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[GROMACS] 单分子周期性退火报错“OpenMP threads have been requested with cut-off scheme ...

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发表于 2020-11-25 21:08:35 | 显示全部楼层 |阅读模式
在笔记本的虚拟机上进行单分子的周期性退火模拟时,输入“gmx mdrun -v -deffnm md”后出现下面的错误:
……  ……  ……
-------------------------------------------------------
Program:     gmx mdrun, version 2018.4
Sourcefile: src/gromacs/taskassignment/resourcedivision.cpp (line 789)

Fatalerror:
OpenMPthreads have been requested with cut-off scheme Group, but these are onlysupported with cut-off scheme Verlet

For moreinformation and tips for troubleshooting, please check the GROMACS website athttp://www.gromacs.org/Documentation/Errors
-------------------------------------------------------

对非周期性系统,“cutoff-scheme = group”是必须的啊,为什么不能用OpenMP呢?cutoff-scheme = Verlet运行周期性系统没有问题。
请高手指教此时应该怎么写输入命令呢。谢谢。



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发表于 2020-11-27 04:54:05 | 显示全部楼层
因为group年久失修,Gromacs已经不支持真空模拟了,换别的吧。

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发表于 2020-11-27 09:58:06 | 显示全部楼层
group没有用OpenMP做并行化
尝试只用thread-mpi方式并行,写上-ntomp 1
要么用PBC模拟,设足够大的真空区

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 楼主| 发表于 2020-11-27 21:34:22 | 显示全部楼层
感谢wuzhiyi的回复,懂了。
感谢社长的详细解答,我试试。
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