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标题: G09 势能面扫描问题 [打印本页]

作者
Author: superrice 时间: 2015-3-16 22:55
标题: G09 势能面扫描问题
我做relaxed势能面扫描，关键词Opt=modredundant。我想把某原子沿着X轴方向移动， X 33 S 15 0.3 0 0.0 0 0.0。

可是输出文件里读出来的却是 X 33 S 15 0.3 15 0.3 15 0.3。
如果沿着Z轴，我写 X 33 S 0 0.0 0 0.0 15 0.3
输出文件就是只有 X 33 S
但我看手册似乎可以只沿着某个方向，请问这是怎么回事？

Cartesian coordinates can also include scan specifications:

X atom S x-steps x-size y-steps y-size z-steps z-size

For example, the following ModRedundant input performs a relaxed potential energy surface scan. Starting at the initial position of atom 1 and moving in five 0.2 Angstrom steps in the X direction and three 0.1 Angstrom steps in the Z direction:

X 1 S 5 0.2 0 0.0 3 0.1

作者
Author: sobereva 时间: 2015-3-16 23:49
你用的哪个版本？
若是G09 D.01，在读冗余内坐标的时候有bug，换老版本即可。
X 33 S 15 0.3 0 0.0 0 0.0这样的写法至少在G09 B.01上没问题。

作者
Author: superrice 时间: 2015-3-17 00:20

sobereva 发表于 2015-3-16 23:49
你用的哪个版本？
若是G09 D.01，在读冗余内坐标的时候有bug，换老版本即可。
X 33 S 15 0.3 0 0.0 0 0.0 ...

这么巧，还真是D01，换个版本。。

作者
Author: superrice 时间: 2015-3-20 04:44

sobereva 发表于 2015-3-16 23:49
你用的哪个版本？
若是G09 D.01，在读冗余内坐标的时候有bug，换老版本即可。
X 33 S 15 0.3 0 0.0 0 0.0 ...

Can't type Chinese here. Sorry for the inconvenience .
I want to do the relaxed energy surface scan along the vertical distance of two ion pairs (planar molecues). Each pair is constructed by one cation and one counterion. So I try to scan the distance between two atoms that are in the center of the two ion pairs, respectively. However, the distance never increase. Can you please check the attached input and output files. If possilbe, explain the reason. Anything can help.
Thank you!

作者
Author: sobereva 时间: 2015-3-20 05:01
柔性扫描的第一步扫描的优化过程一直没收敛。所以显然也看不到距离在动。

对于你的目的，柔性扫描未必合适。只是不断变化中间那两个原子的距离的话，周围的分子片段在优化过程中会有很大变形，没法表现出两个平面分子的垂直距离对能量的影响。而且柔性扫描也太耗时。

就用刚性扫描就可以了。用笛卡尔坐标，把其中一个平面分子的所有原子的Z坐标都用相同的变量表示，然后扫描这个Z坐标。

作者
Author: superrice 时间: 2015-3-24 02:24

sobereva 发表于 2015-3-20 05:01
柔性扫描的第一步扫描的优化过程一直没收敛。所以显然也看不到距离在动。

对于你的目的，柔性扫描未必合 ...

谢谢Sob老师，我用了刚性扫描，感觉良好。现在分子式垂直移动的，请问那我想两个分子平行移动，应该怎么设置scan，昨天试了一下扫描角度+距离感觉不太对。应该距离+角度+二面角吗，感觉二面角不太好控制。又试了一下虚原子，好像还是没用。请赐教！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-3-24 05:21

superrice 发表于 2015-3-24 02:24
谢谢Sob老师，我用了刚性扫描，感觉良好。现在分子式垂直移动的，请问那我想两个分子平行移动，应该怎么 ...

写个脚本吧，利用循环，每次给要平移的分子的x或y坐标增加一点，生成一批单点输入文件。然后批量执行、批量提取能量。

作者
Author: superrice 时间: 2015-3-25 22:02

sobereva 发表于 2015-3-24 05:21
写个脚本吧，利用循环，每次给要平移的分子的x或y坐标增加一点，生成一批单点输入文件。然后批量执行、批 ...

Thx Sob. It helps!

作者
Author: xxzj 时间: 2020-7-24 22:38

sobereva 发表于 2015-3-16 23:49
你用的哪个版本？
若是G09 D.01，在读冗余内坐标的时候有bug，换老版本即可。
X 33 S 15 0.3 0 0.0 0 0.0 ...

老师，您好，请问进行主客体复合物的势能面扫描时，是沿着Z轴方向移动，有没有什么方法使其沿着X轴或者Y轴进行移动（我想确定二聚体间堆积的最佳距离，都是有机小分子，需要从X,Y,Z三个方向分别进行考虑，最终确定最佳位置），辛苦啦

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-25 00:10

xxzj 发表于 2020-7-24 22:38
老师，您好，请问进行主客体复合物的势能面扫描时，是沿着Z轴方向移动，有没有什么方法使其沿着X轴或者Y ...

自己写脚本产生要算的坐标最省事，用其它乱七八糟做法反倒麻烦

作者
Author: xxzj 时间: 2020-7-25 11:15

sobereva 发表于 2020-7-25 00:10
自己写脚本产生要算的坐标最省事，用其它乱七八糟做法反倒麻烦

老师，我现在能力不足，还不会写脚本。通过帖子内容，很快确定了z轴位置，现在就差其它2两个方向。想问一下，还有其它方法吗

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-26 01:37

xxzj 发表于 2020-7-25 11:15
老师，我现在能力不足，还不会写脚本。通过帖子内容，很快确定了z轴位置，现在就差其它2两个方向。想问一 ...

没其它办法。如果你特有耐心的话，在excel里手动一个一个生成坐标，比如x统一加0.2，保存一次文件，加0.4，保存一次文件...

不会写点脚本、程序，碰上点非标准类型的计算任务就会很麻烦。

作者
Author: xxzj 时间: 2020-7-26 07:39

sobereva 发表于 2020-7-26 01:37
没其它办法。如果你特有耐心的话，在excel里手动一个一个生成坐标，比如x统一加0.2，保存一次文件，加0.4 ...

收到，谢谢老师

作者
Author: xxzj 时间: 2020-7-26 13:47

sobereva 发表于 2020-7-26 01:37
没其它办法。如果你特有耐心的话，在excel里手动一个一个生成坐标，比如x统一加0.2，保存一次文件，加0.4 ...

老师，对二聚体的势能面扫描就是计算单点能吗

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-7-26 15:30

xxzj 发表于 2020-7-26 13:47
老师，对二聚体的势能面扫描就是计算单点能吗

刚性扫描就是一系列单点能

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-26 20:46

xxzj 发表于 2020-7-26 13:47
老师，对二聚体的势能面扫描就是计算单点能吗

分清楚刚性扫描和柔性扫描
仔细看
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474（http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html）

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