计算化学公社

标题: ECD计算结构和实测值拟合的不好 [打印本页]

作者
Author: xuj 时间: 2017-10-28 17:52
标题: ECD计算结构和实测值拟合的不好
本帖最后由 xuj 于 2017-11-20 17:45 编辑

请教各位，我最近用gauss计算一个化合物的ECD，发现计算的结果和实测的结果拟合的不是很好，附件为其中一个优势构象的input文件，图1为计算结果和实测值的结果（其中黑色线条为实测值），图2为化合物的相对构型，请问各位大神可能是什么原因造成的？如何解决？非常感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2017-10-28 21:11
(, 下载次数 Times of downloads: 13)

当前情况主要考虑溶剂因素、结构绘制是否有问题、构象选取

作者
Author: zsu007 时间: 2017-10-28 21:39
楼主，一点建议：
1 构象搜索，你的分子有三个构象。
2 结构优化和频率计算使用b3lyp/6-311G**同时考虑溶剂效应（PCM）就好了，基组不用+
3 tddft计算一般考虑单重态,还有换一个泛函和基组。
综上所述，你的计算路径修改为
# opt freq b3lyp/6-311g(d,p) geom=connectivity scrf(solvent=你测试CD所用溶剂) temp=（你测试CD的温度，摄氏度转为热力学温标） test

# td=(singlets,nstate=20) pbe1pbe/aug-ccpvdz geom=allcheck guess=read scrf(solvent=你测试CD所用溶剂) test

作者
Author: xuj 时间: 2017-10-29 21:37

sobereva 发表于 2017-10-28 21:11
当前情况主要考虑溶剂因素、结构绘制是否有问题、构象选取

谢谢您的热心帮助，学习了！

作者
Author: xuj 时间: 2017-10-29 21:38

zsu007 发表于 2017-10-28 21:39
楼主，一点建议：
1 构象搜索，你的分子有三个构象。
2 结构优化和频率计算使用b3lyp/6-311G**同时考虑溶 ...

非常谢您的详细解答，我试试看！

作者
Author: 欢乐多 时间: 2019-5-14 07:07
本帖最后由欢乐多于 2019-5-14 07:09 编辑

sobereva 发表于 2017-10-28 21:11
当前情况主要考虑溶剂因素、结构绘制是否有问题、构象选取

Sob老师，分子构象搜索只有1个构象，算ECD，附件里的这个优化的基组选择是否正确？之前选择# opt freq b3lyp/6-31+g(d,p) geom=connectivity得出结果与实验结果拟合不好，

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-14 20:33

欢乐多发表于 2019-5-14 07:07
Sob老师，分子构象搜索只有1个构象，算ECD，附件里的这个优化的基组选择是否正确？之前选择# opt freq b3 ...

HF/6-31G*计算属于搞笑。文章能发出去就怪了

该用什么仔细看下文了解最基本常识

简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272（http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html）
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336（http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html）

作者
Author: 欢乐多 时间: 2019-5-14 23:55

sobereva 发表于 2019-5-14 20:33
HF/6-31G*计算属于搞笑。文章能发出去就怪了

该用什么仔细看下文了解最基本常识

好的，老师，我再多看看，非常感谢Sob老师！啥时候能上您的课啊，成为您的课堂学生，知道的晚了，上次报名错过去了，期待下一次的课堂！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-15 00:09

欢乐多发表于 2019-5-14 23:55
好的，老师，我再多看看，非常感谢Sob老师！啥时候能上您的课啊，成为您的课堂学生，知道的晚了，上次报 ...

时间问题看
北京科音办的培训班FAQ
http://bbs.keinsci.com/thread-5098-1-1.html

作者
Author: 欢乐多 时间: 2019-5-16 06:50

sobereva 发表于 2019-5-15 00:09
时间问题看
北京科音办的培训班FAQ
http://bbs.keinsci.com/thread-5098-1-1.html

Sob老师，为了获得ECD，这个激发态计算花了十多个小时还没算完，是基组或方法选择问题吗？您看这个文件是否合适？

作者
Author: biogon 时间: 2019-5-16 14:47
本帖最后由 biogon 于 2019-5-16 14:51 编辑

欢乐多发表于 2019-5-16 06:50
Sob老师，为了获得ECD，这个激发态计算花了十多个小时还没算完，是基组或方法选择问题吗？您看这个文件是 ...

你这没写td计算要算的态数，还有加弥散函数干嘛

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-17 01:08

欢乐多发表于 2019-5-16 06:50
Sob老师，为了获得ECD，这个激发态计算花了十多个小时还没算完，是基组或方法选择问题吗？您看这个文件是 ...

算ECD只算默认三个态根本不够
但凡问耗时的时候必须把计算条件说清楚
仔细监控输出文件看算到什么程度了

作者
Author: 欢乐多 时间: 2019-5-17 06:54

sobereva 发表于 2019-5-17 01:08
算ECD只算默认三个态根本不够
但凡问耗时的时候必须把计算条件说清楚
仔细监控输出文件看算到什么程度 ...

好的，谢谢您，已经找到增加态的方法了。

作者
Author: 欢乐多 时间: 2019-5-17 07:03

sobereva 发表于 2019-5-17 01:08
算ECD只算默认三个态根本不够
但凡问耗时的时候必须把计算条件说清楚
仔细监控输出文件看算到什么程度 ...

Sob老师，算到L914时，有警告，是怎么回事？附件是输入文件，是不是输入哪地方有问题？

作者
Author: 欢乐多 时间: 2019-5-17 07:15

欢乐多发表于 2019-5-17 07:03
Sob老师，算到L914时，有警告，是怎么回事？附件是输入文件，是不是输入哪地方有问题？

经过查询http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html帖子，这个warning属于正常。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)