请问知道了哪种溶剂化结构出现的概率最大之后如何获得这个结构的具体坐标？

Hanna110

请问各位老师，我用vmd统计了在Na周围2.34A范围内EC和PC中出现的O并写入log.txt(见log.zip),之后用 python对产生的各种结构进行了统计并且得到了EC(1)Na(1)PC(1）的结构出现的频率/概率最大(statistics文件)，当我在vmd中用选择语句pbwithin 2.34 of name Na时，显示了Na周围的粒子数, ，之后又尝试扩大距离e.g pbwithin 3 of name Na但都没有获得类似文献的这种图 ，我想要取EC(1)Na(1)PC(1）的其中一个典型结构获得其坐标之后进行高斯计算去溶剂化能，请问应该如何恰当输入选择语句或者采用其他方法才能获得一个EC(1)Na(1)PC(1）结构坐标呢？prod.xtc文件链接: https://pan.baidu.com/s/11-u1-jCFTpXfita66EA3pg?pwd=4748 提取码: 4748 复制这段内容后打开百度网盘手机App，操作更方便哦

pal

手动摆个差不多的然后做构型搜索看看

student0618

python的话写脚本抓，可以让AI协助写。

先前做过统计分子A和多个分子B/C间hbond的团簇，讨论几个方案后敲定的逻辑是：

• 每一帧算每个A和附近BC的距离及角度，满足条件的frame id, resid, resname, 距离,角度放dictionary
• 算完所有帧后，统计A+BC的比例(有点像楼主的vmd脚本)及出现次数
• 每个A:BC比例抽出一个，可以是随机、或选最理想的距离角度、或再作clustering analysis来选代表性结构
• 3选中的 select frame id、resid、resname存为pdb
  

给出的脚本是要测试及优化，也可以让它别写脚本只brainstorm逻辑，敲定后自己写。


不过后来因为我还是觉得搜得不够全面，A:BC的组合可能性太多又都是黏度高的柔性分子。所以换个方法packmol建small model加个平底势跑动力学搜索给molclus算。(就是衍生这帖http://bbs.keinsci.com/thread-56436-1-3.html的体系)

student0618

刚刚扫期刊TOC alert 找到了用vmd作类似分析的tcl脚本，供参考：

原文是： Incorporating Solvation Effects in Oxidative Stability Predictions of Battery Electrolytes https://doi.org/10.1021/acs.jpclett.5c02984
脚本github页面：https://github.com/JackHoloubek/IP-Sampling

Dreamer1

分子动力学得到的构型本身就是粗糙的，你按照可视化软件中的构型，在gaussview里面摆个类似的初猜结构就可以优化了。你在vmd里面看到合适的构型后，label一下相应的某个原子，在命令框里就会出现对应的残基名以及编号，那在gro文件里就有对应的坐标啊。或者直接输入“resname 残基名 and resid 编号”就可以只显示这个分子，最后保存一下就得到了

Hanna110

student0618 发表于 2025-11-7 19:53
刚刚扫期刊TOC alert 找到了用vmd作类似分析的tcl脚本，供参考：

原文是： Incorporating Solvation Eff ...