计算化学公社

标题: 求助ORCA的DLPNO-CCSD(T)单点能续算 [打印本页]

作者
Author: Teresa 时间: 2025-4-3 16:27
标题: 求助ORCA的DLPNO-CCSD(T)单点能续算
各位老师，我在使用DLPNO-CCSD(T)/def2-TZVPP进行计算时，SCF已经收敛，在进行后面的分批次计算结束后提示内存不足，于是我减小核数提高内存重新计算，有什么方法可以接着报错之前的部分接着算吗，因为这部分耗时实在太长了。

作者
Author: lemon_electron 时间: 2025-4-3 17:32
如果没做结构优化，只算单点的话读取 gbw文件，做了结构优化的读取xyz，结构一般很快就能收敛

http://bbs.keinsci.com/thread-49817-1-1.html

作者
Author: Teresa 时间: 2025-4-3 17:52

lemon_electron 发表于 2025-4-3 17:32
如果没做结构优化，只算单点的话读取 gbw文件，做了结构优化的读取xyz，结构一般很快就能收敛

http://bb ...

这个我清楚，我的情况是我读取gbw后SCF收敛很快，就是后面的分批次处理需要时间太长了
-------------------------------------
Pair Pair Term precalculation with
RI-(ij|mn) and (im|jn) transformation
ON THE FLY
-------------------------------------

IBatch 1 (of 720) ... done ( 0.001 sec)
IBatch 2 (of 720) ...
就是这个，在上一次我在4核30G的条件下计算完成了这个IBatch后提示内存不足，所以这次我就单核120G计算，想的是在上次计算过程中有很多tmp文件，能否依据这些文件接着上次的算

作者
Author: zjxitcc 时间: 2025-4-3 18:02
无法续算。另外，如果120GB内存算起来很吃力，说明您应该去500GB内存的机器上算；在中小内存机器上一旦失败->重新计算这样重来的时间成本是很高的。

作者
Author: Teresa 时间: 2025-4-3 18:20

zjxitcc 发表于 2025-4-3 18:02
无法续算。另外，如果120GB内存算起来很吃力，说明您应该去500GB内存的机器上算；在中小内存机器上一旦失败 ...

确实时间成本太高了，一次就要算好多天，还是在读取了gbw文件的情况下，我最后再尝试一次单核120G吧。非常感谢您

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-3 22:52
对体系的特征完全没有任何交代，别人完全没法给出有针对性的回答，比如多少核搭配多大内存能跑下来。很可能当前根本就不适合用DLPNO-CCSD(T)来跑
注意看下文
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

作者
Author: 嘤嘤嘤 时间: 2026-3-24 09:38

zjxitcc 发表于 2025-4-3 18:02
无法续算。另外，如果120GB内存算起来很吃力，说明您应该去500GB内存的机器上算；在中小内存机器上一旦失败 ...

老师，请问! CCSD(T) TightSCF tightpno noautostart x2c x2c-tzvpall NOPRINTMOS

%Maxcore 50000
%pal nprocs 1 end

* xyz 0 1 这样能算动吗？昨天的pvqz死在了15小时左右。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2026-3-24 10:48

嘤嘤嘤发表于 2026-3-24 09:38
老师，请问! CCSD(T) TightSCF tightpno noautostart x2c x2c-tzvpall NOPRINTMOS

%Maxcore 50000

在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚、完整
http://sobereva.com/620

作者
Author: 嘤嘤嘤 时间: 2026-3-24 11:03

zjxitcc 发表于 2026-3-24 10:48
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚、完整
http://sobereva.com/620

不好意思老师，我的分子是两个I，五个O，两个H原子。我用这个方法计算了几个小时，到解CCSD(T)的T的时候又卡死了。  72-> 74  -1-> -1    0.023864
  73-> 83  73-> 83    0.023414
  73-> 75  73-> 75    0.023115

      !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
      !  Warning: Densities are linearized densities !                      !
      !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!

Trace of internal density part =    -1.122569540
Trace of external density part =    1.122569540
----------------------
RHF TRIPLES CORRECTION (Algorithm 1)
----------------------

Multiplier for the singles contribution ...    1.000000000

ORCA finished by error termination in MDCI  这是报错内容，应该是内存不够？
total       used       free    shared  buff/cache available
Mem:          251G       10G       40G       1.3G       200G       238G
Swap:          63G       9.9G       54G
这是我free -h的结果，我可以单核给180G内存吗？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2026-3-24 11:59
本帖最后由 zjxitcc 于 2026-3-24 12:03 编辑

嘤嘤嘤发表于 2026-3-24 11:03
不好意思老师，我的分子是两个I，五个O，两个H原子。我用这个方法计算了几个小时，到解CCSD(T)的T的时候 ...

不可以。free那一列只有10G，而buff/cache那一列有200G，这说明两种可能性：（1）有其他任务在算，内存被严重占用，你没法用这个节点进行CCSD(T)计算；（2）没有其他任务在算，上个任务终止时没有很智能地释放内存。解决办法：先确保机器上没有其他任务在算，然后重启一下机器，这样可以释放未被使用的内存。在这之后，才可以实现“单核给180G内存”。

我看了你在7L写的计算级别，没必要这么算。建议考虑非相对论计算，对所有原子使用def2TZVPP基组。

作者
Author: 嘤嘤嘤 时间: 2026-3-24 14:54

zjxitcc 发表于 2026-3-24 11:59
不可以。free那一列只有10G，而buff/cache那一列有200G，这说明两种可能性：（1）有其他任务在算，内存 ...

老师，为什么要考虑非相对论计算啊？有I原子，不是得考虑相对论吗？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2026-3-24 15:01

嘤嘤嘤发表于 2026-3-24 14:54
老师，为什么要考虑非相对论计算啊？有I原子，不是得考虑相对论吗？

def2对碘I有定义赝势，其可以等效考虑相对论效应。

作者
Author: 嘤嘤嘤 时间: 2026-3-24 17:41

zjxitcc 发表于 2026-3-24 15:01
def2对碘I有定义赝势，其可以等效考虑相对论效应。

老师您好，这是我ORCA6.slurm的脚本信息。您提供的赝势基组我用过了，我想看看X2C对这个反应的影响。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2026-3-24 18:03

嘤嘤嘤发表于 2026-3-24 17:41
老师您好，这是我ORCA6.slurm的脚本信息。您提供的赝势基组我用过了，我想看看X2C对这个反应的影响。

（1）ORCA环境变量没写全，还需要一行export PATH=/opt/software/orca_6_0_0:$PATH
（2）提交ORCA任务的命令有待改进。建议修改为
/opt/software/orca_6_0_0 xxx.inp > xxx.out 2>&1
如果你没写2>&1，有些报错信息不在xxx.out文件里，可能会在slurm-JOBID.out文件里（JOBID是一串数字，队列任务号），但你却没有展示slurm-JOBID.out文件中的报错信息，不利于读者判断报错原因。如果你写了2>&1，ORCA有关的报错信息都会在xxx.out文件里。

作者
Author: 嘤嘤嘤 时间: 2026-3-24 20:49

zjxitcc 发表于 2026-3-24 18:03
（1）ORCA环境变量没写全，还需要一行export PATH=/opt/software/orca_6_0_0:$PATH
（2）提交ORCA任务的 ...

老师，我按照您的建议修改了脚本，但是还是运行一小时后报错，很诡异的是不管我加大多少内存，每次都是到一小时就任务终止，终止的位置也是一样得。我不知道到底是不是内存不足导致的了。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2026-3-24 20:58

嘤嘤嘤发表于 2026-3-24 20:49
老师，我按照您的建议修改了脚本，但是还是运行一小时后报错，很诡异的是不管我加大多少内存，每次都是到 ...

你需要展示xxx-P.out文件（文件名被马赛克挡住了）末尾20行报错信息

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