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标题: 有关NPA电荷与ADCH电荷的比较 [打印本页]

作者
Author: 冰释之川 时间: 2017-5-13 11:27
标题: 有关NPA电荷与ADCH电荷的比较
本帖最后由冰释之川于 2017-5-13 11:28 编辑

最近帮一个朋友算了两个系列的分子，朋友要求“算N原子的电子密度在不同基团中的大小差异”，那我用原子电荷表征，采用NPA和ADCH方法。

先附上两个系列的分子：

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朋友期望的计算结果是： （1） D1>D2>D3  （2）C1>C2>C3

然后是我计算的结果：

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compound             NPA (au)                      ADCH (au)                      Mulliken (au)
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D1                               -0.50215                      -0.271851                      -0.259784
D2                               -0.51291                      -0.238481                      -0.273723
D3                               -0.52081                      -0.216846                      -0.272941
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C1                               -0.53398                      -0.221783                      -0.268737
C2                               -0.52242                      -0.236264                      -0.285500
C3                               -0.49285                      -0.238406                      -0.253308
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发现对于D系列，ADCH电荷趋势与期望的吻合；而对于C系列，NPA电荷的趋势与期望吻合。。

另外最重要的是：发现为什么NPA与ADCH电荷预测的趋势都是相反地？！到底哪个计算方法才是最可靠的？？？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-13 11:49
没法说哪个一定更可靠，只不过反映不同侧面而已。而且构象还会影响结果（除非用那些不依赖于构象的方法，比如gasteiger电荷）
也计算Hirshfeld电荷进行比较

作者
Author: 冰释之川 时间: 2017-5-13 12:14

sobereva 发表于 2017-5-13 11:49
没法说哪个一定更可靠，只不过反映不同侧面而已。而且构象还会影响结果（除非用那些不依赖于构象的方法，比 ...

刚刚验证了Hirshfeld电荷，它和ADCH电荷趋势一致，但是NPA电荷怎么和它们趋势都是相反的，就很纳闷，因为计算都是对同一个构型计算的。

如果这两个系列分子是两篇不同的文章里，我可以按照“期望的”趋势来选择相应的计算方法。但是如果是同一篇文章里两个系列对比，那么这下就蛋疼了，难道我要对不同系列选择不同的计算方法？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-13 12:38

冰释之川发表于 2017-5-13 12:14
刚刚验证了Hirshfeld电荷，它和ADCH电荷趋势一致，但是NPA电荷怎么和它们趋势都是相反的，就很纳闷，因为 ...

肯定不能用不同的方法，而必须予以解释
Hirshfeld虽然性能不怎么样，比如对静电势重现性很差、数量级明显偏小等，但是能比较好地反应intrinsic分布，既然它与ADCH都一样了，就按照Hirshfeld/ADCH的结果来讨论。毕竟实际算出来是什么样就是什么样。

作者
Author: a815648905 时间: 2018-11-5 20:05

sobereva 发表于 2017-5-13 12:38
肯定不能用不同的方法，而必须予以解释
Hirshfeld虽然性能不怎么样，比如对静电势重现性很差、数量级 ...

老师，您好！请问原子电荷计算用的方法和基组可以不和优化频率一致吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-11-6 03:31

a815648905 发表于 2018-11-5 20:05
老师，您好！请问原子电荷计算用的方法和基组可以不和优化频率一致吗？

可以

作者
Author: wanan 时间: 2023-11-18 15:47
sob老师,请问在不同电场强度下优化分子，使用VMD渲染原子电荷，比较它们电荷的变化情况是否需要在同一色彩刻度下比较？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-11-18 17:40

wanan 发表于 2023-11-18 08:47
sob老师,请问在不同电场强度下优化分子，使用VMD渲染原子电荷，比较它们电荷的变化情况是否需要在同一色彩 ...

需要，否则的话画出来的图虽然正确，但是误导性很强

作者
Author: wanan 时间: 2023-11-20 10:17

wzkchem5 发表于 2023-11-18 17:40
需要，否则的话画出来的图虽然正确，但是误导性很强

好的，谢谢老师

作者
Author: JCenter 时间: 2024-3-6 23:19
本帖最后由 JCenter 于 2024-3-7 00:35 编辑

sobereva 发表于 2017-5-13 12:38
肯定不能用不同的方法，而必须予以解释
Hirshfeld虽然性能不怎么样，比如对静电势重现性很差、数量级 ...

老师，我通过multiwfn对一些有机物以及复合物在自由状态下使用内置的球化原子密度分别计算了相应的Hirshfeld电荷和ADCH电荷，想探究葫芦脲CB6影响下的质子化氮的反应活性的变化。通过Hirshfeld电荷，发现CB6增加了PIPH+和PIP2H+的N4原子的亲核性（值更低）,但是ADCH电荷的结果正好相反：CB6存在下，PIPH+和PIP2H+的N4原子的亲核性降低（值升高）。这应该用哪种原子电荷的结果更合适呢。结构及示意图、以及相应的原子电荷如图所示,这些有机物以及复合物的波函数信息均是在B3LYP-D3(BJ)/6-311G**结合IEFPCM水模型下优化后得到的波函数文件。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-7 03:12

JCenter 发表于 2024-3-6 23:19
老师，我通过multiwfn对一些有机物以及复合物在自由状态下使用内置的球化原子密度分别计算了相应的Hirshf ...

预测反应活性问题适合Hirshfeld电荷
参考
Comparative study on the methods for predicting the reactive site of nucleophilic reaction（https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11426-015-5494-7）
TCA上的一篇对比不同原子电荷预测反应位点、亲电/亲核性的文章（http://bbs.keinsci.com/thread-15512-1-1.html）

作者
Author: JCenter 时间: 2024-3-7 09:43

sobereva 发表于 2024-3-7 03:12
预测反应活性问题适合Hirshfeld电荷
参考
Comparative study on the methods for predicting the react ...

非常感谢卢老师

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