计算化学公社

标题: 求助：使用antechamber拟合RESP时报错the best APS is not zero, bonds involved b... [打印本页]

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Author: 张雅琴 时间: 2018-3-27 15:42
标题: 求助：使用antechamber拟合RESP时报错the best APS is not zero, bonds involved b...
请问各位前辈，我用高斯计算了MK电荷后，用ambertool拟合RESP电荷，得到如下报错信息，报错原因有些看不懂，请问如何解决呢？
命令：antechamber -i rPF6.log -fi gout -o rPF6.mol2 -fo mol2 -c resp -rn PF6 -pf y
提示：For atom[1]:P1, the best APS is not zero, bonds involved by this atom are frozen

The frozen atom type can only be 1, 2, 3, 7 (aromatic single), 8 (aromatic double)Error: cannot run "/home/yqzhang/amber14/bin/bondtype -j full -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC -f ac" in judgebondtype() of antechamber.c properly, exit

管理员2019-May-15注：用ambertools计算RESP电荷的做法已经完全过时，目前算RESP电荷的最理想做法是用Multiwfn程序，极度快速、灵活和方便，见
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）

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Author: 让你变成回忆 时间: 2018-3-27 16:49
Gaussian输入文件：完全没必要用6-311+G**基组，用6-31G*就够了。
另外，我这里利用Gaussian计算MK的IOp写的是：6/33=2,6/41=10,6/42=17，和你的有一些差别。我做有机分子的RESP比较多，在antechamber一步写到-c resp就完了，没有后面的-rn和-pf两项。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-28 15:05
这种体系完全没必要算RESP电荷，直接用MK就完了，RESP对此种刚性体系没有任何额外的好处

作者
Author: 张雅琴 时间: 2018-3-29 22:28

让你变成回忆发表于 2018-3-27 16:49
Gaussian输入文件：完全没必要用6-311+G**基组，用6-31G*就够了。
另外，我这里利用Gaussian计算MK的IOp写 ...

谢谢这个提示好像是说自由度的问题由于磷原子被认为冻结了所以在语句后加了-j 1 解决了这个问题

作者
Author: 张雅琴 时间: 2018-3-29 22:29

sobereva 发表于 2018-3-28 15:05
这种体系完全没必要算RESP电荷，直接用MK就完了，RESP对此种刚性体系没有任何额外的好处

谢谢sob老师我查看了anber手册后解决了

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Author: zkzk 时间: 2019-9-9 15:59

张雅琴发表于 2018-3-29 22:28
谢谢这个提示好像是说自由度的问题由于磷原子被认为冻结了所以在语句后加了-j 1 解决了这个问题

请问你是怎么解决的，我做小分子参数时遇到了同样的问题

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