计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1382|回复 Reply: 15
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[ORCA] 服务器队列超时停掉的ORCA任务如何续算

[复制链接 Copy URL]

96

帖子

0

威望

604

eV
积分
700

Level 4 (黑子)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
本帖最后由 lemon_electron 于 2024-12-6 00:43 编辑

如题,各位老师好:
最近刚开始学习用ORCA进行计算,用学校的公用服务器进行了任务提交,因为有时间限制,没算完的任务到了截止时间就被强制停掉了,任务文件夹里只有.out输出文件存在,这时候如果想接着上一步的坐标进行后续结构优化的话,需要提供什么关键词呢?


另外还有一个百思不得其解的问题:
两个相似初始结构的优化,用了同样的核数和内存,被提交到了不同节点上进行运算,发现两个任务scf优化时间存在4倍的差异。这可能是什么情况导致的呢?

419

帖子

5

威望

1676

eV
积分
2195

Level 5 (御坂)

鸩羽

2#
发表于 Post on 2024-12-6 09:55:14 | 只看该作者 Only view this author
后一个问题,可能有其他任务在抢资源
某不知名实验组从苞米地里长出来的计算选手

308

帖子

0

威望

2201

eV
积分
2509

Level 5 (御坂)

3#
发表于 Post on 2024-12-6 10:07:44 | 只看该作者 Only view this author
用out文件的最后一个坐标作为初猜结构,重新优化。

如果目录里面有gbw文件,可以改名为temp.gbw,作为波函数初猜。
!MOread
%moinp "temp.gbw"

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +5 收起 理由
Reason
lemon_electron + 5 谢谢

查看全部评分 View all ratings

96

帖子

0

威望

604

eV
积分
700

Level 4 (黑子)

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-6 10:19:29 | 只看该作者 Only view this author
dnlx 发表于 2024-12-6 10:07
用out文件的最后一个坐标作为初猜结构,重新优化。

如果目录里面有gbw文件,可以改名为temp.gbw,作为波 ...

明白了,谢谢老师

96

帖子

0

威望

604

eV
积分
700

Level 4 (黑子)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-6 10:19:52 | 只看该作者 Only view this author
wal 发表于 2024-12-6 09:55
后一个问题,可能有其他任务在抢资源

那是有可能,原来如此谢谢老师

96

帖子

0

威望

604

eV
积分
700

Level 4 (黑子)

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-6 11:17:09 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lemon_electron 于 2024-12-6 12:22 编辑
dnlx 发表于 2024-12-6 10:07
用out文件的最后一个坐标作为初猜结构,重新优化。

如果目录里面有gbw文件,可以改名为temp.gbw,作为波 ...

老师您好,想借楼再问一下,有个任务已经几何优化完成了(THE OPTIMIZATION HAS CONVERGED),在FINAL ENERGY EVALUATION AT THE STATIONARY POINT这一步运行起来之后提示了内存不足:
No memory left for COSX RHS. Increase the %MAXCORE available.
....
“ORCA finished by error termination in PROPINT”
然后中断了;
这样的情况下,最优解是不是拿目录文件下任务中断后生成的xyz文件坐标作为初始坐标,重新进行opt+freq,理论上重新收敛几步就好了?

1万

帖子

0

威望

9002

eV
积分
20758

Level 6 (一方通行)

7#
发表于 Post on 2024-12-6 15:14:36 | 只看该作者 Only view this author
lemon_electron 发表于 2024-12-6 04:17
老师您好,想借楼再问一下,有个任务已经几何优化完成了(THE OPTIMIZATION HAS CONVERGED),在FINAL EN ...

对,并且按提示加大maxcore,不然还得报错

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +5 收起 理由
Reason
lemon_electron + 5 谢谢

查看全部评分 View all ratings

Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

96

帖子

0

威望

604

eV
积分
700

Level 4 (黑子)

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-6 15:57:20 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-12-6 15:14
对,并且按提示加大maxcore,不然还得报错

好嘞谢谢老师

308

帖子

0

威望

2201

eV
积分
2509

Level 5 (御坂)

9#
发表于 Post on 2024-12-6 23:35:21 | 只看该作者 Only view this author
lemon_electron 发表于 2024-12-6 11:17
老师您好,想借楼再问一下,有个任务已经几何优化完成了(THE OPTIMIZATION HAS CONVERGED),在FINAL EN ...

应该只进行freq,不要重新opt,否则白浪费时间。而且重新优化的时候如果不读取原来的波函数,对于难收敛的scf会多花很多时间;如果是找过渡态,重新进行OptTS,可能错过已经找到的结果。

96

帖子

0

威望

604

eV
积分
700

Level 4 (黑子)

10#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-7 00:33:56 | 只看该作者 Only view this author
dnlx 发表于 2024-12-6 23:35
应该只进行freq,不要重新opt,否则白浪费时间。而且重新优化的时候如果不读取原来的波函数,对于难收敛 ...

好的好的,谢谢老师!

96

帖子

0

威望

604

eV
积分
700

Level 4 (黑子)

11#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-7 13:17:53 | 只看该作者 Only view this author
dnlx 发表于 2024-12-6 23:35
应该只进行freq,不要重新opt,否则白浪费时间。而且重新优化的时候如果不读取原来的波函数,对于难收敛 ...

打扰老师了, 想借楼再问一下,发现输出的 .xyz文件实际上是倒数第二套坐标,这套坐标走了一次scf收敛之后,提醒opt已经收敛,接下来又输出了一套坐标,如果我想直接只进行freq的话,应该用 .xyz中的,还是 .out中的最后一套坐标呢?

308

帖子

0

威望

2201

eV
积分
2509

Level 5 (御坂)

12#
发表于 Post on 2024-12-8 00:47:54 | 只看该作者 Only view this author
当然是xyz的,它是最终结果,而且更方便。out保存的坐标的有效数字少几位,但这不关键。

输入文件可以不写入坐标,而是引用坐标文件,这样不必每次优化的时候都改动输入文件。

*xyzFile 0 1 task.xyz *

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +5 收起 理由
Reason
lemon_electron + 5 谢谢

查看全部评分 View all ratings

96

帖子

0

威望

604

eV
积分
700

Level 4 (黑子)

13#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-8 11:06:22 | 只看该作者 Only view this author
dnlx 发表于 2024-12-8 00:47
当然是xyz的,它是最终结果,而且更方便。out保存的坐标的有效数字少几位,但这不关键。

输入文件可以不 ...

谢谢老师
这个是不是可以理解为,对于我之前提交的opt+freq任务,opt部分已经完成了并给出了这个任务的结果(xyz文件),但是在后一步进一步输出结果(轨道、能量)的时候内存不足了,所以只要freq一下,输出能量、轨道、频率就可以了;
这个情况可以同时读取xyz文件和gbw中的轨道来开启补充的freq任务吧?

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +1 收起 理由
Reason
dnlx + 1 同意、可以

查看全部评分 View all ratings

96

帖子

0

威望

604

eV
积分
700

Level 4 (黑子)

14#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-8 12:11:33 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lemon_electron 于 2024-12-8 12:56 编辑
wzkchem5 发表于 2024-12-6 15:14
对,并且按提示加大maxcore,不然还得报错

zk老师您好,为什么这种情况下输出的 .xyz文件并不是out最后一套坐标呢?xyz这套坐标之后,几何优化收敛,接着FINAL ENERGY EVALUATION AT THE STATIONARY POINT这个提示词下给出了最后一套原子坐标(但后来maxcore不够崩掉了),是和 .xyz文件不同的。
如果是正常结束的一个任务(但不是基态优化,是做的一个tddft), 最终输出的 .xyz文件里的坐标就是和FINAL ENERGY EVALUATION AT THE STATIONARY POINT这个提示词下给的坐标一致的。
所以应该以哪套坐标为准呢?
因为您回复我之后我试了一下用 .xyz作为初猜进行opt+freq,本以为很快就结束了,但走了30轮还没收敛,故有此疑问

@dnlx 艾特一下老师,谢谢两位老师的解答

1万

帖子

0

威望

9002

eV
积分
20758

Level 6 (一方通行)

15#
发表于 Post on 2024-12-8 16:35:49 | 只看该作者 Only view this author
lemon_electron 发表于 2024-12-8 05:11
zk老师您好,为什么这种情况下输出的 .xyz文件并不是out最后一套坐标呢?xyz这套坐标之后,几何优化收敛 ...

xyz里的坐标和out里的坐标有多大差别?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-17 01:44 , Processed in 0.166609 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list