计算化学公社

标题: 求助含Cu体系附上amber力场，生成lammps可以识别的data文件 [打印本页]

作者
Author: CAOXI 时间: 2025-10-24 21:15
标题: 求助含Cu体系附上amber力场，生成lammps可以识别的data文件
请问怎样给我的含Cu体系附上amber力场，生成lammps可以识别的data文件进行分子动力学模拟，有尝试过网上说的方法，antechamber -i LIG.mol2 -fi mol2 -o LIG-1.mol2 -fo mol2 -c bcc -nc 0 -pf y，但是因为我的体系中含Cu，所以出现很多错误，不能生成相应的mol2文件。我的体系是纳米团簇，有机磷配体直接与Cu相连，同时Cu与I相连，Cu为+1价的
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作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-25 08:34
sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生GAFF力场的拓扑文件远比antechamber普适得多得多得多，就连诸如二茂铁都能搞：
使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件
http://sobereva.com/635（http://bbs.keinsci.com/thread-27803-1-1.html）
antechamber完全可以弃了

作者
Author: CAOXI 时间: 2025-10-25 08:48

sobereva 发表于 2025-10-25 08:34
sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生GAFF力场的拓扑文件远比antechamber普适得多得多得多，就连 ...

收到，谢谢老师的解答

作者
Author: Huschein 时间: 2025-10-25 10:11
amber中有专门产生含金属的小分子工具好像叫MECP？总之是一个py文件可以去搜搜

作者
Author: CAOXI 时间: 2025-10-26 17:26

Huschein 发表于 2025-10-25 10:11
amber中有专门产生含金属的小分子工具好像叫MECP？总之是一个py文件可以去搜搜

好滴好滴，谢谢

作者
Author: CAOXI 时间: 2025-10-26 17:33

sobereva 发表于 2025-10-25 08:34
sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生GAFF力场的拓扑文件远比antechamber普适得多得多得多，就连 ...

老师好，我想继续询问一下，这个“使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件”例子中，对于我的体系，可以不进行第一步的优化和振动分析吗，直接第二步计算RESP电荷，我的体系有1000多个原子，而且是完整晶胞体系，我计算了一下，10小时了还没计算完第一步。
如果直接进行第二步计算RESP电荷，那也需要产生chk文件，然后再转化为fch文件吗，还是有其他什么操作
谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-27 02:57

CAOXI 发表于 2025-10-26 17:33
老师好，我想继续询问一下，这个“使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件”例子中，对于我 ...

直接给出体系结构图或者结构文件

1000多个原子的情况根本不应该直接算RESP电荷。你的情况属于胡算瞎算的阶段

作者
Author: CAOXI 时间: 2025-10-27 08:06
本帖最后由 CAOXI 于 2025-10-27 16:04 编辑

sobereva 发表于 2025-10-27 02:57
直接给出体系结构图或者结构文件

1000多个原子的情况根本不应该直接算RESP电荷。你的情况属于胡算瞎算 ...

好滴，谢谢老师的解答，那我就是直接用体系的结构文件去直接进行第三步，产生拓扑文件，对吧
产生的itp文件和top文件没有键、角等类型，那lammps可以识别的data文件怎么写呢[attach]122167[/attach] (, 下载次数 Times of downloads: 0)

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第一张图是lammps的data所需要的参数格式，第二、三张是itp文件

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作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-28 03:51

CAOXI 发表于 2025-10-27 08:06
好滴，谢谢老师的解答，那我就是直接用体系的结构文件去直接进行第三步，产生拓扑文件，对吧
产生的itp ...

没有原子电荷怎么做计算？你的体系又不是所有原子的原子电荷都接近0的情况
都说了，直接给出体系结构图或者结构文件，你当前算的是什么东西别人都不知道

作者
Author: CAOXI 时间: 2025-10-28 07:58
本帖最后由 CAOXI 于 2025-10-28 08:17 编辑

sobereva 发表于 2025-10-28 03:51
没有原子电荷怎么做计算？你的体系又不是所有原子的原子电荷都接近0的情况
都说了，直接给出体系结构图 ...

好滴，谢谢老师，我现在上传结构，纳米团簇结构，一个是Cu4I4中心，另一个是Cu2I2中心，Cu与有机膦配体直接相连
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作者
Author: sobereva 时间: 2025-10-28 10:15

CAOXI 发表于 2025-10-28 07:58
好滴，谢谢老师，我现在上传结构，纳米团簇结构，一个是Cu4I4中心，另一个是Cu2I2中心，Cu与有机膦配体直 ...

明明不是1000个原子，就是个配合物而已，显然得算RESP电荷，并且认真看http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ4

作者
Author: CAOXI 时间: 2025-10-28 10:24
本帖最后由 CAOXI 于 2025-10-28 22:48 编辑

sobereva 发表于 2025-10-28 10:15
明明不是1000个原子，就是个配合物而已，显然得算RESP电荷，并且认真看http://sobereva.com/soft/Sobtop/ ...

谢谢老师的解答，我的体系中Cu为+1价，已经与I形成离子键了，去掉有机配体也是电中性，有机配体也是电中性的，这样体系也需要计算RESP电荷吗，我之前只用上面的一个纳米团簇在Gaussian 16W上进行结构优化和振动分析，便于产生chk文件进行电荷计算，但是优化15个小时左右都还没有优化结束。这是我的gjf输入文件，用于结构优化的，老师帮忙看一下有问题吗，可以怎么改
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因为我之后需要跑几十个这样的纳米团簇，所以会有1000多个原子。

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