计算化学公社

标题: 使用linux版的Gaussian16计算对接后配体分子电荷，结果构象位置发生了改变如何解决 [打印本页]

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Author: 沃兹姬 时间: 5 day ago
标题: 使用linux版的Gaussian16计算对接后配体分子电荷，结果构象位置发生了改变如何解决
如图，分子对接后蛋白-配体复合物构象是绿色的，将配体分子单独拎出来进行g16电荷计算后位置变成了粉色。应该怎么解决呢

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Author: wal 时间: 5 day ago
这不就是pymol不同显示风格么管他干啥看不顺眼就右边color改成绿的

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Author: sobereva 时间: 5 day ago
提问得完全没有没头没尾，认真看下文，了解提问时必备的最基本逻辑
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚、完整
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

什么程序显示的、原先给可视化程序的是什么文件、Gaussian算完后给可视化程序是什么文件以及此文件是怎么得到的，如此关键的信息全都必须自觉交代清楚，否则你只能问算命的

作者
Author: beyond 时间: 5 day ago
估计楼主是说Gaussian优化后的构象，再导入pymol，不在active sites了，
这个没关系，如果要跑MD的话，就用之前的对接构象就好了。。。

作者
Author: wal 时间: 5 day ago

beyond 发表于 2025-8-8 19:01
估计楼主是说Gaussian优化后的构象，再导入pymol，不在active sites了，
这个没关系，如果要跑MD的话，就 ...

那也不对吧，为什么会先对接，再取出来结构优化，再放回去？

作者
Author: zako 时间: 5 day ago
It's a normal thing, when you optimize the ligand coordinates changed and the pose also changed, but if you want to keep the docking pose just perform a single point energy calculation

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Author: 沃兹姬 时间: 4 day ago

sobereva 发表于 2025-8-8 18:28
提问得完全没有没头没尾，认真看下文，了解提问时必备的最基本逻辑
在网上求助计算化学问题的时候必须把问 ...

抱歉老师，我的问题是这样的
1.用AutoDockVina进行分子对接后，得到最低结合能且含氢键的最优蛋白-配体构象的pdb文件，并使用PyMOL 进行可视化，构象如图一
(, 下载次数 Times of downloads: 0)
2.根据这个最优构象，单独提取小分子的pdb文件，并使用“antechamber -i ligand.pdb -fi pdb -o ligand.gjf -fo gcrt -pf y”命令转化为gjf格式，使用Gaussian 16软件计算小分子gjf文件的resp电荷
3.小分子在Gaussian 16计算后的结果用“antechamber -i ligand.out -fi gout -c resp -o ligand_resp.pdb -fo pdb -pf y”重新转换为pdb格式，导入PyMOL 软件可视化，并与最优蛋白-配体复合物中配体的位置进行比较，发现小分子的坐标离开了原先的活性口袋（图二）
(, 下载次数 Times of downloads: 2)
就是如何能计算小分子resp电荷的同时不改变它的坐标呢？还是应该先用Gaussian 16优化，再进行对接呢？

作者
Author: 沃兹姬 时间: 4 day ago

beyond 发表于 2025-8-8 19:01
估计楼主是说Gaussian优化后的构象，再导入pymol，不在active sites了，
这个没关系，如果要跑MD的话，就 ...

就是这个意思。用之前构象的话，要怎么操作才能既计算电荷又保留位置呢

作者
Author: 沃兹姬 时间: 4 day ago

wal 发表于 2025-8-8 20:08
那也不对吧，为什么会先对接，再取出来结构优化，再放回去？

MD我还只学了皮毛，求大佬细说具体应该什么流程呢。因为对接后的pdbqt文件把非极性氢都去掉了，然后我重新加上非极性氢的话这个电荷不是也要再优化一下，再算一遍嘛。

作者
Author: sobereva 时间: 4 day ago

沃兹姬发表于 2025-8-9 02:27
抱歉老师，我的问题是这样的
1.用AutoDockVina进行分子对接后，得到最低结合能且含氢键的最优蛋白-配体 ...

配体的坐标还用原来的坐标，完全不需要把Gaussian优化完的坐标又放回去。

其它相关说明：
只要做几何优化，原子坐标必然会变化。只不过写上nosymm关键词的时候不会自动平移到标准朝向，看《谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用》（http://sobereva.com/297），但内部结构肯定会变。
如果你想让分子内部结构也不变，就只能不做非氢原子的优化，直接用Multiwfn按下文计算RESP电荷就完了。用Gaussian直接算单点得到的chk转成的fch文件作为Multiwfn算RESP电荷的输入文件（但鉴于X光衍射通常测不准氢的位置，最好先把氢原子优化）
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

如果你Gaussian用得不熟，也可以用下文里带noopt后缀的脚本算RESP电荷，极为方便
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）

PS：antechamber算RESP电荷已经是我很不推荐的做法。用Multiwfn算RESP电荷已是主流。

作者
Author: tptp 时间: 4 day ago

沃兹姬发表于 2025-8-9 02:32
MD我还只学了皮毛，求大佬细说具体应该什么流程呢。因为对接后的pdbqt文件把非极性氢都去掉了，然后我重 ...

用sob老师开发的超级懒人脚本，使用ORCA+Multiwfn去计算出.chg文件，这里面有电荷信息。然后依然是使用sob老师开发的sobtop程序，生成配体分子的gro、itp和top文件。ORCA的安装教程sob老师也写过。然后你执意要用高斯的话在输入文件中的关键字里面加一个 -nosymm ，位置就不会变化了。

作者
Author: 沃兹姬 时间: 4 day ago

sobereva 发表于 2025-8-9 05:39
配体的坐标还用原来的坐标，完全不需要把Gaussian优化完的坐标又放回去。

其它相关说明：

好的，谢谢老师指导！我尝试一下

作者
Author: 沃兹姬 时间: 4 day ago

tptp 发表于 2025-8-9 08:03
用sob老师开发的超级懒人脚本，使用ORCA+Multiwfn去计算出.chg文件，这里面有电荷信息。然后依然是使用so ...

感谢大佬指导，我再重新做一遍看看

作者
Author: 沃兹姬 时间: 4 day ago

zako 发表于 2025-8-8 23:38
It's a normal thing, when you optimize the ligand coordinates changed and the pose also changed, but ...

thanks bro, i just don't know how to do, and what app i need to use.

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