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标题: 高斯几何优化出现报错 [打印本页]

作者
Author: yezhonghua 时间: 2017-11-7 20:58
标题: 高斯几何优化出现报错
高斯进行一个300个原子体系的DFT结构优化
出现如下错误提示：
Out-of-memory error in routine FChkPn-MO (IEnd=    34658897 MxCore=    33554432)
Use %mem=34MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step.
Error termination via Lnk1e at Tue Nov  7 09:37:16 2017.
Error: segmentation violation
rax 0000000000000000, rbx 0000000000697fc8, rcx ffffffffffffffff
rdx 000000000000593e, rsp 00007ffe0ce114b8, rbp 00007ffe0ce11510
rsi 000000000000000b, rdi 000000000000593e, r8  00002ace5aa05200
r9  0000000000000000, r10 00007ffe0ce11240, r11 0000000000000206
r12 00007ffe0ce12970, r13 000000000068b10a, r14 0000000000000002
r15 0000000000000000
  --- traceback not available

我%mem设置是30GB的，这里提示要最少34MW的内容，不太明白这里去哪里进行设置。请教一下大神，该如何进行解决。
谢谢

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2017-11-7 20:59
本帖最后由 liyuanhe211 于 2017-11-7 21:02 编辑

肯定没设对、%mem没生效
300个原子DFT优化基本别想了。

作者
Author: yezhonghua 时间: 2017-11-7 21:08

liyuanhe211 发表于 2017-11-7 20:59
肯定没设对、%mem没生效
300个原子DFT优化基本别想了。

%chk=Z-2-1.chk
%mem=40GB
%nprocshared=28
#p opt freq b3lyp/6-31g(d)

这是我的gjf文件设置，我用这个设置跑100个原子体系几何优化没有问题。
你说的设置没有生效应该不是这个原因
谢谢！

作者
Author: yezhonghua 时间: 2017-11-7 21:08

liyuanhe211 发表于 2017-11-7 20:59
肯定没设对、%mem没生效
300个原子DFT优化基本别想了。

事实上我是709个原子体系

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2017-11-7 21:52

yezhonghua 发表于 2017-11-7 21:08
%chk=Z-2-1.chk
%mem=40GB
%nprocshared=28

上传完整输出文件

作者
Author: yezhonghua 时间: 2017-11-8 08:44

liyuanhe211 发表于 2017-11-7 21:52
上传完整输出文件

你好，非常感谢你的回复。这是我的计算输出log文件。高斯提示错误如下：
Allocation failure for numerical quadrature. Error termination via Lnk1e in /opt//g09/l703.exe at Wed Nov 8 00:10:26 2017.

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2017-11-8 09:21

yezhonghua 发表于 2017-11-8 08:44
你好，非常感谢你的回复。这是我的计算输出log文件。高斯提示错误如下：
Allocation failure for numeri ...

你一楼贴的报错和你上传的输出文件根本不一回事。

一楼不是运行任务（g09命令）时的报错吧，我猜是你完了之后用fchk了（或者某种脚本、队列里写了跑完g09再跑fchk），那和输入文件的%mem有啥关系。。。

你的bashrc中g09root多写了一个斜线（虽然错误可能与此无关）

Allocation failure这个报错我没原样遇到过，不过像是你告诉Gaussian 可以用40GB内存，但系统中并没有这么多剩着。

先把体系简化了再说。709个原子B3LYP/6-31G(d) opt freq 才28核来跑是开玩笑

作者
Author: yezhonghua 时间: 2017-11-8 17:15

liyuanhe211 发表于 2017-11-8 09:21
你一楼贴的报错和你上传的输出文件根本不一回事。

一楼不是运行任务（g09命令）时的报错吧，我猜是你 ...

谢谢
一楼的错误通过在bash通设置export GAUSS_MEMDEF=500MW就能够解决，应该是你分析的原因。
后边bashrc中的g09root多了一个斜杠，计算其他结构没有保错。
系统是64GB内存，一般剩余的内存足够40多G。估计应该是体系太大，709个原子体系28核的电脑无法用B3LYP/6-31G*运算吧。但是高斯16的官网上的例子好像比这个体系更大也能用DFT进行计算。

作者
Author: yezhonghua 时间: 2017-11-8 22:01

liyuanhe211 发表于 2017-11-8 09:21
你一楼贴的报错和你上传的输出文件根本不一回事。

一楼不是运行任务（g09命令）时的报错吧，我猜是你 ...

谢谢你的回复，我简化了体系，将烷基链都改为甲基，体系为200多个原子，顺利计算了。

作者
Author: 20087439 时间: 2020-10-19 19:52
老师，你好。我是做煤大分子模型构建，大概接近300个原子，老师您基组方法用的是#p opt freq b3lyp/6-31g(d) ，我在论文里看到用的 #p opt freq M06-2X/6-31g，想咨询下您b3lyp和M06-2X有什么区别，哪个更适合算大分子能更节约时间，谢谢您！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-10-20 09:57

20087439 发表于 2020-10-19 19:52
老师，你好。我是做煤大分子模型构建，大概接近300个原子，老师您基组方法用的是#p opt freq b3lyp/6-31g(d ...

B3LYP稍快一点。论文里的6-31G有问题，必须至少用6-31G(d)，不加极化函数结果不能用。
另外建议加色散校正

作者
Author: 20087439 时间: 2020-10-20 22:00

wzkchem5 发表于 2020-10-20 09:57
B3LYP稍快一点。论文里的6-31G有问题，必须至少用6-31G(d)，不加极化函数结果不能用。
另外建议加色散校 ...

非常感谢老师的回复，我现在正好用的是b3lyp/6-31g(d)来优化，这个量化计算对电脑配制有什么最低要求吗？至少得几核多少内存的，我用自己的普通台式机仅优化现在算了10天还没结束。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-10-20 23:15

20087439 发表于 2020-10-20 22:00
非常感谢老师的回复，我现在正好用的是b3lyp/6-31g(d)来优化，这个量化计算对电脑配制有什么最低要求吗？ ...

看sob老师博文《计算化学购机配置推荐》http://sobereva.com/444

要对自己研究体系的计算量有个概念，切勿使用一把小刀去割整个麦田，应量力而为。例如在自己的硬件配置下，算个单点如果要1天，结构优化假设30步（不算多），这就相当于需要30天，这样的任务显然是不符合当前算力的。算力与任务要匹配，20个原子以下的DFT计算，确实台式机、笔记本电脑就能轻松胜任。

像你当前这种情况，优化一个结构都超过10天，你要认真考虑一下自己的硬件配置和任务类型了。

作者
Author: biogon 时间: 2020-10-21 09:12

20087439 发表于 2020-10-20 22:00
非常感谢老师的回复，我现在正好用的是b3lyp/6-31g(d)来优化，这个量化计算对电脑配制有什么最低要求吗？ ...

300原子优化，没个好点机器就不要想了，纯粹是在浪费时间

作者
Author: 20087439 时间: 2020-10-21 09:35

zjxitcc 发表于 2020-10-20 23:15
看sob老师博文《计算化学购机配置推荐》http://sobereva.com/444

要对自己研究体系的计算量有个概念， ...

好的，非常感谢老师们给出的宝贵的建议。考虑后续要预测核磁谱图，查资料说它运算的基组级别要比优化的高要好些，所以对这样的大分子体系我用 b3lyp/3-21g(d)来优化和频率计算，用 b3lyp/6-31g(d)来预测NMR核磁谱图可以吗？再次感谢!

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-10-21 10:01

20087439 发表于 2020-10-21 09:35
好的，非常感谢老师们给出的宝贵的建议。考虑后续要预测核磁谱图，查资料说它运算的基组级别要比优化的高 ...

不行，6-31G(d)以下的基组是没法发表的，优化的结构会存在定性错误，不仅是定量不准的问题。
核磁是局域性质，除非你有卟啉等大环共轭结构提供环电流，否则可以只把你需要算的核附近抠出来不到100个甚至不到50个原子的体系来算核磁。如果所有核的化学位移都需要，那么可以把分子分成若干互相重叠的片，分别计算。

作者
Author: 20087439 时间: 2020-10-21 11:01
谢谢老师，看来要学习的知识还很多，老师刚讲的这些专业术语我下来好好学习。其实老师我只涉及到分子的优化和频率计算，不涉及动力学方面的计算，想在力所能及的情况下做些分析。我之前也用 HF/6-31g(d)计算过，那结果是不是也不能用呀

，它的精度比 b3lyp/3-21g(d)要低吧？

作者
Author: 20087439 时间: 2020-11-1 09:47
再次请教各位老师们，我的大分子模型（约300个原子），考虑后续要预测核磁谱图，查资料说它运算的基组级别要比优化的高要好些，所以对这样的大分子体系我用 b3lyp/3-21g(d)来优化和频率计算，用 b3lyp/6-31g(d)来预测NMR核磁谱图可以吗？谢谢老师帮忙解答!

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-1 10:02

20087439 发表于 2020-11-1 09:47
再次请教各位老师们，我的大分子模型（约300个原子），考虑后续要预测核磁谱图，查资料说它运算的基组级别 ...

这年头用3-21g(d)优化几乎没法接受，即便是300原子。可以考虑把不重要的原子用3-21G(d)，较重要的至少用6-31G*，或者干脆用ORCA跑B97-3c的优化。如果能构建模型体系减小体系规模就用模型体系算。

直接用b3lyp/6-31g(d)太次，要用就用标度法，仔细看
使用Multiwfn绘制NMR谱
http://sobereva.com/565（http://bbs.keinsci.com/thread-19711-1-1.html）
谈谈如何又好又快地计算NMR化学位移
http://sobereva.com/354（http://bbs.keinsci.com/thread-4434-1-1.html）

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-1 10:03

20087439 发表于 2020-10-21 11:01
谢谢老师，看来要学习的知识还很多，老师刚讲的这些专业术语我下来好好学习。其实老师我只涉及到分子的优化 ...

好好看此文
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272（http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html）
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336（http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html）

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-1 11:26

20087439 发表于 2020-11-1 09:47
再次请教各位老师们，我的大分子模型（约300个原子），考虑后续要预测核磁谱图，查资料说它运算的基组级别 ...

预测NMR的基组要比优化高，说的是必须提高NMR用的基组水平，而不是说两者的基组相对大小必须拉开差距但绝对基组大小不重要。说这个话的人是默认了听者知道优化至少要6-31G(d)的，所以翻译一下就是NMR如果要直接算准，必须用高于6-31G(d)的基组。所以你不能靠降低优化的基组水平来绕过这个要求。当然如sob老师所说，6-31G(d)算核磁的误差比较系统，所以可以用标度法校正掉大部分的误差。如果用了标度法的话，所谓核磁必须高于6-31G(d)也不一定成立，对于发表文章来说是可以容忍的。但是结构优化必须6-31G(d)，因为起码在高斯里不存在任何方法能校正基组太小对结构优化引入的误差（ORCA里倒是有），所以结构优化必须至少用6-31G(d)。
除了sob老师说的混合基组以外，也可以用ONIOM，但是必须确保你要算化学位移的原子附近必须全部用至少6-31G(d)优化，一点也不能少，哪怕降到4-31G(d)都会导致达不到发表标准。如果所有原子的化学位移都要算，那就跑若干个单独的任务，每个任务把分子的一小部分精确计算，其他部分用小基组或者用半经验/分子力学方法。

作者
Author: 20087439 时间: 2020-11-1 14:26
非常感谢各位老师的详细解答，谢谢，我下来好好学习，受教了

作者
Author: 秋白纳 时间: 2023-11-9 10:28
你这里“Error: segmentation violation
rax 0000000000000000, rbx 0000000000697fc8, rcx ffffffffffffffff
rdx 000000000000593e, rsp 00007ffe0ce114b8, rbp 00007ffe0ce11510
rsi 000000000000000b, rdi 000000000000593e, r8  00002ace5aa05200
r9  0000000000000000, r10 00007ffe0ce11240, r11 0000000000000206
r12 00007ffe0ce12970, r13 000000000068b10a, r14 0000000000000002
r15 0000000000000000
  --- traceback not available”
不算一种报错吗？我最近也遇到了一样的问题，请问你是怎么解决的呀

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-11-9 10:35

秋白纳发表于 2023-11-9 10:28
你这里“Error: segmentation violation
rax 0000000000000000, rbx 0000000000697fc8, rcx ffffffffff ...

《在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚》http://sobereva.com/620

到输出文件末尾截图展示15行内容为宜

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