标题: 关于使用Backward将粗粒化模型转变成全原子模型时遇到的问题 [打印本页] 作者Author: xsc6 时间: 2025-7-31 15:11 标题: 关于使用Backward将粗粒化模型转变成全原子模型时遇到的问题 各位老师大家好！我尝试将粗粒化跑完的分子（目前尝试的是一条短肽），转变为全原子模型，gromacs版本是2019.6，主要参考方法是知乎：https://zhuanlan.zhihu.com/p/340091675。我在martini官网下载了相关脚本，按照上述帖子内容对脚本做了部分修改（见附件），我删除了跑完的gro文件中的水（W）,同时删除了topol文件中的W与之对应，运行./initram-v5.sh -f md_noW.gro -o amber_noW.gro -from martini -to amber -p topol.top后发现，backward运行自己生成的backward.gro无法正确读取原本粗粒化gro文件里分子并转化成对应的全原子，backward.gro是空的，导致无法正确调用gromacs进行优化，想问一下目前问题在哪里，请问我该如何解决，谢谢！（相关文件已经打包，包括：相关gro文件、topol文件、itp文件、backward软件以及生成为空的backward等）
各位用过backward的老师和同学也可以尝试转换以下我这个，看看是否可行，万分感谢
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作者Author: xsc6 时间: 2025-7-31 16:16
后续：是我个人理解错误，这里的topol文件应该使用全原子的topol文件，而非粗粒化的，运行后0-backward.gro能够生成，但是根据脚本调用gmx做优化时发现报错：“Fatal error:
OpenMP threads have been requested with cut-off scheme Group, but these are
only supported with cut-off scheme Verlet
”，查阅http://bbs.keinsci.com/thread-20521-1-1.html 怀疑生成的mdp文件“; for gmx5, need cutoff-scheme = Group to allow energy group exclusions
cutoff-scheme = Group” 当面版本2019.6已经不兼容，这样子应该如何解决？
本想尝试看看生成的backword.gro能不能单独拿出来优化，凑合用一下，结果发现乱七八糟
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作者Author: xsc6 时间: 2025-7-31 16:36
参考上述帖子http://bbs.keinsci.com/thread-20521-1-1.html ，我修改脚本使这一步运行命令为“ gmx mdrun -deffnm 1-EM -v -ntomp 1”，但出现：“Fatal error:
Environment variable OMP_NUM_THREADS (8) and the number of threads requested
on the command line (1) have different values. Either omit one, or set them
both to the same value.
” 请问该如何修改呢，还是说只能装很老版本的gmx才能用？作者Author: xsc6 时间: 2025-7-31 17:25
后后续，将环境变量中“export OMP_NUM_THREADS=8”改成1，脚本末尾+ -ntopm 1 ，能够顺利完成，出来的gro文件也还算不错作者Author: sobereva 时间: 2025-7-31 17:50
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，导致信息零零碎碎，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。