and name O3 O4) or         
    
17.                 (resname PF6 and name P)  
    
18.                 and within 3.0 of resid [lindex $ids $id]  
    
19.             }" frame $frame]
    
20.         
    
21.         puts $outfile [$atoms get resname]
    
22.         puts $outfile [$atoms get resid]
    
23.         $atoms delete
    
24.         
    
25.         $atoms delete
    
26.         $filtered_atoms delete
    
27.     }
    
28. }
    
29. close $outfile

复制代码

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作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ    时间: 2025-2-21 17:15

Old_Six 发表于 2025-2-21 16:26
感谢大佬的回复！是的大佬，分子动力学是从M$中跑出来导出.pdb的，我也感觉导出的.pdb非常奇怪，想问问这 ...

我不用M$，没法就导出原子名和残基名信息正确的轨迹文件给VMD分析提供帮助，本来这种体系的分子动力学还有更好的软件选择。

选择语句应当放在帧的循环外边定义，每次循环更新即可，省得反复定义再删除。

1. set outfile [open Na_PF6_Log.txt w]
   
2. set frames [molinfo top get numframes]
   
3. set atomsNa [atomselect top "name Na"]
   
4. set ids [$atomsNa get resid]
   
5. $atomsNa delete
   
6. 
   
7. foreach na_resid $ids {
   
8.   set sel [atomselect top "same fragment as (pbwithin 3.0 of resid $na_resid and ((resname EC EMC DMC and name O1 O2) or (resname TFB and name O3 O4) or (resname PF6 and name P)))"]
   
9.   for { set frame 0 } { $frame < $frames } { incr frame } {
   
10.     $sel frame $frame ; $sel update
    
11.     set resids [$sel get resid]
    
12.     puts $outfile "Frame $frame for Na $na_resid: $resids"
    
13.   }
    
14. }
    
15. close $outfile
    
16. $sel delete
    

复制代码

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作者
Author: Old_Six    时间: 2025-2-21 17:45

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-2-21 17:15
我不用M$，没法就导出原子名和残基名信息正确的轨迹文件给VMD分析提供帮助，本来这种体系的分子动力学还 ...

感谢大佬的帮助，那我再学着用Gromacs跑一次，谢谢！！

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作者
Author: bard_skd    时间: 2025-12-5 10:48
楼主您好，我也想统计AGG,CIP,SSIP比例，请问您的问题解决了吗，能否分享下脚本~

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作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ    时间: 2025-12-5 11:11

bard_skd 发表于 2025-12-5 10:48
楼主您好，我也想统计AGG,CIP,SSIP比例，请问您的问题解决了吗，能否分享下脚本~

这种问题不一定有通用脚本吧，取决于
(1) 电解液体系都有什么成分，在分子动力学模拟导出的轨迹中有什么能用于选择的原子名/片段名等等；
(2) 所谓aggregate, contact ion pair, solvent-separated ion pair都是怎么定义的，有什么几何判据以及存在时长/寿命要求，比例是对总数目而言还是涉及时间平均等等。
如果有想参考的来源把这些问题都交代清楚了，可以贴一下文献出处。写VMD脚本的总体思路无非就是先按http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html设计选择语句，确认对单帧能选中合适的范围后再对轨迹循环各帧。

编辑：见http://bbs.keinsci.com/thread-56643-1-1.html与http://bbs.keinsci.com/thread-56786-1-1.html

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作者
Author: bard_skd    时间: 2025-12-6 13:45

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-12-5 11:11
这种问题不一定有通用脚本吧，取决于
(1) 电解液体系都有什么成分，在分子动力学模拟导出的轨迹中有什么 ...

好的，感谢大佬~

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