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标题: 如何计算锂离子周围不同溶剂化结构的百分比？ [打印本页]

作者
Author: Wxh18130507355 时间: 2025-11-10 14:12
标题: 如何计算锂离子周围不同溶剂化结构的百分比？
sob老师及各位大佬好，本人做的是使用gromacs跑电解液模型相关的课题，现在已经跑完md了，想向各位大佬求助一下，我想询问一下应该通过何种方法能够比较简单快捷的计算出电解液中锂离子周围不同配位环境所占的比例，如图所示，也就是想计算出锂离子周围SSIP、CIP、AGG的比例，恳请sob老师及各位大佬能够解答一下

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作者
Author: pal 时间: 2025-11-10 15:09
写一个小程序统计一下

作者
Author: Dreamer1 时间: 2025-11-10 16:33
根据RDF第一层峰的峰谷位值作为截距，通过代码统计1000帧的每一个锂离子周围的配位离子和分子，然后将出现的可能情况的次数进行统计，出现频次最高的就是文献中常说的最有可能存在的溶剂化结构。相应地，SSIP/CIP/AGG也是根据上述统计情况分析得到。

作者
Author: Wxh18130507355 时间: 2025-11-10 17:57

Dreamer1 发表于 2025-11-10 16:33
根据RDF第一层峰的峰谷位值作为截距，通过代码统计1000帧的每一个锂离子周围的配位离子和分子，然后将出现 ...

请问前辈，这个方法是使用VMD来操作的嘛，请问前辈有没有比较好的代码分享一下！

作者
Author: Dreamer1 时间: 2025-11-10 20:26

Wxh18130507355 发表于 2025-11-10 17:57
请问前辈，这个方法是使用VMD来操作的嘛，请问前辈有没有比较好的代码分享一下！

不是vmd，用python写的代码统计出来的，然后结果中会呈现每个编号Li周围出现的离子或溶剂分子的编号。再在vmd中输入“resname 残基名+resid编号”，就可以精确地显示你要的那个溶剂化结构，其他都不显示，然后把这个导出来，pdb，就可以了。其实算溶剂化能不用那么麻烦，知道具体配位后，可以自己搭一个合适的初猜构型。

作者
Author: student0618 时间: 2025-11-11 00:47
如果用 Python 统计后直接抽出来就好，可以参考这帖3楼讨论的思路。
http://bbs.keinsci.com/thread-56643-1-1.html

作者
Author: Wxh18130507355 时间: 2025-11-11 19:29

Dreamer1 发表于 2025-11-10 20:26
不是vmd，用python写的代码统计出来的，然后结果中会呈现每个编号Li周围出现的离子或溶剂分子的编号。再 ...

好滴，谢谢前辈！我尝试一下！

作者
Author: Wxh18130507355 时间: 2025-11-11 19:29

student0618 发表于 2025-11-11 00:47
如果用 Python 统计后直接抽出来就好，可以参考这帖3楼讨论的思路。
http://bbs.keinsci.com/thread-56643 ...

好滴前辈，我参考一下！

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