计算化学公社

标题: molclus已支持Grimme的xtb程序 [打印本页]

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-1 02:04
标题: molclus已支持Grimme的xtb程序
molclus程序（介绍见http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577，主页为http://www.keinsci.com/research/molclus.html）刚发布了1.4版，从此版本开始，支持了Grimme开发的xtb程序。这个程序主要是做GFB-xtb计算的，包括单点、优化、振动分析、动力学等。GFB-xtb具体介绍看J. Chem. Theory Comput., 2017, 13 (5), pp 1989–2009，简单介绍可以看《盘点Grimme迄今对理论化学的贡献》（http://sobereva.com/388）文中第10条。xtb预编译版程序可以向https://www.chemie.uni-bonn.de/pctc/mulliken-center/software/xtb/xtb里面提到的Grimme的邮箱发邮件免费索取，回复很快。

xtb使用很简单，先解压到比如/sob/xtb，然后在用户目录下的.bashrc中添加export XTBHOME=/sob/xtb，最好也添加export PATH=$PATH:/sob/xtb便于调用。之后重新进入终端即可使用。比如xtb test.xyz -sp就是对test.xyz里的坐标做GFN-xtb单点计算，把-sp改成-opt就是做优化计算（产生的xtbopt.coord是最后帧的xyz文件，xtbopt.log是含有优化过程每一帧的多帧xyz文件），等等。直接输入xtb可以看到所有运行选项，xtb目录下的.xtbrc文件含有各种任务用的细节参数。还有一大堆.开头的文件都是理论方法的参数文件。可以设置xtb并行计算核数和OpenMP并行的堆栈内存量，例：
export OMP_NUM_THREADS=4
export MKL_NUM_THREADS=4
export OMP_STACKSIZE=1000m

简单来说，在机子里按照如上方式把xtb的环境变量设好后，就可以在molclus的settings.ini中把iprog设为4，然后在molclus运行时调用xtb对traj.xyz里的结构进行单点计算或优化了。molclus结合xtb使用的时候不需要像调用Gaussian/ORCA/MOPAC那样写模板文件。

2019-Mar-20注：本文说的xtb安装方式已经过时。最新版本xtb的安装基和本使用看
将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析
http://sobereva.com/421（http://bbs.keinsci.com/thread-10106-1-1.html）

作者
Author: smutao 时间: 2017-12-1 06:22
请问sob老师这个xtb程序可以计算梯度和Hessian吗？计算后能不能输出这两样信息？谢谢

作者
Author: ccccn345 时间: 2017-12-1 06:48
请问老师，xtb程序可以做conformational search吗？

作者
Author: muxijiao 时间: 2017-12-1 09:40

ccccn345 发表于 2017-12-1 06:48
请问老师，xtb程序可以做conformational search吗？

可以配合molclus做

作者
Author: muxijiao 时间: 2017-12-1 09:58
昨晚mopac跑几个小时的东西xTB竟然十几秒就做完了，震惊震惊

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-1 12:51

smutao 发表于 2017-12-1 06:22
请问sob老师这个xtb程序可以计算梯度和Hessian吗？计算后能不能输出这两样信息？谢谢

xtb带着-grad可以给出梯度，-hess可以给出Hessian

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-1 12:53

muxijiao 发表于 2017-12-1 09:58
昨晚mopac跑几个小时的东西xTB竟然十几秒就做完了，震惊震惊

结果咋样？靠谱不？

作者
Author: muxijiao 时间: 2017-12-1 21:25
本帖最后由 muxijiao 于 2017-12-1 21:27 编辑

sobereva 发表于 2017-12-1 12:53
结果咋样？靠谱不？

我在搜索二硫化钼的团簇，感觉要比PM7和PM6-D3H4靠谱，这两很多构象都飞了我在想xTB是不是对于过渡族金属化合物要好于PM系列呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-1 22:53

muxijiao 发表于 2017-12-1 21:25
我在搜索二硫化钼的团簇，感觉要比PM7和PM6-D3H4靠谱，这两很多构象都飞了我在想xTB是不是对于过渡族金属 ...

应该要好于。GFN-xtb普适性较强

作者
Author: muxijiao 时间: 2017-12-2 09:36

sobereva 发表于 2017-12-1 22:53
应该要好于。GFN-xtb普适性较强

export OMP_NUM_THREADS=20
export MKL_NUM_THREADS=20
export OMP_STACKSIZE=10000m
社长，并行设置的bashrc应该你写的少了等号了吧

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-2 14:42

muxijiao 发表于 2017-12-2 09:36
export OMP_NUM_THREADS=20
export MKL_NUM_THREADS=20
export OMP_STACKSIZE=10000m

对。已改

作者
Author: muxijiao 时间: 2017-12-3 10:15

sobereva 发表于 2017-12-2 14:42
对。已改

社长，突然发现GFN-xTB的HOWTO文件中发现了这么一段

A better full QM alternative for conformational search is
xtb coord -siman
which runs MD/simulated annealing based conformational search (including SHAKE speeds up these
calculations considerably by allowing the timestep to be increased to 3-4 fs).
set mdtime, mddump, mdstep, shake, as well as nsiman and tend properly e.g.
mdtime 50.0 # MD run time in ps
mddump 1000. # dump (=optimize) structure in siman every mddump fs
mdstep 5.0 # MD time step in fs (automatically determined if < 0), could be 7-8 fs with shake =2, md_hmass
md_hmass 4 # increase hydrogen mass to this value in amu (at const. tot. mass) allowing large time steps (=0 off)
shake 2 # shake on (=0: off which is default) for X-H bonds only (=1), or all bonds (=2)
nsiman 3 # number of siman annealing blocks
tend 1000 # highest siman annealing temperature (very system specific)

复制代码

是不是意味着可以代替gmx周期退火来产生初始构型呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-3 12:39

muxijiao 发表于 2017-12-3 10:15
社长，突然发现GFN-xTB的HOWTO文件中发现了这么一段

是不是意味着可以代替gmx周期退火来产生初始构型 ...

没法代替。gmx是基于力场做的，GFN-xTB是基于半经验DFT做的，xtb再怎么快也没法代替力场的价值

作者
Author: muxijiao 时间: 2017-12-3 15:43

sobereva 发表于 2017-12-3 12:39
没法代替。gmx是基于力场做的，GFN-xTB是基于半经验DFT做的，xtb再怎么快也没法代替力场的价值

嗯嗯，速度上确实是的，但是精度上是不是要比力场准确呢？而且在易用程度上貌似要方便一些？对于过度金属团簇，gmx的力场是不是也不太好？（纯粹个人想法，对分子动力学不太熟悉）

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-3 15:45

muxijiao 发表于 2017-12-3 15:43
嗯嗯，速度上确实是的，但是精度上是不是要比力场准确呢？而且在易用程度上貌似要方便一些？对于过度金属 ...

比一般力场准确
gmx不适合过渡金属团簇

作者
Author: 苏玖染 时间: 2018-1-6 13:16
sob老师，使用molclus+xtb时计算水溶液中带电核分子的优化，发现修改.xtbrc中的gbsa h2o可行，但是在里面添加chrg -4没有用

作者
Author: sobereva 时间: 2018-1-6 16:23
xtb程序包里有说明
   spin and charge state information can be on:
   <.CHRG> (charge) and <.UHF> (=nalpha-nbeta)
   -uhf and -chrg override the file info.

如果非要想用-uhf -chrg来指定的话，可以发邮件给我，我给你个1.4.1版，可以直接用settings.ini里的xtb_arg指定给xtb额外加的选项

作者
Author: 苏玖染 时间: 2018-1-6 18:56

sobereva 发表于 2018-1-6 16:23
xtb程序包里有说明
spin and charge state information can be on:
(charge) and (=nalp ...

好的，谢谢sob老师！

作者
Author: Novice 时间: 2019-3-20 20:31

muxijiao 发表于 2017-12-3 10:15
社长，突然发现GFN-xTB的HOWTO文件中发现了这么一段

是不是意味着可以代替gmx周期退火来产生初始构型 ...

哪里有GFN-xTB的HOWTO文件文件啊，能否分享一下，我只看man基本啥都不了解

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-20 20:44

Novice 发表于 2019-3-20 20:31
哪里有GFN-xTB的HOWTO文件文件啊，能否分享一下，我只看man基本啥都不了解

那是老版本的了
基本操作看这里
将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析
http://sobereva.com/421（http://bbs.keinsci.com/thread-10106-1-1.html）

作者
Author: Novice 时间: 2019-3-20 21:26

sobereva 发表于 2019-3-20 20:44
那是老版本的了
基本操作看这里
将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析

哦哦，好的，多谢社长，这个帖子我看了很多遍了，话说老版本的能不能给我发一下，我想看一下其中的例子

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)