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标题: 在分字动力学模拟中磺酰胺基团去质子化遇见价态错误问题怎么解决？ [打印本页]

作者
Author: liueh 时间: yesterday 15:47
标题: 在分字动力学模拟中磺酰胺基团去质子化遇见价态错误问题怎么解决？
我将小分子抑制剂中的磺酰胺基团进行去质子化之后，使用antechamber的bcc模型计算电荷出现了价态错误，这个问题应该怎么解决？
一下是我的代码以及报错：
Weird atomic valence (1) for atom (ID: 4, Name: NAA).
Possible open valence.
[1]+ Exit 1 antechamber -i lig-h.mol2 -fi mol2 -o lig.mol2 -fo mol2 -c bcc -nc -1 -m 1 -pf y > 1

作者
Author: sobereva 时间: yesterday 18:44
用Multiwfn算RESP电荷是最佳做法，没这些破事，还比AM1-BCC明显更好
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）

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